2012 Fiscal Year Annual Research Report

放射線感受性相関ハプロタイプ多型マーカーの実験的解析

Research Project

Project/Area Number	22510215
Research Institution	National Institute of Radiological Sciences
Principal Investigator	道川祐市独立行政法人放射線医学総合研究所, 緊急被ばく医療研究センター, 主任研究員 (20360688)
Project Period (FY)	2010-10-20 – 2013-03-31
Keywords	ゲノム / 放射線 / 遺伝子 / 核酸 / １分子計測（SMD）
Research Abstract	研究計画最終年度にあたる平成２４年度は、予定していたヒト５０検体ハプロタイプ解析を完遂するため、残っていた１２検体の再解析を行った。３８検体については昨年度までに解析終了しており、対象遺伝子はCD44でSNP４個を選択している。上記１２検体についても一度解析を試みていたが、良好な結果を得ることができなかった。再解析の結果、６検体についてはSNPを全て含む増幅産物が９６ウェルの反応セット中で２０個以内に収まり、かつジェノタイピングの結果全てホモアレルと判定できたものが複数個同定できた。ホモアレル同士を組み合わせたジェノタイプは元のジェノタイプと矛盾なく、ハプロタイプとして結論づけることができた。しかしながら、再度残った６検体については全てを含む増幅産物を得ることができず、検体のDNAが小さく断片化されていることが推測された。そこで、良好な解析が得られた６検体と上記６検体の断片化状況をアガロースゲル電気泳動法で比較してみたが、特に違いは認められなかった。一分子レベル希釈時に不安定化する可能性を考慮してサイズの長いDNAを濃縮しておくため、アガロースゲル電気泳動法やショ糖密度勾配遠心分離法などで粗分画を行って再解析を行ってみたが、改善は得られなかった。今回用いた検体は抽出済みヒトゲノムDNAであり、検体ごとの抽出条件もしくは物理的安定性の違いが影響しているものと考えられる。もともとの方法は血液検体中の白血球をそのままアガロースゲル内に埋め込むことで、断片化を防ぎながら穏やかに一分子レベルの希釈を行っていた。本研究課題を遂行することで、抽出済みDNAを出発材料とすると解析が困難な場合もあることが明らかになった。抽出済みDNAでも解析できるようになれば、汎用性が高まる。今後機会があれば、技術的な改善を検討していきたく考えている。
Current Status of Research Progress	Reason 24年度が最終年度であるため、記入しない。
Strategy for Future Research Activity	24年度が最終年度であるため、記入しない。