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2023 Fiscal Year Research-status Report

Phylogeography of dipterocarp species based on whole chloroplast genome sequencing

Research Project

Project/Area Number 22K06374
Research InstitutionEhime University

Principal Investigator

上谷 浩一  愛媛大学, 農学研究科, 教授 (80638792)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Keywordsフタバガキ科 / 東南アジア / 熱帯雨林 / 葉緑体ゲノム / 遺伝的多様性
Outline of Annual Research Achievements

本研究では,従来の短いDNA配列解析からは不明瞭であったフタバガキ科樹木の分布域形成の歴史を解明するために,フタバガキ科主要3種の葉緑体全ゲノムデー タを解析することで,遺伝的多様性の地理的分布を明らかにする。フタバガキ科樹木の葉緑体ゲノム全塩基配列を決定するために,既存のDNAサンプルを再調整し,15Gbの塩基配列を取得した。これらのショットガンシーケンスによるゲノム断片配列データを用いて葉緑体ゲノムのアセンブリをおこなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

次世代シーケンス解析用のサンプルを再調整し,葉緑体ゲノム全塩基配列を決定するためのゲノム断片配列データを得ることができた。これによって,葉緑体ゲノム情報に基づいた集団ゲノム解析のために十分な情報を得ることができる。

Strategy for Future Research Activity

対象のフタバガキ科樹木3種複数個体のゲノム配列を決定し,特に地域間の遺伝的差異に関する解析を実施する。

Causes of Carryover

本年度は予定していた次世代シーケンシング解析を受託しなかったため,経費の一部を翌年度に繰り越した。

  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] National Research and Innovation Agency(インドネシア)

    • Country Name
      INDONESIA
    • Counterpart Institution
      National Research and Innovation Agency
  • [Int'l Joint Research] Universiti Putra Malaysia/Forest Department Sarawak/Sabah Forestry Department(マレーシア)

    • Country Name
      MALAYSIA
    • Counterpart Institution
      Universiti Putra Malaysia/Forest Department Sarawak/Sabah Forestry Department
  • [Int'l Joint Research] Nanyang Technological University(シンガポール)

    • Country Name
      SINGAPORE
    • Counterpart Institution
      Nanyang Technological University
  • [Journal Article] Revealing the genetic structure of Indonesia Moluccan dipterocarps species, Rubroshorea selanica2024

    • Author(s)
      Henti Hendalastuti Rachmat, Asep Hidayat, Koichi Kamiya, Ko Harada
    • Journal Title

      International Journal of Agriculture and Biology

      Volume: 31 Pages: 183-191

    • DOI

      10.17957/IJAB/15.2130

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genetic structure and population history of a peat swamp forest tree species, <i>Shorea albida</i> (Dipterocarpaceae), in Brunei Darussalam2023

    • Author(s)
      Ogasahara Misato、Cobb Alexander R.、Sukri Rahayu Sukmaria、Metali Faizah、Kamiya Koichi
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 98 Pages: 35~44

    • DOI

      10.1266/ggs.22-00112

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Drought tolerance in dipterocarp species improved through interspecific hybridization in a tropical rainforest2023

    • Author(s)
      Kenzo Tanaka、Ichie Tomoaki、Norichika Yuki、Kamiya Koichi、Inoue Yuta、Min Ngo Kang、Lum Shawn K.Y.
    • Journal Title

      Forest Ecology and Management

      Volume: 548 Pages: 121388~121388

    • DOI

      10.1016/j.foreco.2023.121388

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 次世代シーケンスデータを用いたフタバガキ科樹木 2 種 Shorea curtisii と S. leprosula の集団遺伝構造2023

    • Author(s)
      小笠原実里・Alexander R. Cobb・Rahayu Sukmaria Sukri・Faizah Metali・田中憲蔵・米田令仁・Mohamad A. Azani・Shawn K. Y. Lum・上谷浩一
    • Organizer
      第33回日本熱帯生態学会大会
  • [Presentation] Provisional estimate of effective population size (Ne) of trees in Borneo: a potential index of genetic diversity and conservation2023

    • Author(s)
      Akira Itoh・Satoshi Nanami・Seiya Okuno, Koichi Kamiya・Sylvester Tan・Mohizah bt. Mohamad
    • Organizer
      第33回日本熱帯生態学会大会
  • [Presentation] Genetic and genomic studies for biodiversity conservation2023

    • Author(s)
      Kamiya K
    • Organizer
      Kagawa International Forum on Advanced Genomics Environmental and Resource Genomics and Life Sciences-II
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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