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2012 Fiscal Year Annual Research Report

顔面形態における三次元デジタル解析およびゲノムワイド関連解析

Research Project

Project/Area Number 22687023
Research InstitutionUniversity of the Ryukyus

Principal Investigator

木村 亮介  琉球大学, 亜熱帯島嶼科学超域研究推進機構, 特命准教授 (00453712)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2014-03-31
Keywords顔 / 形態 / 三次元解析 / 多型 / ゲノム
Research Abstract

顔面形態をはじめとするヒトの量的可視形質には、個体差や集団差が存在している。ヒトの量的可視形質の研究については、その遺伝性が認識されているにもかかわらず、未だ遺伝因子が不明なものが多い。その要因として、軟部組織形態の解析方法が確立していない点、正常形質が遺伝子関連解析の研究対象として扱われることが少ない点が挙げられる。そこで本研究では、非接触三次元スキャナを導入した現代日本人の顔面形態解析を行い、DNAマイクロアレイを用いたゲノムワイドSNP関連解析を行うことで、関連する遺伝子多型を同定することを目的とする。当該年度において、以下のような成果を得た。
1. 顔面形態データおよび試料の収集:当該年度には新たに約100人のデータおよび試料を得た。
2. 顔面形態データの解析:約800人のデータを用いて、細分化曲面理論に基づいた相同モデリングによって三次元顔面形態の共変動パターンや性差および地域差について解析を行った。また、研究協力機関で収集された約500人の正面および側面の二次元写真や頭部X線写真の解析も行った。
3. ゲノムワイドSNPタイピングおよび関連解析:詳細な顔面形状解析をもとにゲノムワイド関連解析を進めている。また、集団構造解析および新規SNP探索のための次世代シーケンシングも行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ゲノムワイド関連解析において検出力を上げるためには、試料数が多いことが不可欠であり、また、精度の高い計測やより良い指標の抽出が重要となる。そのため、リプリケーション研究のための試料の解析を行った。また、細分化曲面理論に基づいた相同モデリングを行なうことで、形状のバリエーションを最もよく説明する指標の抽出に努めている。

Strategy for Future Research Activity

ゲノムワイド関連解析を進め、結果をまとめる。顔面関連関係成果の発表、特に論文化することに努める。

  • Research Products

    (18 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (11 results)

  • [Journal Article] Hypertension-susceptibility gene prevalence in the Pacific Islands and associations with hypertension in Melanesia2013

    • Author(s)
      Furusawa, T., et al.
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 58 Pages: 142-149

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.147

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of the allele-sharing approach, known as the IBS method, in kinship analysis2013

    • Author(s)
      Tamura, T., et al.
    • Journal Title

      Journal of Forensic and Legal Medicine

      Volume: 20 Pages: 112-116

    • DOI

      10.1016/j.jflm.2012.05.005

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of an Asian-specific nonsynonymous EDAR variant on multiple dental traits2012

    • Author(s)
      Park JH, (13名省略), Kimura R
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: 57 Pages: 508-514

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.60

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Association of melanocortin 1 receptor gene (MC1R) polymorphisms with skin reflectance and freckles in Japanese2012

    • Author(s)
      Yamaguchi K, (8名省略), Kimura R
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: 57 Pages: 700-708

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.96

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Association of common PAX9 variants with permanent tooth size variation in non-syndromic East Asian populations2012

    • Author(s)
      Lee, W. C., et al.
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 57 Pages: 654-659

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.90

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DRD4 VNTR polymorphism in Oceanic populations2012

    • Author(s)
      Naka, I., et al.
    • Journal Title

      Anthropological Science

      Volume: 120 Pages: 151-155

    • DOI

      10.1537/ase.110901

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The history of human populations in the Japanese Archipelago inferred from genome-wide SNP data with a special reference to the Ainu and the Ryukyuan populations2012

    • Author(s)
      Jinam, T., et al.
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 57 Pages: 787-795

    • DOI

      10.1038/jhg.2012.114

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Dispersals of modern humans: inferences from genome diversity data2012

    • Author(s)
      Kimura R.
    • Organizer
      RNMH2012: the first conference
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      20121118-20121124
  • [Presentation] WNT10Aの多型は歯冠サイズと関連する

    • Author(s)
      木村亮介他
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] ゲノムワイドSNPデータに基づく琉球列島の人々の集団構造

    • Author(s)
      佐藤丈寛
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 候補遺伝子アプローチによる日本人皮膚色の関連遺伝子多型の同定

    • Author(s)
      山口今日子
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 日本およびアジア集団におけるヒト四肢骨の形態的特徴

    • Author(s)
      久高将臣
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 相同モデリングを用いたヒト顔面の三次元形態解析

    • Author(s)
      宮里絵理
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] mtDNA分析による出土魚骨の種判別:沖縄県勝連城跡からの魚骨を用いた可能性調査

    • Author(s)
      川口亮
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 若年成人における関節可動域にみられる全身的共変動パターン

    • Author(s)
      諸見里恵一
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 2D:4D比は性ホルモン関連形質の指標として妥当なのか?

    • Author(s)
      米須学美
    • Organizer
      第66回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] A common variant in WNT10A is associated with the variation in tooth size

    • Author(s)
      木村亮介他
    • Organizer
      第118回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      高松
  • [Presentation] 3D morphometrics of human face based on homologous modeling

    • Author(s)
      宮里絵理他
    • Organizer
      第118回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      高松

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Published: 2014-07-24  

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