2011 Fiscal Year Annual Research Report
マウス・ラット表現型の情報統合のための基盤技術の確立
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23300161
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
桝屋 啓志 独立行政法人理化学研究所, マウス表現型知識化研究開発ユニット, ユニットリーダー (40321814)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
溝口 理一郎 大阪大学, 産業科学研究所, 教授 (20116106)
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| Keywords | 実験動物 / 表現型 / 情報統合 / オントロジー / データベース / 疾患モデル動物 / バイオリソース |
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| Research Abstract |
マウスおよびラットは様々な技術を用いて実験解析が可能な疾患モデル動物として極めて重要であり、蓄積される多様な情報を効率的に整理統合し、研究コミュニティへ提供できる情報システムの開発が望まれる。本課題では、マウス・ラットにおける個体レベルの特性情報をシンプルに記述し、統合整理できるシステムの開発、検証を行うことを目指している。平成23年度は、データベースの基本設計および、プロトタイプ作成を行った。
1)データベースの基本設計
先行研究の成果に従い、大阪大学で開発されている、オントロジー記述言語および構築ツール「法造(http://www.hozo.jp/hozo/)」を用いて、性質の分類(表現型、遺伝型を含む)、測定尺度、生物種、個体、生物群、解剖学的部位、定性値の大小関係を決定する文脈などを定義した。
2)プロトタイプ作成
上記の設計に従って格納されたデータは、複雑な相互関係によって記述されているため、シンプルな表形式で閲覧できるデータベース閲覧ソフトウェアのプロトタイプを作成した。テストデータには、NIG Mouse Phenotype Database(http://molossinus.lab.nig.ac.jp/phenotype/index.html)、NBRP Rat Database(http://www.anim.med.kyoto-u.ac.jp/nbr/default_jp.aspx)の一部を用いた。表現型データは、測定対象と、測定項目のマトリクスで示され、各項目はデータベースの情報に従って分類表示された。また、データベースに登録してある複数組の定性値の判定基準に沿って、定量値を複数の種類の定性値に変換することができた。さらに、測定対象および測定項目に付随するメタデータを表形式で出力することができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計画にあるデータベースの基本設計に加えて、データベースプロトタイプの開発および、小規模ながら基本データ作成を行い、設計の評価を行うことができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
計画の変更は特に無い。今年度開発したプロトタイプを基盤に、さらなるデータ(基本データ、外部データ)の導入を行い、マウスおよびラットの表現型と、ヒト疾患データ間の関連度計算をはじめとして、拡張を行っていく。
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[Journal Article] ENU-induced missense mutation in the C-propeptide coding region of Col2a1 creates a mouse model of platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type2012
Author(s)
Furuichi T, Masuya H, Murakami T, Nishida K, Nishimura G, Suzuki T, Imaizumi K, Kudo T, Ohkawa K, Wakana S, Ikegawa S
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Journal Title
Mamm Genome
Volume: 22
Pages: 318-328
DOI
Peer Reviewed
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