トリプルアレイ法を応用した新規がん関連遺伝子の同定

2010 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22591427
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 野本 周嗣 名古屋大学, 医学部附属病院, 病理講師 (40300967)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 粕谷 英樹 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 准教授 (00402636) ; 中尾 昭公 名古屋大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (70167542)
• Keywords: トリプルアレイ / 発現アレイ / SNPアレイ / メチル化アレイ / 肝細胞癌 / 胃癌 / がん関連遺伝子 / バイオマーカー

Research Abstract

肝細胞癌と胃癌の新鮮摘出標本を用いて質の高いDNAとRNAを抽出し,i)発現アレイ,ii)sNPアレイ,iii)メチル化アレイ,のトリプルアレイを実施した。
この結果より発現アレイにて癌部での発現が低下し,メチル化アレイにて癌部でのメチル化値が高値である,がん抑制遺伝子の候補遺伝子について検討を進めた。
抽出された遺伝子について,SNPアレイにてLOHなどの染色体欠失がないことを確認し,発現低下の機序がメチル化であると考えた。
50症例の切除検体にて,癌部と非癌部でのmRNAの発現を定量RT-PCRで調べ,癌部での発現が低下している遺伝子についてさらなる検討を進めた。
まずは細胞株を用いてプロモーター領域のメチル化をメチル化特異的なPCR(MSP)にて調べた。また,メチル化阻害剤である5-Aza-dCを加えた培地にて6日間の培養の後,mRNAの発現の活性化を認めること,さらにプロモータ-領域のSequenceも行いMSPが正しく働くことを確認した。
切除検体50症例ではこのMSPを用いて,それぞれの症例の癌部,非癌部でのメチル化の状況を調べ症例でのメチル化の結果,mRNA発現の結果と臨床病理学的な結果との統計解析を行った。
今回抽出した遺伝子ではメチル化を認めた症例や発現がより低下していた症例での予後が不良である結果が得られ,トリプルアレイ法によるがん抑制遺伝子の抽出がよい方法であると考えられた。
これらの結果について,国内,海外の学会での発表を準備し,Oncology系の英文雑誌へ少なくとも5報,投稿準備中である。

Research Products

• [Journal Article] Identification of the bleomycin hydrolase gene as a methylated tumor suppressor gene in hepatocellular carcinoma using a novel triple-combination array method (2011)
  • Author(s): Okamura Y, Nomoto S, Hayashi M, Hishida M, Nishikawa Y, Yamada S, Fujii T, Sugimoto H, Takeda S, Kodera Y, Nakao A
  • Journal Title: Cancer Letter Volume: Dec 22:312(2) Pages: 150-7
  • Peer Reviewed