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2011 Fiscal Year Annual Research Report

中性子結晶解析法によるヒドロゲナーゼの水素活性化反応機構の解明

Research Project

Project/Area Number 22657031
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

Keywordsヒドロゲナーゼ / 中性子結晶解析 / 反応機構 / Ni酵素 / プロトン経路
Research Abstract

本申請研究では,硫酸還元菌由来の水素酸化還元酵素・ヒドロゲナーゼのNi-Fe活性部位における水素活性化の反応中間体を,中性子結晶解析法により直接観察することを主目的とする.本酵素の基質は「水素および重水素」である.従って,構造中に(重)水素を「直接に精度良く見る」ことが可能な中性子結晶解析法は最適の研究手法である.中性子回折実験において,試料中の水素原子は,非干渉性散乱の割合が大きいためバックグラウンドを上げて回折データのS/N比に多大な悪影響を与える.
そこで,平成22年度は,酵素・ヒドロゲナーゼ中のすべての水素原子を重水素原子に置き換えることを計画し,重水素化した培養試薬を用い,重水中で硫酸還元菌の培養を計画した.しかし,結晶化実験に十分な量の精製酵素を得ることは困難であった.平成22,23年度にかけて,通常の野生型ヒドロゲナーゼ試料について,重水中において,重水素化した沈殿剤(2-メチル-2,4-ペンタンンジオール)を用いて良質で大きな単結晶を得るための条件を探索し,約4mm^3の単結晶の調製に成功した.平成22年度に,得られた結晶を日本原子力研究開発機構の原子炉において,最近開発された中性子回折実験用の試料凍結装置を用いて,100Kにて回折実験をしたところ,最高分解能は5A分解能まで到達した.平成23年度は,東日本大震災の影響で原子炉が稼働しなかったため,中性子回折実験はできなかった.そこで,結晶の凍結条件の探索を続け,主にX線回折法によりその条件を評価した.その結果,昨年度よりもモザイク性の低い回折データを得られる凍結条件を得た.また,タンパク質の全水素原子を重水素にするため,重水中で重水素化培地を用いての硫酸還元菌の培養条件の検討を進めている.

  • Research Products

    (17 results)

All 2012 2011

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] The Three-dimensional Structure of Nylon Hydrolase and the Mechanism of Nylon-6 Hydrolysis2012

    • Author(s)
      S.Negoro, et al
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 287 Pages: 5079-5090

    • DOI

      DOI:10.1074/jbc.M111.321992

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • Author(s)
      H.Komori, et al
    • Journal Title

      Angewandte Chemie

      Volume: 51 Pages: 1861-1864

    • DOI

      DOI:10.1002/anie.201107739

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • Author(s)
      H.Shomura, et al
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 21 Pages: 707-716

    • DOI

      DOI:10.1002/pro.2058

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Dynamics Studies on Mutational Structures of a Nylon-6 Byproduct-degrading Enzyme2011

    • Author(s)
      T. Baba, K. Kamiya, T. Matsui, N. Shibata, Y. Higuchi, T. Kobayashi, S. Negoro and Y. Shigeta
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett

      Volume: 507 Pages: 157-161

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.03.046

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallographic Characterization of the DIX Domain of the Wnt Signalling Positive Regulator Ccd12011

    • Author(s)
      S. Terawaki, K. Yano, T. Katsutani, K. Shiomi, K. Keino-Masu, M. Masu, Y. Shomura, H. Komori, N. Shibata and Y. Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallgor

      Volume: F67 Pages: 758-761

    • DOI

      DOI:10.1107/S1744309111016526

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Membrane-bound Respiratory [NiFe] Hydrogenase from Hydrogenovibrio marinus2011

    • Author(s)
      Y.Shomura, et al
    • Journal Title

      Acta Crystallgor

      Volume: 67 Pages: 827-829

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111019804

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of Nylon Oligomer Hydrolase (NylC) from Agromyces sp KY5R2011

    • Author(s)
      K.Yasuhira, et al
    • Journal Title

      Acta Crystallgor

      Volume: 67 Pages: 892-895

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111022858

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of π-Electron Systems in Stabilization of the Oxidized Tetraheme Architecture in Cytochrome c_32011

    • Author(s)
      Y.Takayama, et al
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn.

      Volume: 84 Pages: 1096-1101

    • DOI

      doi:10.1246/bcsj.20110039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for a [4Fe-3S] Cluster in the Oxygen-tolerant Membrane-bound [NiFe]-hydrogenase2011

    • Author(s)
      Y.Shomura, et al
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 479 Pages: 253-257

    • DOI

      doi:10.1038/nature10504

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析-水素エネルギー利用に向けた基礎科学的研究-2011

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      関西サイエンスフォーラム
    • Place of Presentation
      リーガロイヤルNCB(大阪府)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-29
  • [Presentation] ゼータサイザーでタンパク質のオリゴマー北を解析する2011

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-24
  • [Presentation] マルチ銅酸化酵素の構造解析2011

    • Author(s)
      小森博文, 等
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都府)
    • Year and Date
      2011-09-23
  • [Presentation] Structural study of the O_2-tolerant [NiFe] hydrogenase2011

    • Author(s)
      Y.Shomura, et al
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] シトクロムc-552の多量体生成と二量体構造2011

    • Author(s)
      林有吾, 等
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県)
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Crystal structure analysis of release factor 32011

    • Author(s)
      K.Kihira, et al
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-28
  • [Presentation] Primer design for cDNA synthesis based on the crystal structure2011

    • Author(s)
      N.Shibata, Y.Higuchi
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-27
  • [Presentation] ウマシトクロムcおよび緑膿菌シトクロムc_<551>の多量体形成2011

    • Author(s)
      廣田俊, 等
    • Organizer
      第38回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      茨城大学(茨城県)
    • Year and Date
      2011-06-23

URL: 

Published: 2013-06-26  

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