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2012 Fiscal Year Final Research Report

Simulation Study of Coherent X-ray Diffraction from Biomaterial Solution

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 22540424
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Biophysics/Chemical physics
Research Institution公益財団法人高輝度光科学研究センター (2012)
Japan Synchrotron Radiation Research Institute (2011)
The Institute of Physical and Chemical Research (2010)

Principal Investigator

JOTI Yasumasa  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL研究推進室, 研究員 (30360415)

Project Period (FY) 2010 – 2012
KeywordsX線回折顕微法 / コヒーレントX線 / 生物物理 / 水和構造
Research Abstract

Emerging X-ray free-electron lasers with femtosecond pulse duration enable single-shot snapshot imaging almost free from radiation damage. We have developed a methodology to analyze X-ray laser diffraction data from biomaterial solution. The method was used for analyzing the coherent diffraction patterns from a sub-micrometer-sized intact cell, measured at an X-ray free-electron laser facility, SACLA.

  • Research Products

    (24 results)

All 2013 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (13 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] ヒトゲノムDNAの不規則で柔軟な収納原理2013

    • Author(s)
      前島 一博,城地 保昌,西野 吉則,高田 英昭,鎌田 福美,日原 さえら
    • Journal Title

      日本生物物理学会誌

      Volume: 53 Pages: 004-010

    • URL

      https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/53/1/53_004/_pdf

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chromosomes without a 30-nm chromatin fiber2012

    • Author(s)
      Y. Joti, T. Hikima, Y. Nishino, F. Kamda, S. Hihara, H. Takata, T. Ishikawa and K. Maeshima
    • Journal Title

      Nucleus

      Volume: 3:5 Pages: 404-410

    • DOI

      doi:10.4161/nucl.21222

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A compact X-ray free-electron laser emitting in the sub- a^^。ngstrom region2012

    • Author(s)
      T. Ishikawa, H. Aoyagi, T. Asaka, Y. Asano, N. Azumi, T. Bizen, H. Ego, K. Fukami, T. Fukui, Y. Furukawa, S. Goto, H. Hanaki, T. Hara, T. Hasegawa, T. Hatsui, A. Higashiya, T. Hirono, N. Hosoda, M. Ishii, T. Inagaki, Y. Inubushi, T. Itoga, Y. Joti, M. Kago, T. Kameshima, H. Kimura, Y. Kirihara, A. Kiyomichi, T. Kobayashi, C. Kondo, T. Kudo, H. Maesaka, X. M. Marechal, T. Masuda, S. Matsubara, T. Matsumoto, T. Matsushita, S. Matsui, M. Nagasono, N. Nariyama, H. Ohashi, T. Ohata, T. Ohshima, S. Ono, Y. Otake, C. Saji, T. Sakurai, T. Sato, K. Sawada, T. Seike, K. Shirasawa, T. Sugimoto, S. Suzuki, S. Takahashi, H. Takebe, K. keshita, K. Tamasaku, H. Tanaka, R. Tanaka, T. Tanaka, T. Togashi, K. Togawa, A. Tokuhisa, H. Tomizawa, K. Tono, S. Wu, M. Yabashi, M. Yamaga, A. Yamashita, K. Yanagida, C. Zhang, T. Shintake, H. Kitamura and N. Kumagai
    • Journal Title

      Nature Photonics

      Volume: 6 Pages: 540-544

    • DOI

      doi:10.1038/nphoton.2012.141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human mitotic chromosomes consist predominantly of irregularly folded nucleosome fibres without a 30-nm chromatin structure2012

    • Author(s)
      Y. Nishino#, M. Eltsov#, Y. Joti#, K. Ito#, H. Takata, Y. Takahashi, S. Hihara, A. S. Frangakis, N. Imamoto, T. Ishikawa and K. Maeshima
    • Journal Title

      EMBO J.

      Volume: 31 Pages: 1644-1653

    • DOI

      doi:10.1038/emboj.2012.35, #: equally contributed.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X 線自由電子レーザー施設SACLAと次世代スパコン京の連携による生命科学研究と微小結晶構造解析2012

    • Author(s)
      矢橋牧名,城地 保昌
    • Journal Title

      内分泌・糖尿病・代謝内科

      Volume: 35 Pages: 565-571

    • URL

      http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201302209745167757

  • [Journal Article] X 線自由電子レーザー、SACLA のコミッショニングと実現された光源性能2012

    • Author(s)
      田中 均,Arnaud Amselem,青柳 秀樹,安積 隆夫,浅野 芳裕,安積 則義,石井 健一,石井 美保,石橋 一憲,糸賀 俊朗,稲垣 隆宏,犬伏 雄一,井上 忍,惠郷 博文,大島 隆,大竹 雄次,大橋 治彦,大端 通,小竹 拓也,小野 峻,甲斐 智也,籠 正裕,亀島 敬,家納 寛,木村 洋昭,桐原 陽一,清道 明男,工藤 統吾,小林 和生,小林 利明,近藤 力,後藤 俊治,呉 樹奎,櫻井 辰幸,佐治 超爾,佐藤 尭洋,Xavier Marechal,白澤 克年,城地 保昌,杉本 崇,鈴木 伸介,清家 隆光,高橋 直,武部 英樹,竹下 邦和,田尻 泰之,田中 信一郎,田中 隆次,田中 良太郎,張 超,塚本 宜史,富樫 格,渡川 和晃,冨澤 宏光,登野 健介,成山 展照、初井 宇記,花木 博文,原徹,長谷川 太一,長谷川 照晃,広野 等子,備前 輝彦,深見 健二,福井 達,古川 行人,細田 直康,前坂 比呂和,前田 大輔,前田 雄亮,益田 邦和,町田 武彦,松井 佐久夫,増田 剛正,松下 智裕,松原 伸一,松本 崇博,南 潤一朗,森永 拓也,矢橋 牧名,柳田 謙一,山鹿 光裕,山下 明広,山下 雅史,山本 龍,新竹 積,北村 英男,熊谷 教孝,石川 哲也
    • Journal Title

      日本加速器学会誌「加速器」

      Volume: 9 Pages: 60-71

    • URL

      http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201202255098016231

  • [Journal Article] 検出器・データ取得システム・実験機器制御・解析2012

    • Author(s)
      初井 宇記,亀島 敬,小野 峻,桐原 陽一,工藤 統吾,小林 和生,遠茂谷 誠彦,尾崎 恭介,城地 保昌,徳久 淳師,堀米 利夫,山鹿 光裕,古川 行人,清道 明男,杉本 崇,広野 等子,大端 通,Arnaud Amselem,田中 良太郎
    • Journal Title

      日本放射光学会誌「放射光」

      Volume: 25 Pages: 82-88

    • URL

      http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/201202277526333887

  • [Journal Article] Event-Synchronized Data Acquisition System of 5 Giga-bps Data Large-Bandwidth Data Acquisition Network for XFEL Facility, SACLA2011

    • Author(s)
      M. Yamaga, A. Amselem, T. Hirono, Y. Joti, A. Kiyomichi, T. Ohata, T. Sugimoto, R. Tanaka, T. Hatsui
    • Journal Title

      Proceedings of ICALEPCS2011

      Volume: Art. Number TUCAUST06

    • URL

      http://accelconf.web.cern.ch/accelconf/icalepcs2011/papers/tucaust06.pdf

  • [Journal Article] Large-Bandwidth Data Acquisition Network for XFEL Facility, SACLA2011

    • Author(s)
      T. Sugimoto, Y. Joti, T. Ohata, R. Tanaka, M. Yamaga, T. Hatsui
    • Journal Title

      Proceedings of ICALEPCS2011

      Volume: Art. Number WEBHAUST03

    • URL

      http://accelconf.web.cern.ch/accelconf/icalepcs2011/papers/webhaust03.pdf

  • [Journal Article] Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis2010

    • Author(s)
      S. Sakuraba, Y. Joti and A. Kitao
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 133 Pages: 185102

    • DOI

      doi:10.1063/1.3498745

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] SACLA用Multi-port CCD検出器システムの概要2013

    • Author(s)
      亀島 敬,小野 峻,尾崎 恭介,桐原 陽一,工藤 統吾,小林 和生,堀米 利夫,初井 宇記,矢橋 牧名,山鹿 光裕,古川 行人,阿部 利徳,杉本 崇,城地 保昌,田中 良太郎
    • Organizer
      第26回日本放射光学会年会放射光化学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130112-14
  • [Presentation] パルス状X線溶液散乱法による溶液中試料構造の解析2013

    • Author(s)
      木村 隆志,別所 義隆,城地 保昌,西野 吉則
    • Organizer
      第26回日本放射光学会年会放射光化学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130112-14
  • [Presentation] Towards Synergistic Use of SACLA and K Computer for Bio-Molecular Imaging2012

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      5 th International Workshop on FEL Science
    • Place of Presentation
      Gyeongju, Korea
    • Year and Date
      20121028-1101
  • [Presentation] XFELを用いた3次元分子イメージングのための雑音下における2次元回折像の類似度自動同定2012

    • Author(s)
      徳久 淳師,城地 保昌,河野 秀俊,郷 信広
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学・東山キャンパス
    • Year and Date
      20120922-24
  • [Presentation] SACLAにおけるコヒーレント回折イメージング手法の開発2012

    • Author(s)
      城地 保昌
    • Organizer
      第18回ビジュアライゼーションカンファレンス
    • Place of Presentation
      タイム24ビル
    • Year and Date
      2012-12-03
  • [Presentation] Estimation of attainable structural resolution by 3D imaging of biomolecules using X-ray free electron lasers2011

    • Author(s)
      A. Tokuhisa, T. Kai, H. Kono, Y. Joti and N. Go
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス
    • Year and Date
      20111918
  • [Presentation] Towards Utilizations of SPring-8 XFEL2011

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      2010 Australian Synchrotron User Meeting
    • Place of Presentation
      Melbourne, Australia
    • Year and Date
      20111122-24
  • [Presentation] Simulation Study to Examine the Possibility of High-resolution Biomolecular Imaging with SACLA2011

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      4 th International Workshop on FEL Science
    • Place of Presentation
      Cairns, Australia
    • Year and Date
      20110829-0902
  • [Presentation] Development of XFEL applications at SPring-82011

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      2011 Annual Meeting of the Physical Society of ROC, Symposium "New Light Source"
    • Place of Presentation
      Taipei, Taiwan
    • Year and Date
      20110125-27
  • [Presentation] 大規模XFELデータ解析による生体超分子イメージング2011

    • Author(s)
      城地 保昌
    • Organizer
      データ工学研究会(DE)
    • Place of Presentation
      京都産業大学
    • Year and Date
      2011-12-16
  • [Presentation] Simulation study to examine the possibility of high-resolution biomolecular imaging with XFEL2011

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      第34回分子生物学会年会ワークショップAtomic resolution dynamics revealed by state of the art technologies
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] XFELとHPCの融合利用による生体超分子イメージング,2011

    • Author(s)
      城地 保昌
    • Organizer
      物性研究所 計算物質科学研究センター第1回シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学物性研究所
    • Year and Date
      2011-09-12
  • [Presentation] XFELとHPCの融合利用による生体超分子イメージング2011

    • Author(s)
      城地 保昌,初井 宇記,石川 哲也
    • Organizer
      次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2010および第1回戦略プログラム5分野合同ワークショップ
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター
    • Year and Date
      2011-01-17
  • [Remarks]

    • URL

      http://sacla.xfel.jp/

URL: 

Published: 2014-08-29  

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