2013 Fiscal Year Annual Research Report
マウス・ラット表現型の情報統合のための基盤技術の確立
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23300161
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
桝屋 啓志 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
溝口 理一郎 北陸先端科学技術大学院大学, サービスサイエンス研究センター, 教授 (20116106)
古崎 晃司 大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | 表現型 / 疾患 / 病態 / モデル動物 / オントロジー / データベース / マウス / ラット |
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| Research Abstract |
マウスおよびラットは様々な技術を用いて実験解析が可能な疾患モデル動物として極めて重要であり、蓄積される多様な情報を効率的に整理統合し、研究コミュニティへ提供できる情報システムの開発が望まれる。本課題では、マウス・ラットにおける個体レベルの特性情報をシンプルに記述し、統合整理できるシステムの開発、検証を行うことを目指している。平成25年度は、24年度に行われた表現型―疾患関連度計算プログラムの検証結果に従って、一般ユーザからも閲覧可能なWeb画面の開発を行った。
本データベースでは、1)モデル動物の表現型から、関連する疾患の検索（モデル動物本位の検索）と、2)対象とする疾患から、関連するモデル動物の検索（疾患本位の検索）が可能である。
1) モデル動物本位の検索では、元データに対して、あらかじめ推論処理を行うことにより、生物種マウスとラットにおける同等の表現型をまとめて、表形式で表示する。この画面では、生物種、症状の起こる部位などによる絞り込みが行えるとともに、各形質について設定したしきい値によって、正常、高値、低値等を自動的に判定する機能を備える。高値と低値については、異常値と判定され、異常な表現型が、ヒト病態と一致した場合に、リンクを辿って、疾患の詳細画面を閲覧することができる。この画面では、疾患にどのような病態が含まれ、マウス／ラットの変異体とどの程度の病態が一致するかを確認することができる。
2)疾患本位の検索画面では、キーワード検索によって、疾患を検索し、それぞれの疾患がどのような病態を含むかを調べることができる。また、各病態はマウス／ラットの変異体の表現型とリンクされており、注目している疾患に類似した変異体が何系統登録されているかが示され、リンクを辿ることでそれぞれの変異体の詳細な情報を調べることができる。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] PosMed: ranking genes and bioresources based on semantic web association study2013
Author(s)
Makita Y, Kobayashi N, Yoshida Y, Doi K, Mochizuki Y, Nishikata K, Matsushima A, Takahashi S, Ishii M, Takatsuki T, Bhatia R, Khadbaatar Z, Watabe H, Masuya H, Toyoda T.
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 41
Pages: W109-W114
DOI
Peer Reviewed
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