2014 Fiscal Year Annual Research Report
マイクロサテライト多型解析を応用したマラリア薬剤耐性アレル頻度の将来予測
| Project/Area Number |
23590498
|
|---|
| Research Institution | Juntendo University |
|---|
Principal Investigator |
美田 敏宏 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80318013)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2011-04-28 – 2015-03-31
|
| Keywords | マラリア / 薬剤耐性 / 耐性遺伝子 / 予測モデル |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、熱帯熱マラリア原虫の薬剤耐性が今後どのように変化していくのかを予測することができる解析モデルの開発を行う。
本年度は最終年度に達成できなかった重要な2つの課題、すなわち「自殖率のより良い推定」及び「マイクロサテライト座位間の組換え率の推定」に取り組んだ。得られた成果は以下である。
実証データとの比較をおこないながら、自殖率推定モデルの改良を行った。実証データとして、パプアニューギニアでおこなった調査により得られた検体を用いた。薬剤耐性遺伝子として、熱帯熱マラリア感染原虫のdhfr遺伝子型および周囲11座位のマイクロサテライト(MS)多型を決定した。得られたマイクロサテライトデータの主成分分析、系統解析により，２つの系統に分類された。さらに解析に適した2座位を選び，組換えを考慮したcoalescenceシミュレーションにより、MSの突然変異率および原虫集団の有効な大きさを推定することができた。マイクロサテライト座位間の組換え率の推定は4番および12番染色体の網羅的ゲノム解析は達成されず、組換え率の最大値および最小値を用いたシミュレーションをおこなった。
以上の値を用いてピリメタミンによる自然選択を仮定したシミュレーションを行い耐性が出現してからの経過世代数を推定した．耐性型は1.099の適応度（野生型比）を示し，耐性原虫が出現してから100世代程度で実証値と一致することを明らかにすることができた。
|
Research Products
(8 results)
