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2011 Fiscal Year Annual Research Report

細胞における生長環境感知と生存戦略決定機構

Research Project

Project/Area Number 23380052
Research InstitutionTokyo University of Agriculture

Principal Investigator

吉川 博文  東京農業大学, 応用生物科学部, 教授 (50175676)

Keywords微生物 / 細胞分裂 / 細胞分化 / 生長戦略 / 遺伝子発現 / 機能ネットワーク / 脂質合成
Research Abstract

枯草菌において対数増殖停止期に生存戦略を判断する重要な因子として、OdhBとPlsXが関与するそれぞれのネットワークを同定している。OdhBは元々、必須遺伝子として報告されていたが、当初の研究からOdhB欠損株は栄養増殖期のみを持つことが分かった。OdhBは元々OdhA,PdhDとヘテロ三量体を形成し、大きな複合体となってクエン酸回路の1酵素として働いているが、昨年度の結果より、3者とも胞子形成に関与している、すなわち酵素複合体としての機能が重要であることが示された。また、TCA回路を形成する各酵素の破壊株を構築してアッセイしたところ、胞子形成への影響はさまざまであり、エネルギー生産が胞子形成開始に必要なことは証明されたがodhBほどの完全欠損をもたらす遺伝子は他になかった。
一方、PlsXが細胞分裂機構に関与するメカニズムについては、いくつかの相互作用因子の解析を通じて調べた。温度感受性変異の抑圧因子として枯草菌で唯一必須の二成分制御系WalR/WalKとの関連が示唆された。必須の遺伝子にマップされたことはPlsXの必須性を説明できる可能性もあったが、昨年度の解析では、膜の流動性を介した関与であると考えられ、必須性には直接繋がらなかった。一方、他の抑圧因子としてアラーモンppGppの合成に関与する遺伝子にマップされ、緊縮調節に関与することも示された。このように、細胞の生理的状況の遷移期におけるさまざまな機能との関連が見られ、PlsXが非常にグローバルな機能を持っていることが確認出来た。脂質合成系の初期遺伝子でありながら、さまざまな細胞機能とネットワークを形成している状況が把握出来た。今年度は引き続き、分子的なメカニズムを追跡するが、その具体的機能の基盤現象を明らかに出来た。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初注目した2つの因子のアノテーションされた遺伝子機能と、影響を及ぼしている胞子形成や細胞形態への関与が不明であったが、これまでの解析から、その細胞機能への関与が具体的に明らかになりつつある。この点は順調に目的に近づいていると考える。一方で、具体的な分子メカニズムという意味では、不明な点が多く残っており、今後の解析が必要である。

Strategy for Future Research Activity

今後の研究は、2つのネットワークについて引き続き解析を進めるが、基本的な手法は遺伝学的変異解析やその抑圧因子の同定、また相互作用因子の生化学的解析が中心である。これらを迅速に進めるための環境は整っており、次世代シーケンサーや質量分析機は自由に使用出来るため問題ない。また、蛍光顕微鏡等による視覚的観察は益々重要になるが、現有設備で標準的解析は可能である。更に詳細な観測のため、共焦点顕微鏡の導入を含め、強化していく予定である。

  • Research Products

    (18 results)

All 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] Identification of substrain-specific mutations by massively parallel whole-genome resequencing of Synechocystis sp.PCC 68032012

    • Author(s)
      Yu Kanesaki, 他
    • Journal Title

      DNA Res.

      Volume: 18 Pages: 393-399

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-dependent and asynchronous replication of cyanobacterial multi-copy chromosomes2012

    • Author(s)
      Satoru Watanabe, 他
    • Journal Title

      Mol Microbiol.

      Volume: 52 Pages: 856-865

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Genome of Bacillus subtilis phage SP10 : a comparative analysis with phase SPO12011

    • Author(s)
      Lii Mien Yee, 他
    • Journal Title

      Biosci.Biotechnol.Biochem.

      Volume: 75 Pages: 944-952

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comparative studies of genome-wide maps of nucleosomes between deletion mutants of elp3 and hos2 genes of Saccharomyces cerevisiae2011

    • Author(s)
      Takashi Matsumoto, 他
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 6 Pages: e16372

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sequence-specific error profile of Illumina sequencers2011

    • Author(s)
      Kensuke Nakamura, 他
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 39 Pages: e90

    • DOI

      10.1093/nar/gkr344

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interactions between histidine kinase NblS and the response regulators RpaB and SrrA are involved in the bleaching process of the cyano-bacterium Synechococcus elongatus PCC 79422011

    • Author(s)
      Hiroaki Kato, 他
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 52 Pages: 2115-2122

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 合成生物学の申し子「シアノバチルス1号」のゲノム機能解析2012

    • Author(s)
      吉川博文, 他
    • Organizer
      日本農芸化学会2012大会
    • Place of Presentation
      京都(シンポジウム招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-25
  • [Presentation] 枯草菌における脂質代謝と細胞分裂間の新規ネットワーク解析2012

    • Author(s)
      高田啓, 他
    • Organizer
      日本農芸化学会2012大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] 枯草菌におけるplsX温度感受性変異の抑圧因子S21の機能解析2012

    • Author(s)
      盛田雅人, 他
    • Organizer
      日本農芸化学会2012大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] 枯草菌における緊縮応答と脂質合成の関連性解析2012

    • Author(s)
      清水翔, 他
    • Organizer
      日本農芸化学会2012大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] 脂質代謝と細胞分裂を共役させるネットワークの解析2012

    • Author(s)
      高田啓, 他
    • Organizer
      日本ゲノム微生物学会第6回年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2012-03-12
  • [Presentation] シーケンスセンターの経験と課題~微生物ゲノムを中心に~2012

    • Author(s)
      吉川博文
    • Organizer
      日本ゲノム微生物学会第6回年会
    • Place of Presentation
      東京(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-12
  • [Presentation] 合成生物学的視点から進化の原動力を考えるまとまらない話2011

    • Author(s)
      吉川博文
    • Organizer
      日本遺伝学会第83回大会
    • Place of Presentation
      京都(ワークショップ招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-20
  • [Presentation] 枯草菌の胞子形成に関与するクエン酸回路因子の新規機能解析2011

    • Author(s)
      山下悠美, 他
    • Organizer
      グラム陽性菌ゲノム機能会議
    • Place of Presentation
      福山
    • Year and Date
      2011-08-25
  • [Presentation] 脂質合成酵素PlsXによる必須二成分制御系WalRKの制御2011

    • Author(s)
      高田啓, 他
    • Organizer
      グラム陽性菌ゲノム機能会議
    • Place of Presentation
      福山
    • Year and Date
      2011-08-25
  • [Presentation] 生育必須酵素PlsXと相互作用する新規因子の探索2011

    • Author(s)
      盛田雅人, 他
    • Organizer
      グラム陽性菌ゲノム機能会議
    • Place of Presentation
      福山
    • Year and Date
      2011-08-25
  • [Presentation] Involvement of essential lipid synthetic enzyme, PlsX, in the cell division machinery2011

    • Author(s)
      Hiraku Takada, 他
    • Organizer
      International Conference on Gram-positive Micro-organisms
    • Place of Presentation
      Montecatini Terme (Italy)(口頭発表)
    • Year and Date
      2011-06-20
  • [Presentation] Study of the mechanisms for inhibition of phage SP10 multiplication during its development in Bacilus subtilis2011

    • Author(s)
      Lii Mien Yee, 他
    • Organizer
      International Conference on Gram-positive Micro-organisms
    • Place of Presentation
      Montecatini Terme (Italy)(ポスター発表)
    • Year and Date
      2011-06-20

URL: 

Published: 2013-06-26  

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