2010 Fiscal Year Annual Research Report
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22655053
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Research Institution | Kyoto University |
Principal Investigator |
跡見 晴幸 京都大学, 工学研究科, 教授 (90243047)
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Keywords | 遺伝子組換え / ゲノム組換え / 合成生物学 / 超好熱菌 / 始原菌 / Thermococcus kodakaraensis / メタゲノム / ゲノム |
Research Abstract |
ゲノム組換えの宿主として筋Thermococcus kodakarensis KU216(ΔpyrF)のを用いた。まずKU216宿主およびpUDTrpE(pyrFマーカーを有するtrpE破壊ベクター)を用いて遺伝子組換えに必要なDNA量を検討した。その結果、0.03μgでもウラシル要求性が相補されたPyrF^+株が得られた。次にKU216を宿主としてKOD1ゲノムを用いてPyrF^+株が得られるかを検討した。まずKOD1およびKU216のゲノムDNAを抽出した。プラスミドDNAと異なりゲノムDNAの場合、細胞内に取り込まれ難い可能性も考えられたため、塩化カルシウム処理したものや、ゲノムDNAを予め制限酵素処理して断片化したものでも形質転換を行った。また、ネガティブコントロールとしてpyrF遺伝子をもたないKU216のゲノムでも形質転換を行った。その結果、塩化カルシウム処理および制限酵素処理の有無に拘わらずKOD1ゲノムで処理したものはPyrF^+株が得られ、KU216ゲノムでは得られなかった。 KOD1ゲノムで形質転換を行って得られたPyrF^+株集合体からゲノムDNAを抽出して遺伝子型をPCRにより解析した。pyrFの外側と内側にアニーリングするプライマーセットを用いた。その結果、pyrF部位で組換えが起こり欠損が復帰していることが分かった。 これらのことからT.kodakarensis KU216においてはT.kodakarensis KOD1から抽出したゲノムDNA90μgを用いて形質転換(PyrF^+株の作製)が可能なことが分かった。またゲノム供与体として未培養の好熱性アーキアに注目し、Caldiarchaeum subterraneumのメタゲノム解析を行った
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Research Products
(4 results)
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[Journal Article] Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal group.2011
Author(s)
Nunoura T, Takaki Y, Kakuta J, Nishi S, Sugahara J, Kazama H, Chee G-J, Hattori M, Kanai A, Atomi H, Takai K, Takami H.
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Pages: doi:10.1093/nar/gkq1228
Peer Reviewed
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[Journal Article] Formate-driven growth coupled with H2 production.2010
Author(s)
Kim YJ, Lee HS, Kim ES, Bae SS, Lim JK, Matsumi R., Lebedinsky AV, Sokolova TG, Kozhevnikova DA, Cha SS, Kim SJ, Kwon KK, Imanaka T, Atomi H, Bonch-Osmolovskaya EA, Lee JH, Kang SG.
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Journal Title
Nature
Volume: 467
Pages: 352-355
Peer Reviewed
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