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2010 Fiscal Year Annual Research Report

DNA損傷を乗り越えるDNAポリメラーゼζ/REV1複合体の構造機能解析

Research Project

Project/Area Number 22770109
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

橋本 博  横浜市立大学, 助教 (40336590)

KeywordsDNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA損傷 / 損傷乗り越えDNA合成 / 突然変異 / 構造解析 / タンパク質間相互作用
Research Abstract

DNAポリメラーゼ ゼータ(Polζ)とREV1は損傷乗り越えDNA合成における中心的なDNA合成酵素であり,その機能欠失は胎性致死や高発がん性など,細胞機能に重大な変調を来す.PolζとREV1は複合体を形成するが,その立体構造、相互作用や損傷乗り越えDNA合成のメカニズムは不明である.本研究では,Polζ/REV1複合体の立体構造をX線結晶構造解析によって解明する.また,Polζ/REV1複合体の相互作用を生化学的に解析し,その構築原理を解明することを目指す.
Polζ(REV7/REV3複合体)は,pETDuet-1ベクターを利用した大腸菌の共発現系で発現させ,ニッケルアフィニティーカラムクロマトグラフィー,陰イオン交換カラムクロマトグラフィー,ゲル濾過カラムクロマトグラフィーによって精製した.ヒトREV1(1130-1251)はGST融合タンパク質として精製し,その後GSTタグをプロテアーゼで切断した.しかし,REV1(1130-1251)が構造的に不安定なためか,分解する傾向があり,結晶化に適した試料を得ることが出来なかった.そこで,REV1(1130-1251)はGST融合タンパク質として精製し,精製したREV7-REV3複合体と混合することでPolζ/REV1複合体を調製した.得られた試料を用いて,結晶化条件のスクリーニングを行った.様々なタンパク質濃度で結晶化を試みたが現在までのところ結晶は得られていない.今後は安定なREV1が得られる発現系の検討を進め,結晶化を行っていく.

  • Research Products

    (25 results)

All 2011 2010

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (19 results)

  • [Journal Article] Crystallization of Bg7S, Purification, crystallization and X-ray diffraction study of basic 7S globulin from soybean2011

    • Author(s)
      Takuya Yoshizawa, Hiroshi Hashimoto, Toshiyuki Shimizu, Mayuki Yamabe, Naoki Shichijo, Kazuki Hanada, Hisashi Hirano, Mamoru Sato
    • Journal Title

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun

      Volume: F67 Pages: 87-89

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and X-ray diffraction studies of DNA-free and DNA-bound forms of EcoO109I DNA methyltransferase2010

    • Author(s)
      Makoto Iwamoto, Asami Hishiki, Takashi Shimada, Tsuyoshi Imasaki, Junko Tsuda, Keiko Kita, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • Journal Title

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun

      Volume: F66 Pages: 1528-1530

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications2010

    • Author(s)
      Hiroshi Hashimoto, Kodai Hara, Asami Hishiki, Shigeta Kawaguchi, Naoki Shichijo, Keishi Nakamura, Satoru Unzai, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato
    • Journal Title

      EMBO Rep

      Volume: 11 Pages: 848-853

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, purification and crystallization of Swi5 and the Swi5-Sfr1 complex from fission yeast2010

    • Author(s)
      Naoyuki Kuwabara, Hiroshi Hashimoto, Noriyo Yamada, Satoru Unzai, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato, Yasuo Murayama, Hiroshi Iwasaki, Toshiyuki Shimizu
    • Journal Title

      Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun

      Volume: F66 Pages: 1124-1126

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and functional characterization of Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin2010

    • Author(s)
      Itaru Yanagihara, Kumiko Nakahira, Tsutomu Yamane, Shuji Kaieda, Kouta Mayanagi, Daizo Hamada, Takashi Fukui, Kiyouhisa Ohnishi, Shin'ichiro Kajiyama, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Takahisa Ikegami, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Honda, Hiroshi Hashimoto
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 285 Pages: 12299-12307

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 腸炎ビブリオが産生する耐熱性溶血毒TDHの構造と機能2010

    • Author(s)
      橋本博, 山根努, 池口満徳, 中平久美子, 柳原格
    • Journal Title

      日本結晶学会誌

      Volume: 52 Pages: 285-289

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 腸炎ビブリオが産生する耐熱性溶血毒TDHの構造解析2011

    • Author(s)
      橋本博, 中平久美子, 山根努, 福井貴史, 大西紀陽久, 清水敏之, 本田武司, 佐藤衛, 池口満徳, 柳原格
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110107-20110110
  • [Presentation] 制限酵素EcoO109IのDNA結合メカニズムの構造学的解明2011

    • Author(s)
      渡部みなみ, 橋本博, 喜多恵子, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110107-20110110
  • [Presentation] ニンジン由来Extra cellular dermal glycoproteinの結晶構造解析2011

    • Author(s)
      吉澤拓也, 橋本博, 清水敏之, 平野久, 佐藤衛
    • Organizer
      第24回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20110107-20110110
  • [Presentation] 生殖細胞の形成に関わるゼブラフィッシュ由来Nanosタンパク質の構造生物学的研究2011

    • Author(s)
      橋本博
    • Organizer
      三重大学大学院生物資源学研究科 生物圏生命科学専攻博士後期課程 重点シンポジウム
    • Place of Presentation
      三重大学
    • Year and Date
      2011-02-21
  • [Presentation] Crystal structure of Nanos zinc-finger domain reveals functional implication of RNA-binding2010

    • Author(s)
      H.Hashimoto, K.Hara, A.Hishiki, S.Kawaguchi, N.Shichijo, K.Nakamura, S.Unzai, Y.Tamaru, T.Shimizu, M.Sato
    • Organizer
      BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] Crystal structure of xyloglucan specific endo-beta-1,4-glucanase from Aspergillus aculeatus2010

    • Author(s)
      T.Yoshizawa, H.Hashimoto, T.Shimizu, H.Hirano, M.Sato
    • Organizer
      BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] 相同組換えに関わるSwi5-Sfr1複合体の構造機能解析2010

    • Author(s)
      桑原直之, 橋本博, 小甲裕一, 池口満徳, 佐藤衛, 真柳浩太, 村山泰斗, 岩崎博史, 清水敏之
    • Organizer
      BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20101207-20101210
  • [Presentation] 腸炎ビブリオの産出する耐熱性溶血毒TDHの構造研究2010

    • Author(s)
      橋本博, 中平久美子, 山根努, 福井貴史, 大西紀陽久, 清水敏之, 本田武司, 佐藤衛, 池口満徳, 柳原格
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      大阪大学吹田キャンパス
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] 制限酵素EcoO109IのDNA結合に関する構造基盤2010

    • Author(s)
      渡部みなみ, 橋本博, 喜多恵子, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      大阪大学吹田キャンパス
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] GH12に属するキシログルカン特異的エンドグルカナーゼXEGの結晶構造解析2010

    • Author(s)
      吉澤拓也, 橋本博, 清水敏之, 佐藤衛
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      大阪大学吹田キャンパス
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] Sulfolobus tokodaii由来PCNA2-PCNA3複合体の立体構造2010

    • Author(s)
      河合聡人, 橋本博, 樋口成定, 角田大, 佐藤衛, 中村和郎, 宮本秀一
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      大阪大学吹田キャンパス
    • Year and Date
      20101203-20101205
  • [Presentation] Crystal structure of thermostable direct hemolysin from Vibrio parahaemolyticus2010

    • Author(s)
      H.Hashimoto, K.Nakahira, T.Yamane, T.Fukui, K.Ohnishi, T.Shimizu, T.Honda, M.Sato, M.Ikeguchi, I.Yanagihara
    • Organizer
      AsCA2010
    • Place of Presentation
      Busan, Korea
    • Year and Date
      20101031-20101103
  • [Presentation] Crystal structures of extra cellular dermal glycoprotein from carrot and xyloglucan specific endo-β-1,4-glucanase from aspergillus aculeatus2010

    • Author(s)
      T.Yoshizawa, H.Hashimoto T.Shimizu, H.Hirano, M.Sato
    • Organizer
      AsCA2010
    • Place of Presentation
      Busan, Korea
    • Year and Date
      20101031-20101103
  • [Presentation] Crystal structure of human REV7 in complex with a human REV3 fragment and structural implication of the interaction between DNA polymerase ζ and REV12010

    • Author(s)
      H.Hashimoto, K.Hara, Y.Murakumo, S.Kobayashi, T.Kogame, S.Unzai, S.Akashi, S.Takeda, T.Shimizu, M.Sato
    • Organizer
      3R meeting
    • Place of Presentation
      Toyama Conference Center
    • Year and Date
      20101016-20101030
  • [Presentation] Biochemical analysis of PCNA-ubiquitination in humans2010

    • Author(s)
      Y.Masuda, M.Suzuki, H.Kawai, A.Hishiki, H.Hashimoto, F.Suzuki, K.Kamiya
    • Organizer
      3R meeting
    • Place of Presentation
      Toyama Conference Center
    • Year and Date
      20101016-20101030
  • [Presentation] Structural study of thermostable direct hemolysin from Vibrio parahaemolyticus2010

    • Author(s)
      H.Hashimoto, K.Nakahira, T.Yamane, T.Fukui, K.Ohnishi, T.Shimizu, T.Honda, M.Ikeguchi, M.Sato, I.Yanagihara
    • Organizer
      第48回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] Solution structure of S.pombe Swi5-Sfr1 studied by small angle X-ray scattering2010

    • Author(s)
      Y.Kokabu, Y.Murayama, M.Kuwabara, T.Oroguchi, H.Hashimoto, T.Shimizu, H.Iwasaki, M.Sato, M.Ikeguchi
    • Organizer
      第48回生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス
    • Year and Date
      20100920-20100922
  • [Presentation] X線小角散乱法による分裂酵母Swi5-Sfr1の溶液構造解析2010

    • Author(s)
      小甲裕一, 村山泰斗, 桑原直之, 苙口友隆, 橋本博, 清水敏之, 岩崎博史, 佐藤衛, 池口満徳
    • Organizer
      第10回タンパク質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      20100616-20100618
  • [Presentation] 損傷乗り越えDNA合成におけるタンパク質間相互作用の構造生物学2010

    • Author(s)
      橋本博
    • Organizer
      第18回大阪府立母子保健総合医療センターシンポジウム(母と子のすこやか基金)
    • Place of Presentation
      大阪府立母子保健総合医療センター研究所
    • Year and Date
      2010-12-24

URL: 

Published: 2012-07-19  

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