2012 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
22390066
|
|---|
| Research Institution | Health Sciences University of Hokkaido |
|---|
Principal Investigator |
新川 詔夫 北海道医療大学, 北海道医療大学, 学長 (00111170)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
太田 亨 北海道医療大学, 公私立大学の部局等, 准教授 (10223835)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
|
| Keywords | 遺伝学 / 遺伝子 / ヒトゲノム / ヒト正常形質 / 遺伝形質 / 多型 / 連鎖解析 / 関連解析 |
|---|
| Research Abstract |
平成22年度に行った174名におけるヒト古典的正常２型性形質の各表現型頻度を基に23年度は全ゲノムSNPとのGWASを施行した。結果として巻き舌/平舌、組み手および組み腕について、p値 <10-5以下を示す３種、２種および２種のSNPsを同定し、従来の遺伝性と一致した。他の表現型では有意差を示すデータが得られなかった。
24年度は上記SNPsと表現型を優性・劣性遺伝モデルとして検定したが、いずれも多くの表現型では有意差が消失した。唯一組み腕に関して４種のSNP座でp<5.86×10-5、p<4.14×10-5、p<0.0001、およびp<0.0001を示した。４種中３SNPはショウジョウバエ転写因子のヒトホモログSPEN遺伝子のイントロン中にあり、１個はSPENのエクソン11にある非同義置換（nsSNP）であった。関連が明白なSNPsと候補遺伝子を探索すべく、組み腕形質に関する96名の右腕上位と96名の左腕上位において、SPENの全15エクソンのシーケンシングを行った。SPENはSNP豊富遺伝子で1,000以上のイントロン中のSNPs、コード領域だけでも348個のcSNPを含む。エクソン11は8,176 bpで多数のミスセンス変異や同義バリアントが含むので、17個のPCR プラーマーでオーバーラップさせて解析し、他のエクソンは１種のPCR産物をシークエンスした。計32個のPCR産物でSPEN遺伝子のエクソン部分をカバーさせ、直接シークエンス解析した。結果は多数の新規および既知のSNPsは検出されたが、右腕上位と左腕上位の２群に分離する多型あるいは変異は検出されなかった。他の表現型でやや有意だったSNPs付近には候補遺伝子がなく未だ解析していない。
今後は、有意だった他の表現型の候補領域について解析を進めたい。また試料数を増やして検討予定だが、試料の収集に限界を感じている。
|
| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
|
