2012 Fiscal Year Research-status Report
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23570190
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
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Principal Investigator |
有坂 文雄 東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (80133768)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
金丸 周司 東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (50376951)
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| Keywords | バクテリオファージ / 分子集合 / 蛋白質間相互作用 / ものさし蛋白質 / 溶菌阻止 / テイルリゾチーム / T4リゾチーム / 溶菌 |
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| Research Abstract |
昨年はgp61.3(sp)とgp5のリゾチームドメインの複合体の結晶化と構造決定について報告した。もう一つ、溶菌阻止に関与すると考えられているのがgp rIである。この蛋白質はgp tに結合するという報告がある。そこで、溶菌阻止の機構を解明するために、gp tとgp rIの相互作用を調べた。可溶化したgp tCTD（C末端ドメイン）はアルギニンを除いても塩がなければ可溶性画分に存在するが、100 mM NaCl存在下では再び凝集・沈殿した。しかし、gp tCTDとgp rICTDを混合すると2：2の複合体を形成し、塩存在下でも凝集が抑制されていることが分かった。gp tCTDの凝集は、感染時に起こるgp tの会合による内膜上の穴の形成と関連づけることができると考えられる。精製したgp tCTDには一部N末端が11残基切断された62残基目から始まる分解物が存在したため、gp t62-CTDを発現する系を構築し、（gp t62-CTD)-(gp rICTD)複合体を精製した。この複合体につき、結晶化条件を検討し、最適化した条件下において結晶化を行い、放射光施設にて回折データを収集し、約2.5Aの分解能でフルセットデータを得ることができた。今後、位相決定を目指す。複合体形成の結果は、溶菌阻止時にgp rIがgp tに結合し、複合体を形成することでgp tの会合を抑制し、溶菌を防いでいることを示唆する。
他方、尾繊維gp34N末端欠失変異体をトリプシン消化して得られたgp34C781-1289につき、結晶化に成功し、2.44Å分解能で構造決定ができた。得られた構造は長さ約285Å、幅約50Å（シャフト部分約20Å）の棒状の構造を形成していた。得られた構造は、Ｔ４ファージの小尾繊維gp12とシャフト部分の構造基本単位であるβへリックスや球状ドメインの一部に構造類似性が見られた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
目標の一つであった、物差し蛋白質ｇｐ２９は精製が予想以上に困難で、進んでいないが、ｇｐｔ－ｇｐｒI複合体の構造と尾繊維ｇｐ３４のC末端ドメインの構造決定に成功した。
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| Strategy for Future Research Activity |
ｇｐ３４Cドメインの構造の精密化ならびにｇｐｔ－ｇｐｒI複合体の位相決定を目指す。また、ハブ蛋白質ｇｐ２６およびｇｐ２８の単離精製を行い、化学量論の決定と共に、結晶化をめざす。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
研究進展状況に鑑み一部を次年度に残したが、未使用額も含めて次年度の計画のために使用する。具体的にはハブ蛋白質、尾繊維蛋白質発現・精製・結晶化・相互作用解析のための培地、ベクター、精製用カラム、エッペンドルフチューブなどのプラスティック製品の購入に充てる。
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[Journal Article] Structure of a dominant-negative helix-loop-helix transcriptional regulator suggests mechanisms of autoinhibition.2012
Author(s)
Ishii R, Isogaya K, Seto A, Koinuma D, Watanabe Y, Arisaka F, Yaguchi SI, Ikushima H, Dohmae N, Miyazono K, Miyazawa K, Ishitani R, Nureki O.
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Journal Title
EMBO J.
Volume: 31(11)
Pages: 2541-52
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Archaeal ribosomal stalk protein interacts with translation factors in a nucleotide-independent manner via its conserved C terminus.2012
Author(s)
Nomura N, Honda T, Baba K, Naganuma T, Tanzawa T, Arisaka F, Noda M, Uchiyama S, Tanaka I, Yao M, Uchiumi T.
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Journal Title
Proc Natl Acad Sci USA..
Volume: 109(10)
Pages: 3748-53
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Crystallographic analysis reveals octamerization of viroplasm matrix protein P9-1 of Rice black streaked dwarf virus.2012
Author(s)
F Akita, A Higashiura, T Shimizu, Yi Pu, M Suzuki, T Uehara-Ichiki, T Sasaya, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka, Tomitake Tsukihara, Atsushi Nakagawa、Toshihiro Omura
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Journal Title
J Virol.
Volume: 86(2)
Pages: 746-56
DOI
Peer Reviewed
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