2022 Fiscal Year Research-status Report
ナノポアシークエンサーによる血中マイクロバイオーム解析に基づく敗血症診断技術開発
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22K09106
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| Research Institution | Kansai Medical University |
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Principal Investigator |
松尾 禎之 関西医科大学, 医学部, 講師 (50447926)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
広田 喜一 関西医科大学, 医学部, 研究員 (00283606)
西 憲一郎 関西医科大学, 医学部, 研究員 (50340716)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 細菌 / 真菌 / ナノポアシークエンシング / マイクロバイオーム / 感染 / 血液 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
敗血症診断においては原因菌の早期同定が治療の要となるが、標準的検査である細菌培養法は迅速性に欠け精度・感度の点でも限界を有する。我々は遺伝子解析における革新的技術であるナノポアシークエンシングを活用し、検体の取得から４時間以内に病原細菌を種レベルで同定する手法を確立した。本技術を基盤とし、血液中に存在する微生物由来DNAの包括的解析法の開発に取り組んだ。
微生物同定法として頻用されるアンプリコンシークエンシングの手法においては、系統分類の指標となるマーカー遺伝子をPCRにより増幅し配列解析を行う。血液等の臨床検体にはPCRを阻害する生体由来成分が含まれることが多いことから、血中の微量細菌DNAの検出法の確立を試みた。遠心分離による細胞成分の濃縮、および混在するヒト由来DNAの選択的分解により、血中細菌DNAの高感度検出に成功した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
菌体量の多い糞便や膿等の検体と比較して、血液中に含まれる微量感染微生物の検出には困難を伴うことが多い。生体由来成分の除去による純度の改善、およびヒトゲノムDNAの選択的分解による濃縮を組み合わせることで、血中微生物DNAの効率的検出が可能であることを示した。
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| Strategy for Future Research Activity |
遺伝子シークエンシングによる血中細菌同定結果と血液培養検査との比較、生菌の供給源である感染巣との関連性検証により、本解析技術の有する検出感度や同定精度、敗血症診断ツールとしての有用性について評価を行う。
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| Causes of Carryover |
研究の遂行にあたり必要に応じて無駄のない研究費の執行に務めたため、当初の見込み額と執行額に差額が生じたが、研究計画に大きな変更はなく当初の予定通りに研究を遂行し、適切な研究費の使用に務める。
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