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2011 Fiscal Year Annual Research Report

哺乳動物ミトコンドリア呼吸機構の原子レベルの解明

Research Project

Project/Area Number 22247012
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

吉川 信也  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40068119)

Keywords生体エネルギー変換 / 膜タンパク質 / 金属タンパク質 / X線結晶構造解析 / 振動分光解析
Research Abstract

ウシ心筋チトクロム酸化酵素結晶のX線回折実験のため結晶の不凍剤浸漬条件を温度因子とモザイシテイーを指標として組織的に検討し、1.3Å分解能の構造解析が可能な回折強度データの収集に成功した。チトクロム酸化酵素反応中間体であるP型、F型、O型の構造を決定するために、混在する休止型の寄与を差し引く方法を組織的に検討した。その結果、これまで分光学的知見の全く得られていなかったCU_Bの配位構造を実験的に決定することに成功した。また、反応の進行に伴いCU_B-Fe_<a3>間の距離が明確に変化することが認められた。この結果は本酵素の機能が酸素還元中心によって精密に制御されていることを示唆している。本酵素のCO光解離後のタンパク質構造の時間変化が、長年の努力によって開発された時間分解赤外分光装置により解析された。その結果、酸素還元部位とプロトンポンプ経路との間を連結する構造が発見され、それがポンプのためのプロトンの取り込みとポンププロトンの逆流防止を実現していることを明らかにすることができた。これは時分割赤外分光法のタンパク質への応用の最初の例として注目されている。
NADH-ユビキノン還元酵素のフラビン由来のラマンスペクトルの帰属のためには還元型の測定が不可欠であるが、完全還元は容易ではない。そこでNADH還元酵素系を共存させて完全還元型を調製する条件を確立し、フラビンスペクトルの帰属に成功した。意外にもフラビンはタンパク質表面近くに結合していることが示された。
チトクロムc-チトクロム酸化酵素複合体の2次元結晶化条件の探索に長足の進歩があり、極低温電子顕微鏡解析を開始した。さらにチトクロムc-チトクロム酸化酵素複合体間相互作用のNMR解析によりチトクロムcのチトクロム酸化酵素に対する親和性は酸化還元により大きくは変化しないことにより電子伝達が制御されていることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

結晶化条件探索法に大きな進歩があったため、1.3Å分解能の構造解析が可能な回折強度データの収集に成功し水素原子レベルの構造解析が可能になった。その他の構造解析も順調に進展した。超高感度赤外分光解析によるプロトンポンプ機構に関する全く予想外の新しい知見が得られた。チトクロムc-チトクロム酸化酵素2次元結晶化に長足の進歩が見られた。

Strategy for Future Research Activity

本年度は最終年度であるので、「成果のとりまとめ」も考慮して研究を推進する。

  • Research Products

    (25 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (17 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural studies on bovine heart cytochrome c oxidase2012

    • Author(s)
      吉川信也
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta

      Volume: 1817 Pages: 579-589

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2011.12.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An intermediate conformational state during ligand binding to cytochrome c oxidase detected by time-resolved resonance Raman analysis of heme peripheral groups2012

    • Author(s)
      Izumi Ishigami
    • Journal Title

      Chem.Lett.

      Volume: 41 Pages: 178-180

    • DOI

      10.1246/c1.2012.178

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two tyrosyl radicals stabilize high oxidation states in cytochrome c oxidase for efficient energy conservation and proton translocation2012

    • Author(s)
      Michelle Yu
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc.

      Volume: 1817 Pages: 579-589

    • DOI

      10.1021/ja210535w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The O_2 reduction and proton pumping gate mechanism of bovine heart cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      吉川信也
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta

      Volume: 1807 Pages: 1279-1286

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2011.06.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR basis for interprotein electron transfer gating between cytochrome c and cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      Koichi Sakamoto
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 108 Pages: 12271-12276

    • DOI

      10.1073/pnas,1108320108/-/DCSSupplemental

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proton-pumping mechanism of of cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      吉川信也
    • Journal Title

      Annu.Rev.Biophys.

      Volume: 40 Pages: 205-223

    • DOI

      10.1146/annurev-biophys-042910-155341

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinguishing between Cl and O_2^<2-> as the bridging element between Fe^<3+> and Cu<2+> in the resting oxidized cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      Michihiro Suga
    • Journal Title

      Acta Cryst.D

      Volume: 67 Pages: 742-744

    • DOI

      10.1107/S0907444911022803

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] チトクロムcbb_3酸化酵素の発現と精製2011

    • Author(s)
      安藤友里子, 他
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第37回討論会
    • Place of Presentation
      京都産業大学(京都府)
    • Year and Date
      2011-12-21
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素反応中間体2011

    • Author(s)
      木登梨佳, 他
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第37回討論会
    • Place of Presentation
      京都産業大学(京都府)
    • Year and Date
      2011-12-21
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素反応サイクルの構造解析2011

    • Author(s)
      村本和優, 他
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第37回討論会
    • Place of Presentation
      京都産業大学(京都府)
    • Year and Date
      2011-12-21
  • [Presentation] Optimization of expression condition and purification of cbb_3-type cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      安藤友里子, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Crystallization of bovine cytochrome c oxidase by new detergents2011

    • Author(s)
      畑中美紀, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] The effect of crystallization and cryoprotectant treatment on the absorption spectra of fully-oxidized cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      望月正雄, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] X-ray structural analysis of cytochrome c oxidase in the resting oxidized state at 1.4Å resolution2011

    • Author(s)
      矢野直峰, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] X-ray structural analysis of R and O form intermediates of bovine cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      藤澤秀徳, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] X-ray structural analysis of P form intermediate of bovine cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      木登梨佳, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] X-ray structural analysis of F form intermediate of bovine cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      村本和優, 他
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] Structural changes of bovine cytochrome c oxidase dependent on the redox states2011

    • Author(s)
      村本和優, 他
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of the Inter national Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-23
  • [Presentation] High resolution analysis and anamolous dispersion analysis of bovine cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      矢野直峰, 他
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-23
  • [Presentation] High resolution structures of bovine cytochrome c oxidase in the resting oxidized and the reduced states2011

    • Author(s)
      村本和優, 他
    • Organizer
      Gordon Research Conferences, Bioenergetics
    • Place of Presentation
      New Hampshire (USA)
    • Year and Date
      2011-06-27
  • [Presentation] The O_2 reduction and protonpumping gate mechanisms of bovine heart cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      吉川信也, 他
    • Organizer
      Gordon Research Conferences, Bioenergetics
    • Place of Presentation
      New Hampshire (USA)
    • Year and Date
      2011-06-27
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素還元型の1.4Å分解能X線構造解析2011

    • Author(s)
      藤澤秀徳, 他
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素休止酸化型の1.4Å分解能X線構造解析2011

    • Author(s)
      矢野直峰, 他
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素の還元・再酸化による構造変化2011

    • Author(s)
      村本和優, 他
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/life/regulation/publication.html

URL: 

Published: 2013-06-26   Modified: 2014-03-17  

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