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2011 Fiscal Year Annual Research Report

マウス・ラット表現型の情報統合のための基盤技術の確立

Research Project

Project/Area Number 23300161
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

桝屋 啓志  独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 溝口 理一郎  大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (20116106)
Keywords実験動物 / 表現型 / 情報統合 / オントロジー / データベース / 疾患モデル動物 / バイオリソース
Research Abstract

マウスおよびラットは様々な技術を用いて実験解析が可能な疾患モデル動物として極めて重要であり、蓄積される多様な情報を効率的に整理統合し、研究コミュニティへ提供できる情報システムの開発が望まれる。本課題では、マウス・ラットにおける個体レベルの特性情報をシンプルに記述し、統合整理できるシステムの開発、検証を行うことを目指している。平成23年度は、データベースの基本設計および、プロトタイプ作成を行った。
1)データベースの基本設計
先行研究の成果に従い、大阪大学で開発されている、オントロジー記述言語および構築ツール「法造(http://www.hozo.jp/hozo/)」を用いて、性質の分類(表現型、遺伝型を含む)、測定尺度、生物種、個体、生物群、解剖学的部位、定性値の大小関係を決定する文脈などを定義した。
2)プロトタイプ作成
上記の設計に従って格納されたデータは、複雑な相互関係によって記述されているため、シンプルな表形式で閲覧できるデータベース閲覧ソフトウェアのプロトタイプを作成した。テストデータには、NIG Mouse Phenotype Database(http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html)、NBRP Rat Database(http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/nbr/default_jp.aspx)の一部を用いた。表現型データは、測定対象と、測定項目のマトリクスで示され、各項目はデータベースの情報に従って分類表示された。また、データベースに登録してある複数組の定性値の判定基準に沿って、定量値を複数の種類の定性値に変換することができた。さらに、測定対象および測定項目に付随するメタデータを表形式で出力することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画にあるデータベースの基本設計に加えて、データベースプロトタイプの開発および、小規模ながら基本データ作成を行い、設計の評価を行うことができた。

Strategy for Future Research Activity

計画の変更は特に無い。今年度開発したプロトタイプを基盤に、さらなるデータ(基本データ、外部データ)の導入を行い、マウスおよびラットの表現型と、ヒト疾患データ間の関連度計算をはじめとして、拡張を行っていく。

  • Research Products

    (13 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results) Book (2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Behavioral and neuromorphological characterization of a novel Tuba1 mutant mouse2012

    • Author(s)
      Furuse T, Yamada I, Kushida T, Masuya H, Miura I, Kaneda H, Kobayashi K, Wada Y, Yuasa S, Wakana S
    • Journal Title

      Behav Brain Res

      Volume: 227 Pages: 167-174

    • DOI

      10.1016/j.bbr.2011.11.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ENU-induced missense mutation in the C-propeptide coding region of Col2a1 creates a mouse model of platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type2012

    • Author(s)
      Furuichi T, Masuya H, Murakami T, Nishida K, Nishimura G, Suzuki T, Imaizumi K, Kudo T, Ohkawa K, Wakana S, Ikegawa S
    • Journal Title

      Mamm Genome

      Volume: 22 Pages: 318-328

    • DOI

      10.1007/s00335-011-9329-3

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The Ontological Representation of Genetics2012

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Organizer
      5TH INTERDISCIPLINARY ONTOLOGY CONFERENCE (InterOntology12)
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2012-02-23
  • [Presentation] Semantic Web技術を利用した哺乳類バイオリソースのデータベース2011

    • Author(s)
      Hiroshi Masuya
    • Organizer
      日本分子生物学会第34回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2011-12-15
  • [Presentation] 遺伝学オントロジーを基盤にしたバイオリソース情報統合2011

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Organizer
      日本遺伝学会第83回大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] An Advanced Strategy for Integration of Biological Measurement Data2011

    • Author(s)
      Masuya H
    • Organizer
      International Conference on Biomedical Ontology
    • Place of Presentation
      Buffalo, USA
    • Year and Date
      2011-07-29
  • [Presentation] マウス・ラットのフェノーム情報統合へ向けて2011

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Place of Presentation
      新潟
    • Year and Date
      2011-07-08
  • [Presentation] Recent progress of IT in JMC and AMPC, 1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting2011

    • Author(s)
      Hiroshi Masuya
    • Organizer
      1st Asian Mouse Phenotyping Consortium Council Meeting
    • Place of Presentation
      Seoul, Korea(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-13
  • [Presentation] マウスでの表現型情報の国際的統合の動向について2011

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Organizer
      第58回日本実験動物学会総会
    • Place of Presentation
      東京(招待講演)
    • Year and Date
      2011-05-26
  • [Book] 表現型データの国際標準化とデータの利用(書名:論文ができてしまう!疾患モデルマウス表現型解析指南)2012

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Total Pages
      348-359
    • Publisher
      中山書店
  • [Book] 第三節、バイオインフォマティクス(書名:生物機能モデルと新しいリソース・リサーチツール、seriesモデル動物利用マニュアル)2012

    • Author(s)
      桝屋啓志
    • Total Pages
      623-630
    • Publisher
      エル・アイ・シー
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.brc.riken.jp/lab/bpmp/index_j.html

  • [Remarks]

    • URL

      https://database.riken.jp/sw/ja/理研哺乳類統合データベース/ria254i/

URL: 

Published: 2013-06-26  

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