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2012 Fiscal Year Annual Research Report

哺乳動物ミトコンドリア呼吸機構の原子レベルの解明

Research Project

Project/Area Number 22247012
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

吉川 信也  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (40068119)

Project Period (FY) 2010-05-31 – 2013-03-31
Keywords生体エネルギー変換 / 膜タンパク質 / 金属タンパク質 / X線結晶構造解析 / 振動分光解析
Research Abstract

ウシ心筋チトクロム酸化酵素のX線回折実験条件の詳細な検討により、X線構造の分解能を酸化型/還元型それぞれ1.8/1.9Åから1.5/1.6Åに向上させることに成功した。その結果Mg2+部位の配位構造とCuAとヘムaとの間の電子伝達経路に酸化還元に伴う立体構造変化が検出された。さらに、Mg2+部位を中心として、21個の水分子で構成されている水クラスターが分子表面とも酸素還元中心とも隔離されておりプロトンの出入りは生理的時間内には無視できること、4当量のプロトン受容官能基がクラスター壁面に配置されていることが示された。また短い水素結合ネットワークがこの水クラスターと本酵素のプロトンポンプ経路(H経路)とを連結していた。これらの結果はこの水クラスターがポンプ用プロトン4当量を効率よく取り込み、一時保管する機能を持つことを示している。さらにH経路のX線構造とCO光解離後の赤外吸収スペクトル変化とを詳細に比較検討した結果CuBがH経路の逆流防止とプロトン取り込みのために経路の開閉を制御していることが明らか担った。これらの結果はH経路プロトンポンプ機構に関して残された最も大きな問題を解決する画期的成果といえる。
ウシ心筋NADHユビキノン還元酵素のFMNの共鳴ラマンスペクトルをこれまでに報告されているフラビンタンパク質のどれよりも高精度で測定することに成功し、X線構造を参照して活性酸素防御機構を演繹した。
哺乳動物チトクロムc/チトクロム酸化酵素複合体の2次元結晶化条件の詳細な検討に基づいて、チトクロムc結合がチトクロム酸化酵素の膜貫通領域の立体構造を変化させること示した。これは呼吸調節機構の解明の端緒となる可能性のある重要な発見である。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (19 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Resonance Raman Spectral properties of FMN of bovine Heart NADH:ubiquinone Oxidoreductase Suggesting a Mechanism for the Prevention of spontaneous Production of reactive Oxygen Species2013

    • Author(s)
      M. Hikita, K. Shinzawa-Itoh, M. Moriyama, T. Ogura, K. Kihira, S. Yoshikawa
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 98-104

  • [Journal Article] Reaction mechanism of Mammalian mitochondrial cytochrome C oxidase2012

    • Author(s)
      Shinya Yoshikawa, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh
    • Journal Title

      Advances in experimental medicine and biology

      Volume: 748 Pages: 215-236

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] EPR detection of two protein-associated ubiquinone components (SQNf and SQNs) in the membrane in situ and in proteoliposomes of isolated bovine heart complex I2012

    • Author(s)
      Tomoko Ohnishi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) ; Bioenergetics

      Volume: 1817 Pages: 1803-1809

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2012.03.032

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Nanosecond time-resolved infrared basis for a bulge of the transmembrane helix between hemes a and a3 to facilitate highly efficient proton pumping by bovine heart cytochrome c oxidase2012

    • Author(s)
      Shinya Yoshikawa
    • Organizer
      European Bioenergetics Conference 2012
    • Place of Presentation
      Freiburg (Germany)
    • Year and Date
      20120915-20120920
    • Invited
  • [Presentation] Mutational analyses of D-pathway of bovine heart cytochrome c oxidase suggest that the pathway does not transfer the pumping protons2012

    • Author(s)
      Ryota Aminaka
    • Organizer
      European Bioenergetics Conference 2012
    • Place of Presentation
      Freiburg (Germany)
    • Year and Date
      20120915-20120920
  • [Presentation] Development of Highly Sensitive Nanosecond Time-Resolved IR Apparatus Applicable to Protein System in H2O2012

    • Author(s)
      Satoru Nakashima
    • Organizer
      European Bioenergetics Conference 2012
    • Place of Presentation
      Freiburg (Germany)
    • Year and Date
      20120915-20120920
  • [Presentation] EPR analysis of two protein-associated ubiquinone (SQNf and SQNs) in the membrane in situ and in proteoliposomes of isolated bovine heart complex I2012

    • Author(s)
      S. Tsuyoshi Ohnishi
    • Organizer
      European Bioenergetics Conference 2012
    • Place of Presentation
      Freiburg (Germany)
    • Year and Date
      20120915-20120920
  • [Presentation] Reaction mmechanism of bovine heart cytochrome c oxidase2012

    • Author(s)
      Shinya Yoshikawa
    • Organizer
      SBMPs (Structural Biology of Membrane Proteins) 4th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Maratea (Italy)
    • Year and Date
      20120530-20120602
    • Invited
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素の水素原子観測に向けて

    • Author(s)
      吉川信也
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「中性子を用いた蛋白質化学研究の新展開」
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] An intermediate conformation of cytochrome oxidase in the ligand-free state identified by time-resolved resonance Raman spectroscopy

    • Author(s)
      Izumi Ishigami
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
  • [Presentation] Time-resolved IR analysis of proteins using a novel pulse flow system synchronized with pump/probe lasers

    • Author(s)
      Minoru Kubo
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
  • [Presentation] 電子線構造解析によるウシ心筋チトクロム酸化酵素・チトクロムc複合体の立体構造解明

    • Author(s)
      押田幸歩
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学薬学部(岡山県)
  • [Presentation] ウシ心筋NADH―ユビキノン酸化還元酵素の2次元結晶化

    • Author(s)
      島田悟
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
  • [Presentation] 電子線結晶構造解析によるウシ心筋チトクロム酸化酵素・チトクロムc複合体の立体構造解明

    • Author(s)
      押田幸歩
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
  • [Presentation] 氷晶防止剤の導入方法によるウシ心筋チトクロム酸化酵素結晶の分解能の向上

    • Author(s)
      畑中美紀
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素休止酸化型の高分解能X線結晶構造解析

    • Author(s)
      矢野直峰
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素反応中間体のX線結晶構造解析

    • Author(s)
      村本和優
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県)
  • [Presentation] X-ray structural analysis of bovine heart cytochrome c oxidase to clarify redox coupled structural changes at H-atom level

    • Author(s)
      Naomine Yano
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
  • [Presentation] Characterization by mutagenesis analysis of putative proton transfer pathway, D-pathway of bovine heart cytochrome c oxidase

    • Author(s)
      Ryota Aminaka
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
  • [Presentation] ミトコンドリアによる核の新規制御機構―チトクロムc酸化酵素のミトコンドリア由来サブユニットによる核呼吸因子(NRF)の発現機構

    • Author(s)
      網中良太
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学薬学部(岡山県)
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵素の高分解能X線構造解析と水クラスターの役割

    • Author(s)
      矢野直峰
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学薬学部(岡山県)
  • [Presentation] Progress and challenges in the two-dimensional crystallization of intact bovine heart F-ATP synthase

    • Author(s)
      Christoph Gerle
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学薬学部(岡山県)

URL: 

Published: 2014-07-24  

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