2013 Fiscal Year Annual Research Report
遠隔ゲノム部位間の相互作用におけるＩＩ型ＤＮＡトポイソメラーゼの役割
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23310133
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
筒井 研 岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 名誉教授 (70108158)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐野 訓明 岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (00294405)
宮地 まり 岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (50349255)
筒井 公子 岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (70144748)
細谷 修 岡山大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (90304310)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | 遺伝子 / ゲノム / 酵素 / 発現制御 / 発生・分化 |
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| Research Abstract |
eTIP-PES法の解析：染色体内で高頻度に相互作用をもつinteraction hotspotsがいくつか見つかり、そのひとつであるsnoRNA遺伝子クラスター（Snord）は領域内ばかりでなく数Mb以上も離れたA1遺伝子領域との相互作用も認められた。これらの結果により、Snordをハブとする遠隔相互作用（DSP）によって、トポIIβを介するA1遺伝子の転写誘導が起こる可能性が示唆された。
トポIIβとSP120が同時に作用する核内部位の検出：トポIIβとSP120が同時に作用する核内部位の検出：我々はSP120がトポIIβと複合体を形成することを明らかにしているが、複合体の核内での挙動に関しては不明な点が多い。まずこれらのタンパク質が共局在する核内部位をPLA（proximal ligation assay）と呼ばれる方法で同定した。この共局在スポットはトポII阻害剤（etoposide, ICRF-193）で有意に減少することから、トポIIβの活性に依存した複合体形成を検出していると考えられた。さらに、Snord領域にFISH プローブを設定し、PLA-FISH法によってSnord領域がトポIIβ-SP120共局在スポットの１つであることを証明した。
トポIIβとSP120が同時に作用するゲノム部位のマッピング： ２つの細胞集団を用いてP120 のChIP-seqを行った（架橋反応の前にetoposide処理を行うグループと、行わないグループ）。新世代シークエンサーで得られたそれぞれのリードを全ゲノム領域にマッピングし、etoposide処理で低下するピークをMACS (Model-based Analysis for ChIP-Seq) により検出した結果、約2000箇所が同定された。これらの部位ではトポIIβとSP120が共同して働いていると考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(8 results)
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[Book] Catalase gene mutant mice; Acatalasemic and hypocatalasemin mice. In “Advances in Medicine and Biology”2013
Author(s)
Wang, D.H., Ogino, K., Tsutsui, K., Sano, K., Masuoka, N., Sugiyama, H., Miyazaki, M., Fujita, H., Taketa, K., Ogata, M.
Total Pages
不明
Publisher
NOVA Science publishers, Inc., New York
