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2012 Fiscal Year Research-status Report

ゲノム刷り込みに基づくiPS細胞分化能の指標作成

Research Project

Project/Area Number 23659181
Research InstitutionSaga University

Principal Investigator

副島 英伸  佐賀大学, 医学部, 教授 (30304885)

KeywordsiPS細胞 / ゲノムインプリンティング / DNAメチル化
Research Abstract

インプリントDMRは片方の親由来アレルのみがメチル化しているため(母性メチル化DMRと父性メチル化DMR)、正常ではおよそ50%のメチル化を示す。また、配偶子形成過程でDMRが確立されるgametic DMRと受精後の体細胞でDMRが確立されるsomatic DMRがある。昨年度の研究で作製・樹立したiPS細胞(iPSC)(健常者2名とインプリンティング疾患Beckwith-Wiedemann症候群(BWS)患者2名(KvDMR1低メチル化1例とH19DMR高メチル化1例)の末梢血細胞由来)についてゲノム中の36ヵ所のインプリントDMRのメチル化を定量的に解析した。
その結果、患者末梢血でみられたKvDMR1低メチル化およびH19-DMR高メチル化は、患者由来iPSCにおいても保たれていた。また、健常者由来、患者由来に共通してメチル化が保たれていたDMRは6ヵ所で、すべてgametic DMRであった。KvDMR1とH19-DMRを含む計8ヵ所のDMRのメチル化は、iPSC化(リプログラミング)による初期の対象とはならないと考えられた。一方、ほぼすべてのクローンで共通してiPSC化によりメチル化が変化したDMRは11ヵ所あった(高メチル化9ヵ所、低メチル化2ヵ所)。高メチル化は、somatic DMR 5ヵ所、gametic DMR 3ヵ所、不明1ヵ所で、低メチル化は、gametic DMR 1ヵ所、不明1ヵ所であった。さらに、母性メチル化DMRは低メチル化を示し、父性メチル化DMRは高メチル化を示した。この結果から、iPSC化によって、特定のインプリントDMRは、gametic、somaticに関わらずメチル化の変化が生じ、そのメチル化は父性パターン(父性エピジェノタイプ)へ変化することが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

H23年度の研究で樹立したBWS患者2例と健常者2名のiPSCの解析から、一部のDMRのメチル化はiPSC化(リプログラミング)による初期の対象とならないこと、他の特定のDMRはiPSC化により母性アレルのメチル化パターンが父性アレルのメチル化パターン(父性エピジェノタイプ)へ変化することが示唆される結果を得た。この結果は、新しい知見であり、特に、母性アレルは由来細胞においてメチル化DMRと非メチル化DMRが存在する。このため、iPSC化による父性エピジェノタイプへ変化は、母性アレルのDMRでは脱メチル化とメチル化の両方が生じることを意味している。iPSC化にともなうリプログラミング機構を理解する上で重要な知見と考えられる。
一方、マウスiPSCの分化能評価については、充分な進展がなかった。

Strategy for Future Research Activity

ヒトiPSCでは、iPSC化による父性エピジェノタイプへ変化を他の解析手技で確認する。確認後は、iPSCを分化誘導させることにより、父性エピジェノタイプへ変化した母性アレルDMRのメチル化が元に戻るか否かを解析する。分化誘導の際に、DNAメチル化酵素、ヒストン修飾酵素などの候補遺伝子をノックダウンすることで、DMRのメチル化制御因子を探索する。ヒトiPSCについては、in vitro分化およびヌードマウス接種による奇形種形成実験を行い、メチル化の違いによる分化能を評価する。
一方、マウスiPSCの分化能評価については、ジャームラインキメラ法にて評価する。得た生産仔及び致死胚について刷り込みDMRのメチル化解析を行い、メチル化の変化の有無と程度を解析する。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

次年度は、主としてヒトiPSC培養とDNAメチル化解析に必要な消耗品に研究費を充てる。その他、成果発表のための旅費、試料の運搬費、英文校正費に使用する予定である。

  • Research Products

    (31 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (22 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Novel Mutations of CDKN1C in Japanese Patients with Beckwith-Wiedemann Syndrome2013

    • Author(s)
      Yatsuki H, Higashimoto K, Jozaki K, Koide K, Okada J, Watanabe Y, Okamoto N, Tsuno Y, Yoshida Y, Ueda K, Shimizu K, Ohashi H, Mukai T, Soejima H
    • Journal Title

      Genes & Genomics

      Volume: 35(2) Pages: 141-147

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Homozygous deletion of DIS3L2 exon 9 due to non-allelic homologous recombination between LINE-1s in a Japanese patient with Perlman syndrome2013

    • Author(s)
      Higashimoto K
    • Journal Title

      Eur J Hum Genet

      Volume: online publication Pages: in press

    • DOI

      10.1038/ejhg.2013.45

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple mucocutaneous (palisaded encapsulated) neuromas may be a distinct entity2013

    • Author(s)
      Misago N
    • Journal Title

      Arch Dermatol

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Epigenetic and genetic alterations of the imprinting disorder Beckwith-Wiedemann syndrome2013

    • Author(s)
      Soejima H
    • Journal Title

      J Hum Genet

      Volume: in press Pages: in press

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Beckwith-Wiedemann症候群,Sotos症候群2013

    • Author(s)
      副島英伸
    • Journal Title

      周産期医学

      Volume: 43(3) Pages: 377-382

  • [Journal Article] Characterization of DNA methylation errors in patients with imprinting disorders conceived by assisted reproduction technologies2012

    • Author(s)
      Hiura H, Okae H, Miyauchi N, Sato F, Sato A, Van De Pette M, John RM, Kagami M, Nakai K, Soejima H, Ogata T, Arima T
    • Journal Title

      Hum Reprod

      Volume: 27(8) Pages: 2541-2548

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aberrant methylation of H19-DMR acquired after implantation was dissimilar in soma versus placenta of patients with Beckwith-Wiedemann syndrome2012

    • Author(s)
      Higashimoto K
    • Journal Title

      Am J Med Genet A

      Volume: 158A Pages: 1670-1675

    • DOI

      10.1002/ajmg.a.35335

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Congenital hyperinsulinism in an infant with paternal uniparental disomy on chromosome 11p15: Few clinical features suggestive of Beckwith-Wiedemann syndrome2012

    • Author(s)
      Adachi H
    • Journal Title

      Endocr J

      Volume: Advance Publication Pages: in press

    • DOI

      10.1507/endocrj.EJ12-0242

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] H19-DMRメチル化異常で発症するインプリント疾患におけるH19-DMRの変異解析2012

    • Author(s)
      東元 健
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 全ゲノム片親性ダイソミー症例のDNAメチル化解析によるヒトインプリントーム解明2012

    • Author(s)
      田山千春
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Genome-wide Screening of Aberrant Methylations of Imprinted DMRs in Hepatoblastomas2012

    • Author(s)
      Rumbajan JM, Maeda T, Tajiri T, Higashimoto K, Souzaki R, Taguchi T, Soejima H, Joh K
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20121211-14
  • [Presentation] The relationship between paternal uniparental disomy and clinical features in patients with Beckwith-Wiedemann syndrome2012

    • Author(s)
      Ohtsuka Y
    • Organizer
      The American Society of Human Genetics 62nd Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, California, USA
    • Year and Date
      20121106-20121110
  • [Presentation] DNA methylation analysis of reciprocal genome-wide UPDs to define imprinted differentially methylated regions in the human genome2012

    • Author(s)
      Nakabayashi K
    • Organizer
      The American Society of Human Genetics 62nd Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, California, USA
    • Year and Date
      20121106-20121110
  • [Presentation] Genome-wide quantitative DNA methylation analysis of imprinted DMRs in patients with Beckwith-Wiedemann Syndrome by MALDI-TOF MS technology2012

    • Author(s)
      Maeda T
    • Organizer
      The American Society of Human Genetics 62nd Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, California, USA
    • Year and Date
      20121106-20121110
  • [Presentation] Perlman症候群におけるDIS3L2のエクソン9の欠失はLINE-1間の非相同組換えによって生じる2012

    • Author(s)
      東元 健
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] 19-DMRにメチル化異常を認めたインプリント疾患におけるH19-DMRの変異解析2012

    • Author(s)
      東元 健
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] Beckwith-Wiedemann症候群エピ変異症例におけるインプリントDMRの網羅的メチル化解析2012

    • Author(s)
      前田寿幸
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] Beckwith-Wiedemann症候群における片親性父性ダイソミーの多様性と臨床症状との関連2012

    • Author(s)
      大塚泰史
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] 全ゲノム片親性ダイソミー症例のDNAメチル化解析によるヒトインプリントーム解明2012

    • Author(s)
      中林一彦
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] 肝芽腫におけるインプリントDMRメチル化異常のゲノムワイド検索2012

    • Author(s)
      副島英伸
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20121024-20121027
  • [Presentation] パイロシークエンス法を用いたもやもや病感受性遺伝子RNF213のc.14576G>A多型解析2012

    • Author(s)
      髙松裕一郎
    • Organizer
      日本脳神経外科学会第71回学術総会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      20121017-20121019
  • [Presentation] 肝芽腫におけるメチル化インプリントDMRのゲノムワイド検索2012

    • Author(s)
      副島英伸
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌市
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] Beckwith-Wiedemann症候群の遺伝カウンセリング2012

    • Author(s)
      大町和美
    • Organizer
      第36回日本遺伝カウンセリング学会学術集会
    • Place of Presentation
      信州大学
    • Year and Date
      20120608-20120610
  • [Presentation] Beckwith-Wiedemann症候群における片親性父性ダイソミーの多様性と臨床症状との関連2012

    • Author(s)
      大塚泰史
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] Beckwith-Wiedemann症候群エピ変異症例のゲノム網羅的DNAメチル化解析2012

    • Author(s)
      前田寿幸
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] 全ゲノム片親性ダイソミー症例のDNAメチル化解析によるヒトインプリント遺伝子座位の網羅的解析2012

    • Author(s)
      田山千春
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] 肝芽腫におけるインプリントDMR異常メチル化のゲノムワイド検索2012

    • Author(s)
      Janette M. Rumbajan
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] ゲノム・エピゲノム解析による間葉性異形成胎盤の原因遺伝子探索の現状

    • Author(s)
      副島英伸
    • Organizer
      熊本大学医学部産婦人科セミナー
    • Place of Presentation
      熊本
    • Invited
  • [Presentation] ゲノムインプリンティングとヒト疾患―ベックウィズ・ビーデマン症候群と間葉性異形成胎盤の解析を中心に

    • Author(s)
      副島英伸
    • Organizer
      第8回遺伝医学セミナー
    • Place of Presentation
      別府
    • Invited
  • [Presentation] Silver-Russell症候群の遺伝学的異常の検討

    • Author(s)
      外木秀文
    • Organizer
      第35回小児遺伝学会学術集会
    • Place of Presentation
      久留米市
  • [Remarks] 佐賀大学医学部分子生命科学講座分子遺伝学・エピジェネティクス分野

    • URL

      http://www.biomol.med.saga-u.ac.jp/mbg/index.htm

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Published: 2014-07-24  

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