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2013 Fiscal Year Annual Research Report

KcsAカリウムチャネルpH依存性ゲーティングダイナミクスの一分子構造機能解析

Research Project

Project/Area Number 23370067
Research InstitutionUniversity of Fukui

Principal Investigator

老木 成稔  福井大学, 医学部, 教授 (10185176)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岩本 真幸  福井大学, 医学部, 助教 (40452122)
清水 啓史  福井大学, 医学部, 講師 (50324158)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywordsイオンチャネル / ゲーティング / 構造変化 / 膜内構造 / 集合・離散
Research Abstract

チャネルの機能を分子レベルで明らかにする上で結晶構造は重要な情報を提供してきたが、いくつかの問題点もあらわになってきた。たとえば可溶化蛋白質であることに伴う問題である。私達はKcsAカリウムチャネルを膜に埋め込まれた状態で、AFMによる構造解析を行い、結晶構造との比較を詳細に検討した。その結果、閉状態の構造は結晶構造と大きな差はなかった。一方、開構造に関してはAFMで末端部まで構造を辿ることができ、構造揺らぎと機能的なチャネル電流揺らぎを対応させることができた。またチャネルの活性化ゲートのゲーティングには膜脂質との相互作用が不可欠であることを明らかにし、さらに脂質の分子種を認識する脂質センサーを特定することができた。これはチャネルN末端のM0ヘリックス構造であり、膜脂質と相互作用するために膜界面上で回転運動をすることを初めて明らかにした。これに加えてAFMではチャネルが膜上で集合・離散することを捉えた。可逆的な集合・離散はチャネルのゲート状態に依存するという発見をした。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (21 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (12 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Distinct configurations of cations and water in the selectivity filter of the KcsA potassium channel probe by 3D-RISM theory2014

    • Author(s)
      Saree Phongphanphanee, Norio Yoshida, Shigetoshi Oiki, Fumio Hirata
    • Journal Title

      J. Mol. Liq.

      Volume: In Press Pages: In Press

    • DOI

      DOI: 10.1016/j.molliq.2014.03.050

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gating-associated clustering-dispersion dynamics of the KcsA potassium channel in a lipid membrane2014

    • Author(s)
      A. Sumino, D. Yamamoto, M. Iwamoto, T. Dewa, S. Oiki
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. Lett.

      Volume: 5 Pages: 578-584

    • DOI

      10.1021/jz402491t

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Paradoxical one-ion pore behavior of the long β-helical peptide of marine cytotoxic polytheonamide B2014

    • Author(s)
      M. Iwamoto, S. Matsunaga, S. Oiki
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 4 Pages: 3636

    • DOI

      10.1038/srep03636

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural changes of the KcsA potassium channel upon application of the electrode potential studied by surface-enhanced IR absorption spectroscopy2013

    • Author(s)
      A. Yamakata, H. Shimizu, M. Osawa, S. Oiki
    • Journal Title

      Chem. Phys.

      Volume: 419 Pages: 224-228

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biased Brownian stepping rotation of FoF1-ATP synthase driven by proton motive force2013

    • Author(s)
      R. Watanabe, K. V. Tabata, R. Iino, H. Ueno, M. Iwamoto, S. Oiki, H. Noji
    • Journal Title

      Nat. Commun.

      Volume: 4 Pages: 1631

    • DOI

      doi: 10.1038/ncomms2631

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The synergic modeling for the binding of fluoroquinolone antibiotics to the hERG potassium channel.2013

    • Author(s)
      Ryu S, Imai YN, Oiki S.
    • Journal Title

      Bioorg Med Chem Lett.

      Volume: 23 Pages: 3848-51

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2013.04.074.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] イオンチャネルの動的構造と分子機構解明のための1分子研究2013

    • Author(s)
      老木成稔
    • Journal Title

      科研費NEWS

      Volume: 2 Pages: 17

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] チャネル機能の再構成と再生:ポスト結晶時代の単一チャネル研究2014

    • Author(s)
      老木成稔
    • Organizer
      第91回日本生理学会大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • Year and Date
      20140316-20140318
    • Invited
  • [Presentation] 膜脂質組成がKcsAカリウムチャネルの不活性化ゲート開閉に及ぼす影響2014

    • Author(s)
      岩本真幸,老木成稔
    • Organizer
      第91回日本生理学会大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • Year and Date
      20140316-20140318
  • [Presentation] ポリセオナミドBチャネルのプロトン透過:単一チャネル電流記録とプロトン透過モデル2014

    • Author(s)
      松木悠佳,岩本真幸,松永茂樹,老木成稔
    • Organizer
      第91回日本生理学会大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • Year and Date
      20140316-20140318
  • [Presentation] カリウムイオンチャネルKasAのゲート開閉と連動した膜中集合・離散挙動:原子間力顕微鏡による直接観察2014

    • Author(s)
      角野歩,山本大輔,岩本真幸,出羽毅久,老木成稔
    • Organizer
      第91回日本生理学会大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島市)
    • Year and Date
      20140316-20140318
  • [Presentation] チャネル蛋白質と水動態2014

    • Author(s)
      老木成稔
    • Organizer
      研究会「水シグナリングの分子動態から病態へ」
    • Place of Presentation
      福井市地域交流プラザAossa(福井市)
    • Year and Date
      20140305-20140306
  • [Presentation] Membrane lipids modulate the inactivation gating of the KcsA potassium channel2014

    • Author(s)
      M. Iwamoto, S. Oiki
    • Organizer
      Biophysical Society 58th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Moscone Center (San Francisco, Califolnia, USA)
    • Year and Date
      20140215-20140219
  • [Presentation] Hydrophobic Cavity in the Potassium Channels: Anomalous Nanospace Controlling Ion Condition2013

    • Author(s)
      T. sumimaka, S. Saito, S. Oiki
    • Organizer
      3rd International Conference on Molecular Sumilation
    • Place of Presentation
      Kobe International Conference Center (神戸市)
    • Year and Date
      20131118-20131120
  • [Presentation] 最新イオンチャネル1分子科学:素過程から疾患克服まで2013

    • Author(s)
      老木成稔
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都市)
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] カリウムイオンチャネルKcsAのゲート開閉とリンクした脂質膜中での集合・離散ダイナミクス2013

    • Author(s)
      角野歩,山本大輔,炭竈享司,岩本真幸,出羽毅久,老木成稔
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都市)
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] K+チャネルの中心空洞内の水の配向は静電的相互作用を増強する2013

    • Author(s)
      炭竈享司,斉藤真司,老木成稔
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都市)
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] 負に帯電した膜内葉表面でのアミノ末端両親媒性へリックスの回転がKcsAカリウムチャネルの開状態を安定化する2013

    • Author(s)
      岩本真幸,老木成稔
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都市)
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] 高時間分解能で蛋白質の分子揺らぎと構造変化を計測するためのX線1分子動態計測法の開発2013

    • Author(s)
      清水啓史,岩本真幸,老木成稔
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都市)
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Book] 揺らぎ・ダイナミクスと生体機能 -物理化学的視点から見た生体分子-2013

    • Author(s)
      老木成稔
    • Total Pages
      368
    • Publisher
      化学同人
  • [Remarks] 福井大学医学部分子生理学(生理学1)研究室

    • URL

      http://seiri1.med.lab.u-fukui.ac.jp/ja

URL: 

Published: 2015-05-28  

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