日本人前立腺癌における全ゲノム関連解析から同定された前立腺癌責任遺伝子座群の検討

2011 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23592324
• Research Institution: Gunma University
• Principal Investigator: 松井 博 群馬大学, 重粒子線医学推進機構, 講師 (40450374)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鈴木 和浩 群馬大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (80312891)
• Project Period (FY): 2011-04-28 – 2014-03-31
• Keywords: 前立腺癌 / 家族歴 / 遺伝子多型 / SNPs

Research Abstract

日本人前立腺癌において、全ゲノム関連解析（GWAS）から同定された複数の疾患関連遺伝子座の一塩基多型（SNPs）の関連を検討するため、選択した21 SNPsについてDirect SequenceとTaqMan SNP Genotyping Assayを用いたタイピング結果を確認する事から実験を開始した。　この中で、rs16901979 (8q24 R2), rs1447295 (8q24 R1), rs1571801 (9q33), rs10993994 (10q11), rs10896449 (11q13), rs4430796 (17q12), rs1859962 (17q24.3), rs2735839 (19q13), rs12653946 (5p15), rs339331 (6q22), rs9600079 (13q22)の11 SNPsについてはDirect SequenceとTaqMan SNP Genotyping Assay の間でタイピングの一致が確認されたため、実際のサンプルを用いたTaqMan AssayによるGenotypingが進行中である。残りの10 SNPsについてはDirect SequenceとTaqMan SNP Genotyping Assayの間にタイピングエラーが認められる、TaqMan Assay未施行のため、実際のサンプルでのタイピングへは進んでいない。　一部解析の進んだ、rs1447295についてはA allele carrierが家族性前立腺癌（FPC）に有意リスクを増加する（CC vs CA+AA: OR 2.36 95%CI 1.41-3.94 p=0.002）ことが判明した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究実績の概要で記したとおり、Genotypingから解析の作業がやや遅れている感はあるものの、解析予定の内、11 SNPsでは家族性および散発性前立腺癌、コントロール・サンプルでのGenotyping実験は概ね終了している。全体的には若干の遅れがある程度で進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

Validationの済んだ11 SNPsについては、Genotyping、家族性、散発性前立腺癌、コントロールの3群による関連解析を進めていく。実サンプルでのGenotyping実験に進んでいない10 SNPsについては、再度確認作業を推し進め、問題を解決した上でGenotyping、関連解析をしていく計画である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

Direct Sequence、TaqMan SNP Genotyping Assay間のGenotyping結果の一致が確認されたSNPについて、家族性、散発性前立腺癌、コントロール群サンプルについて、大量にタイピングをする事が必要であり、多くは、そのために要するTaqMan SNP Genotyping Assay試薬の購入に当てられる。その他にはDirect Sequence試薬、PCR plate、PCR試薬に使用する