2012 Fiscal Year Annual Research Report
リシーケンシングによる関節リウマチ感受性稀少変異の探索
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22510213
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
光永 滋樹 東海大学, 医学部, 教授 (20510051)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 疾患関連遺伝子 / 関節リウマチ / エクソーム解析 |
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| Research Abstract |
「ゲノム支援」の支援を受け、19例のRA患者のexome sequencingを行った。非自己免疫疾患患者のエクソーム解析結果44例と比較し、RA感受性候補遺伝子を探索した。対象群との比較において、1遺伝子あたりのSNVの数の差が大きかったものからHLA以外の30遺伝子を選抜し、さらに1,000人ゲノムプロジェクトの36例との比較により15遺伝子に絞り込んだ。サンガー法によるSNVのvalidationとその後の関連解析（症例、対象ともに484例）を行ったところ、BTNL2, NOTCH4, MYPNの3遺伝子が有意な関連を示した。NOTCH4では既報のrs2071282が最も低い p 値を示した（p = 4.02E-12, OR = 3.14, 95% CI = 2.27 - 4.33,）。MYPNのrs10997975とRAとの関連は弱いものであった（p = 0.0047, OR = 1.33, 95%CI = 1.09 - 1.62,）。しかし、BTNL2 中の非同義置換SNP12種類は、全てRAと強い関連を示し、完全連鎖にある3つの SNP, rs41521946, rs28362677, rs28362678 が最も強い関連を示した（p = 4.55E-09, OR = 1.88, 95% CI = 1.52 - 2.33,）。BTNL2はHLA-DRB1とNOTCH4の間に存在し、どちらからも170 kb の距離にあるが、それらの遺伝子のRA感受性アリルで補正を行っても完全連鎖にある3つのSNPはRAとの有意な関連を保持していた（DRB1: p = 0.0156, rs2071282-T in NOTCH4: p = 0.00368）。これらの結果から、BTNL2はHLA-DRB1 およびNOTCH4からは独立してRA感受性を付与すると考えられた。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(9 results)
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[Journal Article] Exome sequencing identifies novel rheumatoid arthritis-susceptible variants in the BTNL2.2013
Author(s)
Mitsunaga S, Hosomichi K, Okudaira Y, Nakaoka H, Kunii N, Suzuki Y, Kuwana M, Sato S, Kaneko Y, Homma Y, Kashiwase K, Azuma F, Kulski JK, Inoue I, Inoko H.
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: advance online publication
Pages: January 31
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Detection of Ancestry Informative HLA Alleles Confirms the Admixed Origins of Japanese Population.2013
Author(s)
Nakaoka H, Mitsunaga S, Hosomichi K, Shyh-Yuh L, Sawamoto T, Fujiwara T, Tsutsui N, Suematsu K, Shinagawa A, Inoko H, Inoue I
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Journal Title
PLoS One
Volume: 8
Pages: e60793
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Associations between six classical HLA loci and rheumatoid arthritis: a comprehensive analysis.2012
Author(s)
Mitsunaga S, Suzuki Y, Kuwana M, Sato S, Kaneko Y, Homma Y, Narita A, Kashiwase K, Okudaira Y, Inoue I, Kulski JK, Inoko H
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Journal Title
Tissue Antigens
Volume: 80(1)
Pages: 16-25
Peer Reviewed
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[Journal Article] Super high resolution for single molecule-sequence-based typing of classical HLA loci at the 8-digit level using next generation sequencers.2012
Author(s)
Shiina T, Suzuki S, Ozaki Y, Taira H, Kikkawa E, Shigenari A, Oka A, Umemura T, Joshita S, Takahashi O, Hayashi Y, Paumen M, Katsuyama Y, Mitsunaga S, Ota M, Kulski JK, Inoko H
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Journal Title
Tissue Antigens.
Volume: 80
Pages: 305-16
DOI
Peer Reviewed
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