2013 Fiscal Year Annual Research Report
細菌進化におけるリコンビネーションの頻度と特性に関する研究
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23651183
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
大坪 嘉行 東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40342761)
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| Keywords | リコンビネーション / k-mer / ソフトウエア / イルミナリード |
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| Research Abstract |
Burkhokderia multivorans ATCC 17616株とB. lata 383株を滅菌土壌中で長期培養した後、17616株に由来する株を回収した。回収した株についてゲノムDNAを調整し、イルミナシーケンサーにより解析した。しかしながら、2株のゲノム情報が交じり合ったことを示すデータは得られなかった。これら株を接種したサンプルについては今後、さらなる期間を経て解析するため培養を継続中である。
17616株の16rRNAの部分配列に変異を導入した変異型配列を17616株に導入した株について、滅菌土壌中でインキュベーションした。その後、当該DNA領域をPCRで増幅した試料について、変異型配列が野生型配列に変換されているかについて定量PCR実験を行った。その結果、野生型配列がごく低いものの一定の割合で存在していることが示唆された。ゲノム内での協奏進化が低いながらも検出できた可能性がある。
上記と平行して、イルミナシーケンサー由来のリードデータを解析するのに有用なソフトウエアShortReadMangerの機能の拡充を行った。具体的には、ゲノム配列あるいはリードデータ群からk-merと、各k-merの出現回数を調べる機能を作成した。また後者のようなデータセット2つについて、データのマージおよび引き算などを可能なツールを作成した。
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[Journal Article] Complete genome sequence of the thermophilic PCB degrader Geobacillus sp. JF8 (NBRC 109937)2014
Author(s)
Shintani, M., Y. Ohtsubo, K. Fukuda, A. Hosoyama, S. Ohji, A. Yamazoe, N. Fujita, Y. Nagata, M. Tsuda, T. Hatta, and K. Kimbara
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Journal Title
Genome Announcements
Volume: 2
Pages: e01213-13
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes.2014
Author(s)
Mori, H., F. Maruyama, H. Kato, A. Toyoda, A. Dozono, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, A. Fujiyama, M. Tsuda, and K. Kurokawa
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Journal Title
DNA Research
Volume: 21
Pages: 217-227
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] 土壌微生物の移植メタゲノム2014
Author(s)
加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝
Organizer
第8回日本ゲノム微生物学会年会
Place of Presentation
東京
Year and Date
20140307-20140309
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[Presentation] Isolation of phenol-catabolic genes by cultivation-independent functional screening from metagenome of soil artificially polluted by aromatic hydrocarbons2013
Author(s)
Hirofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Hiroshi Mori, Ken, Kurokawa, and Masataka Tsuda
Organizer
2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
Place of Presentation
Braunschweig, Germany
Year and Date
20131211-20131213
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[Presentation] Design and experimental validation of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes2013
Author(s)
Hiroshi Mori, Fumito Maruyama, Hiromi Kato, Atsushi Toyoda, Ayumi Dozono, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Asao Fujiyama, Masataka Tsuda, and Ken Kurokawa
Organizer
2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics: mining and learning from metagenomes plus workshop on bioinformatic tools for soil microbiologists
Place of Presentation
Braunschweig, Germany
Year and Date
20131211-20131213
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