2022 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of cancer mutagen by novel signature analysis
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22K07164
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
福世 真樹 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (40639085)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大崎 敬子 杏林大学, 医学部, 教授 (90255406)
石川 健 久留米大学, 分子生命科学研究所, 助教 (10554040)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 癌 / 変異解析 / シグナチャー解析 / ピロリ菌 / 塩基切り出し型制限酵素 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
従来の変異シグナチャーの拡張
(A-1)3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し，3塩基パターンから従来の変異シグナチャー解析と同等の結果が得られることを確認した．(A-3)胃癌の5塩基パターン解析からNGTAC配列の濃縮を確認し，当初から注目していた4塩基パターンGTAC(PabI制限酵素の認識配列)が重要であることを再確認した．
ピロリ菌の持つPabIファミリー制限酵素の胃癌変異源か？
予備的な解析から胃癌変異源と考えられたピロリ菌の持つ塩基切り出し型制限酵素(PabI)について，(B-1)E.coli T7 Express lysY/Iq株へMK9544株からファージP1での形質導入によってrpsl-Str(R) Kan(R)-rpslStr(S)を導入し，PabI発現プラスミドを導入したNT122株を作成した．この系ではrpsL遺伝子に起こった変異をストレプトマイシンでカウンターセレクション可能である．この系を用いて変異導入実験を行ったところ，IPTGによる変異導入(PabI発現)によって変異率が2桁弱上昇していることが明らかになった．(B-2)この株を用いて変異導入後にストレプトマイシン処理後にサンプルを回収しrpsL遺伝子領域のアンプリコンシーケンスを行った．(A-2)このシーケンシングデータについて変異解析を行った後，(A-1)で作成したプログラムを用いて4塩基パターン解析を行ったが，PabI発現の有無によるGTACパターンの有意な濃縮は見られなかった．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
従来の変異シグナチャーの拡張については，当初の計画通りに3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し従来の変異シグナチャー解析と結果に相違がないことを確認しただけでなく，翌年度の(A-3)についても予備的な結果が出ており順調に進んでいる．
一方，ピロリ菌の持つPabI制限酵素が胃癌変異源であるかの立証については，予定通りに系の構築，変異導入実験，解析を行うことが出来たが，思うように変異が得られなかった．こちらに関してはまさに研究計画時に予想されていた問題点であり，予定通り(B-3)全ゲノム解析と(B-4)系の改良によって解決すれば問題ないと考えられる．
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| Strategy for Future Research Activity |
2023年度はPabI変異生成実験については予定通り(B-3)全ゲノム解析を行うと共に，(B-4)PabI変異生成系の改良について，前倒しで取り掛かる．また，(A-3)新規癌変異シグナチャー解析手法を用いた全癌変異解析についても2022年度に予備的な結果が出た胃癌だけでなく，全癌種に探索の幅を広げて解析を行い，変異誘導源の探索を行う．
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| Causes of Carryover |
（A-2）rpsL遺伝子変異解析とシグナチャー解析の結果，当初再来年度に予定して（B-4）PabI変異生成系の改良を繰り上げて来年度から実施する事とした．その為に今年度の予算の一部をそちらに回す．大腸菌培養関連試薬，核酸抽出キット，実験に用いるプラスチック器具，制限酵素やDNA ligation試薬等の遺伝子工学実験に必要な試薬の購入に使用する予定である．
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[Journal Article] Proteogenomic landscape and clinical characterization of GH-producing pituitary adenomas/somatotroph pituitary neuroendocrine tumors2022
Author(s)
Yamato A,Nagano H,Gao Y,Matsuda T,Hashimoto N,Nakayama A,Yamagata K,Yokoyama M,Gong Y,Shi X,Zhahara N,Kono T,Taki Y,Furuki N,Nishimura M,Horiguchi K,Iwadate Y,Fukuyo M,Rahmutulla B,Kaneda A,Hasegawa Y,Kawashima Y,Ohara O,Ishikawa T,Kawakami E,Nakamura Y,Inoshita N,Yamada S,Fukuhara N,Nishioka H,Tanaka T
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Journal Title
Communications Biology
Volume: 5
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Epigenetic activation of regions surrounding HPV integrated sites contributes to tumorigenesis of HNSCC2022
Author(s)
Masato Mima, Atsushi Okabe, Takuya Nakagawa, Tomoya Kurokawa, Satoru Kondo, Harue Mizokami, Masaki Fukuyo, Bhityar R. Nawai, Takayuki Hoshii, Kiyoshi Misawa, Atsushi Kaneda
Organizer
第81回日本癌学会学術総会
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