生活習慣病の予防・診断および薬剤投与前の事前診断のための遺伝子解析法の開発

2010 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 22710191
• Research Institution: Research Institute, International Medical Center of Japan
• Principal Investigator: 西田 奈央 独立行政法人国立国際医療研究センター, 肝炎・免疫研究センター, 上級研究員 (50456109)
• Keywords: SNP / タイピング / 多因子疾患

Research Abstract

個人に対応した生活習慣病の予防・診断や薬剤投与前の事前診断を目的とするSNP解析では、短時間で正確な解析結果を得ることが重要となる。本研究では、DigiTag2法によるSNP解析を短時間かつ低コストで実施することを目指して、実験プロトコルの改良を進める。
本年度は、DigiTag2法によるSNP解析にかかる時間を短縮するためのプロトコル改良を実施した。従来のプロトコルでは、Qiagen multiplex PCRキット(工程:マルチプレックスPCR)およびEx Taq polymerase酵素(工程:ラベリング)を使用し、それぞれの工程に5時間30分、3時間30分の時間がかかっていた。両工程で使用する酵素をKAPA2G FAST PCRキット(KAPA)に変えたところ、それぞれの工程にかかる時間を、2時間、1時間30分まで短縮することが可能であることが明らかとなった。SNP解析結果を得るためにかかる総時間についても、従来のプロトコルでは10時間を超えていたが、今回の改良により約5時間まで短縮することができた。
KAPA2G FAST PCRキットを用いたSNP解析結果を、従来のプロトコルによるSNP解析結果と比較したところ、解析結果に大きな違いは見られなかった。現在、ヒトの様々な疾患(肝炎、2型糖尿病など)を対象として、KAPA2G FAST PCRキットを用いたDigiTag2法によるSNP解析を実施している。その結果、443種のSNPを対象とした解析を実施し、そのうち419種のSNPで遺伝子型を決定することに成功した(タイピング成功率94.6%)。
来年度は、タイピングコストの削減を目指した実験プロトコルの改良を実施する。

Research Products

• [Journal Article] Common variation in GPC5 is associated with acquired nephrotic syndrome. (2011)
  • Author(s): Okamoto K, Tokunaga K, Doi K, Fujita T, Suzuki H, Katoh T, Watanabe T, Nishida N, Mabuchi A, Takahashi A, Kubo M, Maeda S, Nakamura Y, Noiri E
  • Journal Title: Nature Genetics Volume: (掲載確定) Pages: 459-463
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Comparative analysis of copy number variation detection methods and database construction. (2011)
  • Author(s): Koike A, Nishida N, Yamashita D, Tokunaga K.
  • Journal Title: BMC Genetics Volume: 12 Pages: 29
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Association of IL28B variants with response to pegylated-interferon alpha plus ribavirin combination therapy reveals intersubgenotypic differences between genotypes 2a and 2b. (2011)
  • Author(s): Sakamoto N, Nakagawa M, Tanaka Y, Sekine-Osajima Y, Ueyama M, Kurosaki M, Nishida N, Tamori A, Yuki NS, Itsui Y, Azuma S, Kakinuma S, Hige S, Itoh Y, Tanaka E, Hiasa Y, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M, Watanabe M ; the Ochanomizu-Liver Conference Study Group.
  • Journal Title: J Medical Virology Volume: 83 Pages: 871-878
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pre-treatment prediction of response to pegylated-interferon plus ribavirin for chronic hepatitis C using genetic polymorphism in IL28B and viral factors. (2011)
  • Author(s): Kurosaki M, Tanaka Y, Nishida N, Sakamoto N, Enomoto N, Honda M, Sugiyama M, Matsuura K, Sugauchi F, Asahina Y, Nakagawa M, Watanabe M, Sakamoto M, Maekawa S, Sakai A, Kaneko S, Ito K, Masaki N, Tokunaga K, Izumi N, Mizokami M.
  • Journal Title: Journal of Hepatology Volume: 54 Pages: 439-48
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ITPA gene variant protects against anemia induced by pegylated interferon-α and ribavirin therapy for Japanese patients with chronic hepatitis C. (2010)
  • Author(s): Sakamoto N, Tanaka Y, Nakagawa M, Yatsuhashi H, Nishiguchi S, Enomoto N, Azuma S, Nishimura-Sakurai Y, Kakinuma S, Nishida N, Tokunaga K, Honda M, Ito K, Mizokami M, Watanabe M.
  • Journal Title: Hepatology Research Volume: 40 Pages: 1063-1071
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Meta-analysis of genome-wide association scans for genetic susceptibility to endometriosis in Japanese population. (2010)
  • Author(s): Adachi S, Tajima A, Quan J, Haino K, Yoshihara K, Masuzaki H, Katabuchi H, Ikuma K, Suginami H, Nishida N, Kuwano R, Okazaki Y, Kawamura Y, Sasaki T, Tokunaga K, Inoue I, Tanaka K.
  • Journal Title: Journal of Human Genetics Volume: 55 Pages: 816-821
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] lambda-Interferons and the single nucleotide polymorphisms : A milestone to tailor-made therapy for chronic hepatitis C. (2010)
  • Author(s): Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, Tokunaga K, Mizokami M.
  • Journal Title: Hepatology Research Volume: 40 Pages: 449-460
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptional regulation of endochondral ossification by HIF-2α during skeletal growth and osteoarthritis development (2010)
  • Author(s): Taku Saito, Atsushi Fukai, Akihiko Mabuchi, Toshiyuki Ikeda, Fumiko Yano, Shinsuke Ohba, Nao Nishida, Toru Akune, Noriko Yoshimura, Takumi Nakagawa, Kozo Nakamura, Katsushi Tokunaga, Ung-il Chung, Hiroshi Kawaguchi
  • Journal Title: Nature Medicine Volume: 16 Pages: 678-686
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Association analysis of susceptibility candidate region on chromosome 5q31 for tuberculosis. (2010)
  • Author(s): Ridruechai C, Mahasirimongkol S, Phromjai J, Yanai H, Nishida N, Matsushita I, Ohashi J, Yamada N, Moolphate S, Summanapan S, Chuchottaworn C, Manosuthi W, Kantipong P, Kanitvittaya S, Sawanpanyalert P, Keicho N, Khusmith S, Tokunaga K
  • Journal Title: Genes and Immunity Volume: 11 Pages: 416-422
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Genome-wide association study (GWAS) opens a new approach to identify host genetic factors for multifactorial diseases (2010)
  • Author(s): 西田奈央
  • Organizer: aAsian Hepatitis Forum
  • Place of Presentation: Tokyo Disney Sea Hotel MIRACOSTA(千葉県、浦安市)
  • Year and Date: 2010-12-16
• [Presentation] C型慢性肝炎に対するペグインターフェロン+リバビリン併用療法の有効性を規定するホスト側遺伝要因の同定 (2010)
  • Author(s): 西田奈央、田中靖人、杉山真也、小池麻子、提嶋恵美、小笠原有子、石橋良美、柴田靖加、溝上雅史、徳永勝士
  • Organizer: 日本分子生物学会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県、神戸市)
  • Year and Date: 2010-12-10
• [Presentation] C型慢性肝炎に対するペグインターフェロン+リバビリン併用療法の有効性を規定するIL28B遺伝子の同定 (2010)
  • Author(s): 西田奈央、田中靖人、杉山真也、小池麻子、提嶋恵美、小笠原有子、石橋良美、柴田靖加、溝上雅史、徳永勝士
  • Organizer: 日本人類遺伝学会
  • Place of Presentation: 大宮ソニックシティ(埼玉県、大宮市)
  • Year and Date: 2010-10-30
• [Presentation] Genome-wide screening to identify host genetic factors for hepatitis and developing a public database "Human Genome Variation Database" (2010)
  • Author(s): 西田奈央
  • Organizer: 2010 Translational Research Excellence Conference
  • Place of Presentation: Brisbane Convention & Exhibition Centre (Brisbane, Australia)
  • Year and Date: 2010-10-11