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2012 Fiscal Year Annual Research Report

マイクロRNAおよびsnoRNAとその標的の網羅的予測

Research Project

Project/Area Number 22240031
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

浅井 潔  東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (30356357)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木立 尚孝  東京大学, 新領域創成科学研究科, 准教授 (80415778)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
KeywordsRNA / RNA-RNA相互作用
Research Abstract

2次構造を考慮した配列情報解析技術を駆使し、miRNAとsnoRNA及びそれらの標的RNAをゲノム配列から正確に予測する手法を開発すること、および開発した手法によってヒトゲノムを中心に網羅的な解析を行うことを目的に研究を行った。
進化的に保存したmiRNA前駆体と成熟miRNAを予測する手法を開発し、査読付き論文として発表した。RNA塩基置換による2次構造的エネルギーの変化を計算するアルゴリズムを開発し、査読付き論文として発表した。ガイド配列と相補的な塩基配列をもつ遺伝子のすべてが、必ずしも標的遺伝子となるわけではない。そこで、RNA分子内の2次構造、分子間の2次構造的な相互作用などを考慮し、標的遺伝子を効率的に絞り込むことができる情報解析手法について検討した。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (3 results)

All 2012

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results)

  • [Journal Article] A classification of bioinformatics algorithms from the viewpoint of maximizing expected accuracy (MEA)2012

    • Author(s)
      Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai
    • Journal Title

      J Comput Biol

      Volume: 19 Pages: 532-549

    • DOI

      10.1089/cmb.2011.0197

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rchange: algorithms for computing energy changes of RNA secondary structures in response to base mutations2012

    • Author(s)
      Hisanori Kiryu, Kiyoshi Asai
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: 28(8) Pages: 1093-1101

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bts097

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of conserved precursors of miRNAs and their mature forms by integrating position-specific structural features2012

    • Author(s)
      Goro Terai, Hiroaki Okida, Kiyoshi Asai, Toutai Mituyama
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 7(9) Pages: e44314

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0044314

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2015-05-28  

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