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2011 Fiscal Year Annual Research Report

生活習慣病の予防・診断および薬剤投与前の事前診断のための遺伝子解析法の開発

Research Project

Project/Area Number 22710191
Research Institution独立行政法人国立国際医療研究センター

Principal Investigator

西田 奈央  独立行政法人国立国際医療研究センター, その他部局等, 上級研究員 (50456109)

KeywordsSNP / タイピング / 多因子疾患
Research Abstract

個人に対応した生活習慣病の予防・診断や薬剤投与前の事前診断を目的とするSNP解析では、短時間で正確な解析結果を得ることが重要となる。本研究では、DigiTag2法によるSNP解析を短時間かつ低コストで実施することを目指して、実験プロトコルを改良した。
従来のプロトコルでは、Qiagen multiplex PCRキット(工程:マルチプレックスPCR)およびEx Taqpolymerase酵素(工程:ラベリング)を使用し、それぞれの工程に5時間30分、3時間30分の時間がかかっていた。両工程で使用する酵素をKAPA2G FAST PCRキット(KAPA)に変えたところ、それぞれの工程にかかる時間を、2時間、1時間30分まで短縮することが可能であることが明らかとなった。SNP解析結果を得るためにかかる総時間についても、従来のプロトコルでは約13時間を要していたが、今回の改良により約7時間まで短縮することができた。
KAPA2G FAST PCRキットを用いたSNP解析結果を、従来のプロトコルによるSNP解析結果と比較したところ、解析結果に大きな違いは見られなかった。ヒトの様々な疾患(肝炎、2型糖尿病など)を対象として、全3,500種のSNPタイピングを実施し、そのうち3,205種のSNPタイピングに成功した(成功率91.57%)。
また、タイピングコストの削減を目指して、1箇所のSNPについて5種のオリゴDNAを必要とした従来のプロトコルから、3種/SNPで済む一塩基伸長法による遺伝子型決定を試みた。一塩基伸長法に適したプローブ配列の設計パラメータを決定した。なお、プローブデザインはVisual OMPソフトウェアを用いて実施した。

  • Research Products

    (16 results)

All 2012 2011

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (6 results)

  • [Journal Article] Meta-analysis identifies nine new loci associated with rheumatoid arthritis in the Japanese population2012

    • Author(s)
      Okada Y, Terao C, Ikari K, Kochi Y, Ohmura K, Suzuki A, Kawaguchi T, Stahl EA, Kurreeman FA, Nishida N, Ohmiya H, Myouzen K, Takahashi M, Sawada T, Nishioka Y, Yukioka M, Matsubara T, Wakitani S, Teshima R, Tohma S, Takasugi K, Shimada K, Murasawa A, Honjo S, Matsuo K, Tanaka H, Tajima K, Suzuki T, Iwamoto T, Kawamura Y, Tanii H, Okazaki Y, Sasaki T, Gregersen PK, Padyukov L, Worthington J, Siminovitch KA, Lathrop M, Taniguchi A, Takahashi A, Tokunaga K, Kubo M, Nakamura Y, Kamatani N, Mimori T, Plenge RM, Yamanaka H, Momohara S, Yamada R, Matsuda F, Yamamoto K
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 44(掲載確定) Pages: 511-516

    • DOI

      10.1038/ng.2231

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Highly parallel and short-acting amplification with locus-specific primers to detect single nucleotide polymorphisms by the DigiTag2 assay2012

    • Author(s)
      Nishida N, Mawatari Y, Sageshima M, Tokunaga K
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 7 Pages: e29967

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic relationships between Japanese native and commercial breeds using 70 chicken autosomal SNP genotypes by the DigiTag2 assay2012

    • Author(s)
      Shimogiri T, Nishida N, Kudo M, Niwa K, Nishibori M, Kinoshita K, Okamoto S, Maeda Y, Tokunaga K, Yasue H
    • Journal Title

      Anim Genet

      Volume: 43 Pages: 98-103

    • DOI

      10.1111/j.1365-2052.2011.02206.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] C/EBPβ and RUNX2 cooperate to degrade cartilage with MMP-13 as the target and HIF-2α as the inducer in chondrocytes2012

    • Author(s)
      Hirata M, Kugimiya F, Fukai A, Saito T, Yano F, Ikeda T, Mabuchi A, Sapkota BR, Akune T, Nishida N, Yoshimura N, Nakagawa T, Tokunaga K, Nakamura K, Chung UI, Kawaguchi H
    • Journal Title

      Hum Mol Genet

      Volume: 21 Pages: 1111-1123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] No evidence for strong recent positive selection favoring the 7 repeat allele of VNTR in the DRD4 gene2011

    • Author(s)
      Naka I, Nishida N, Ohashi J
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 6 Pages: e24410

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relationship between polymorphisms of the inosine triphosphatase gene and anaemia or outcome after treatment with pegylated interferon and ribavirin2011

    • Author(s)
      Kurosaki M, Tanaka Y, Tanaka K, Suzuki Y, Hoshioka Y, Tamaki N, Kato T, Yasui Y, Hosokawa T, Ueda K, Tsuchiya K, Kuzuya T, Nakanishi H, Itakura J, Takahashi Y, Asahina Y, Matsuura K, Sugauchi F, Enomoto N, Nishida N, Tokunaga K, Mizokami M, Izumi N
    • Journal Title

      Antivir Ther

      Volume: 16 Pages: 685-694

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome-wide association study identified ITPA/DDRGK1 variants reflecting thrombocytopenia in pegylated interferon and ribavirin therapy for chronic hepatitis C2011

    • Author(s)
      Tanaka Y, Kurosaki M, Nishida N, Sugiyama M, Matsuura K, Sakamoto N, Enomoto N, Yatsuhashi H, Nishiguchi S, Hino K, Hige S, Itoh Y, Tanaka E, Mochida S, Honda M, Hiasa Y, Koike A, Sugauchi F, Kaneko S, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M
    • Journal Title

      Hum Mol Genet

      Volume: 20 Pages: 3507-3516

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The serum leptin level and body mass index in Melanesian and Micronesian Solomon Islanders : focus on genetic factors and urbanization2011

    • Author(s)
      Furusawa T, Naka I, Yamauchi T, Natsuhara K, Kimura R, Nakazawa M, Ishida T, Nishida N, Eddie R, Ohtsuka R, Ohashi J
    • Journal Title

      Am J Hum Biol

      Volume: 6 Pages: e20589

    • DOI

      10.1002/ajhb.21124

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Common variation in GPC5 is associated with acquired nephrotic syndrome2011

    • Author(s)
      Okamoto K, Tokunaga K, Doi K, Fujita T, Suzuki H, Katoh T, Watanabe T, Nishida N, Mabuchi A, Takahashi A, Kubo M, Maeda S, Nakamura Y, Noiri E
    • Journal Title

      Nat Genet

      Volume: 43 Pages: 459-463

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Association of IL28B variants with response to pegylated-interferon alpha plus ribavirin combination therapy reveals intersubgenotypic differences between genotypes 2a and 2b2011

    • Author(s)
      Sakamoto N, Nakagawa M, Tanaka Y, Sekine-Osajima Y, Ueyama M, Kurosaki M, Nishida N, Tamori A, Yuki NS, Itsui Y, Azuma S, Kakinuma S, Hige S, Itoh Y, Tanaka E, Hiasa Y, Izumi N, Tokunaga K, Mizokami M, Watanabe M; Ochanomizu-Liver Conference Study Group
    • Journal Title

      J Med Virol

      Volume: 83 Pages: 871-878

    • DOI

      10.1002/jmv.22038

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The association of HLA-DP locus with chronic hepatitis B and viral clearance in Japanese and Korean2012

    • Author(s)
      Nao Nishida, Hiromi Sawai, Masaya Sugiyama, Kentaro Matsuura, Kwang-Hyub Han, Asako Koike, Sang Hoon Ahn, Katsushi Tokunaga, Yasuhito Tanaka, Masashi Mizokami
    • Organizer
      Asian Pacific Association for the Study of the Liver 2012
    • Place of Presentation
      Taipei (Taiwan)
    • Year and Date
      2012-02-19
  • [Presentation] A genome-wide association study identifies the association of HLA-DP locus with chronic hepatitis B and viral clearance2011

    • Author(s)
      Nao Nishida, Hiromi Sawai, Yoriko Mawatari, Megumi Yamaoka, Asako Koike, Kentaro Matsuura, Yasuhito Tanaka, Masaya Sugiyama, Kiyoaki Ito, Masashi Mizokami, Katsushi Tokunaga
    • Organizer
      International Congress of Human Genetics 2011 (61th Annual ASHG Meeting)
    • Place of Presentation
      Montreal (Canada)
    • Year and Date
      20111011-20111015
  • [Presentation] B型肝炎慢性化、B型肝炎ウイルス排除を規定するHLA-DP遺伝子の同定2011

    • Author(s)
      西田奈央,田中靖人,澤井裕美,杉山真也,馬渡頼子,提嶋恵美,小笠原有子,石橋良美,馬場菜津美,溝上雅史,徳永勝士
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] Short-acting 192-plex PCR with locus specific primers to detect single nucleotide polymorphisms by DigiTag2 assay2011

    • Author(s)
      馬渡頼子,提嶋恵美,西田奈央,徳永勝士
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2011-12-13
  • [Presentation] 統合化推進プログラムにおけるヒトゲノムバリエーションデータベース2011

    • Author(s)
      小池麻子, 西田奈央, 吉田真希子, 井ノ上逸朗, 辻省次, 徳永勝士
    • Organizer
      日本DNA多型学会第20回学術集会e
    • Place of Presentation
      はまぎんホールヴィアマーレ(神奈川県、横浜市)
    • Year and Date
      2011-12-01
  • [Presentation] The association of HLA-DP locus with chronic hepatitis B and viral clearance2011

    • Author(s)
      Nishida N, Sawai H, Mawatari Y, Yamaoka M, Matsuura K, Tanaka Y, Sugiyama M, Ito K, Tokunaga K, Mizokami M
    • Organizer
      American Association for the study of Liver Diseases The Liver Meeting 2011
    • Place of Presentation
      San Fransisco
    • Year and Date
      2011-11-05

URL: 

Published: 2013-06-26  

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