2020 Fiscal Year Annual Research Report
Reconstructions of living environments at archaeological sites using sedimentary ancient DNA
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20J00078
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 特別研究員(SPD) (50814612)
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| Project Period (FY) |
2020-04-24 – 2025-03-31
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| Keywords | 古代土壌DNA / sedaDNA / 住環境 / 古代DNA / 食物 / 病原体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
過去のヒトの居住環境を、古代土壌DNAを用いて分析・復元する手法を確立する。具体的には、遺構の各区画（炉・トイレ・ゴミ捨て場・柱跡など）から土壌を採取し、DNA抽出・配列解析（ショットガンシーケンス）を行う。これによって、①各区画の使われ方によって、DNA構成にどのような違いが出てくるのか（各区画のマーカーとなるDNAの探索）、②古代土壌DNAから、当時の食物・住居の素材・寄生虫などの衛生環境の情報が得られるのか、を検証する。この手法を複数の遺跡に適用し、その有効性を検証するとともに、最終的には、古代土壌DNA解析から当時の居住環境を復元することを目指す。
当該年度は新型コロナウイルス感染症の影響のため、本研究に必要な遺跡の土壌サンプリングに大きな影響を受けた。そのような状況下であったが、共同研究者の協力もあり、2020年度中に4遺跡の土壌をサンプリングすることができた。各遺跡からは炉などの遺構から土壌をサンプリングし、比較試料としてその周辺の土壌もサンプリングした。またサンプリングを共同研究者に依頼する際のための土壌サンプリングマニュアルも作成した。
また、所属機関に古代DNAの実験設備がなく共同研究機関で実験を行う必要があり、これも困難を極めたが、所属機関である総合研究大学院大学（葉山キャンパス）に新たに古代DNA・古代プロテオミクス専用の実験室が設けられ、出張することなしに実験を行うことができるようになった。このため、総研大においてサンプリングした遺跡土壌からのDNA抽出とライブラリ作成を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新型コロナウイルス感染症の影響のため、本研究に必要な遺跡の土壌サンプリングに大きな影響を受けたが、そのような状況下でも4遺跡の土壌をサンプリングすることができた。また古代DNAの実験設備も所属機関に新設され、研究の遂行が容易になった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は得られた遺跡土壌からDNAを抽出し配列解読を行う。また遺跡土壌のサンプリングも平行して進める。
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