2015 Fiscal Year Annual Research Report
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24221011
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
油谷 浩幸 東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (10202657)
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| Project Period (FY) |
2012-05-31 – 2017-03-31
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| Keywords | がん / ゲノム / エピゲノム / 進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1．肝細胞がんについては早期肝がんと進行がんの比較を行い、早期肝がん段階で生じる変異としてTERTおよび専ら進行期に生じる遺伝子変異としてARID1AおよびARID2を同定している。これらクロマチンリモデリング複合体に遺伝子変異を有する症例由来の正常及び腫瘍からの凍結組織検体を用いたFAIRE-seq解析によってオープンクロマチン領域を同定し、活性化されている転写因子の解析が進行中である。エピゲノム、特にDNAメチル化プロファイルによる症例層別化を進めたところ、メチル化の基づくエピジェノタイプによる分類されたグループと変異遺伝子に関連が認められた。
2．長鎖ノンコーディングRNAのなかでもβ-cateninにより転写誘導されるRNAをβ-catenin のChIP-seqおよびRNA-seqデータより同定したところ、肝細胞がんや大腸がんでそれぞれCTNNB1あるいはAPC変異を有する症例において高発現を示すncRNAが同定された。β-カテニンによる発現誘導調節にも関与する可能性も示唆されることから、RNAタンパク複合体の解析を進める予定である。
3．卵巣がんについては同一症例からのマルチプル病変、血漿遊離DNAを用いた解析を進め、原発巣内および転移巣でのゲノム不均一性からクローン進化の実態を明らかにした。転移巣に特徴的なゲノム異常を血漿遊離DNAで検出可能であった。
4．発がんのドライバー遺伝子の作用機構をあきらかにすべく、マウス消化管上皮由来のオルガノイド培養系の構築に着手した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
先に論文発表したグリオーマのクローン進化に続けて、肝細胞がん、卵巣がんについて経時的あるいはマルチプル検体解析を行い、そのゲノム不均一性を明らかにした。
エピゲノム修飾因子の変異によってもたらされるクロマチン動態の変化についてデータ収集が順調に進んだ。腫瘍で高発現し、エピゲノム制御に関わるncRNAを同定した。
血漿中遊離DNAは微量であり、含まれる腫瘍細胞由来DNAの割合も症例によって様々であることから、より定量的な検出系の開発が必要である。
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| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム不均一性は腫瘍内に広汎に生じている一方、明らかなドライバー変異が見出されない症例も存在する。さらに化学療法抵抗性を解明するためには腫瘍細胞集団内でのエピゲノムの多様性について重点的に研究を展開したい。
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Research Products
(41 results)
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[Journal Article] A novel p53 target gene FUCA1 encodes a fucosidase and regulates growth and survival of cancer cells.2016
Author(s)
Ezawa I, Sawai Y, Kawase T, Okabe A, Tsutsumi S, Ichikawa H, Kobayashi Y, Tashiro F, Namiki H, Kondo T, Semba K, Aburatani H, Taya Y, Nakagama H, Ohki R.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution.2016
Author(s)
Uchi R, Takahashi Y, Niida A, Shimamura T, Hirata H, Sugimachi K, Sawada G, Iwaya T, Kurashige J, Shinden Y, Iguchi T, Eguchi H, Chiba K, Shiraishi Y, Nagae G, Yoshida K, Nagata Y, Haeno H, Yamamoto H, Ishii H, Doki Y, Iinuma H, Sasaki S, Nagayama S, Yamada K, Yachida S, …, Aburatani H, Ogawa S, Miyano S, Mimori K.
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Journal Title
PLoS Genet.
Volume: 12
Pages: e1005778
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genomic Landscape of Esophageal Squamous Cell Carcinoma in a Japanese Population.2016
Author(s)
Sawada G, Niida A, Uchi R, Hirata H, Shimamura T, Suzuki Y, Shiraishi Y, Chiba K, Imoto S, Takahashi Y, Iwaya T, Sudo T, Hayashi T, Takai H, Kawasaki Y, Matsukawa T, Eguchi H, Sugimachi K, Tanaka F, Suzuki H, Yamamoto K, Ishii H, Shimizu M, Yamazaki H, Yamazaki M, …, Aburatani H, Ogawa S, Miyano S, Mori M, Mimori K.
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Journal Title
Gastroenterology
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] SCF(Fbxo22)-KDM4A targets methylated p53 for degradation and regulates senescence.2016
Author(s)
Johmura Y, Sun J, Kitagawa K, Nakanishi K, Kuno T, Naiki-Ito A, Sawada Y, Miyamoto T, Okabe A, Aburatani H, Li S, Miyoshi I, Takahashi S, Kitagawa M, Nakanishi M.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 7
Pages: 10574
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] BMP Sustains Embryonic Stem Cell Self-Renewal through Distinct Functions of Different Kruppel-like Factors.2016
Author(s)
Morikawa M, Koinuma D, Mizutani A, Kawasaki N, Holmborn K, Sundqvist A, Tsutsumi S, Watabe T, Aburatani H, Heldin CH, Miyazono K.
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Journal Title
Stem Cell Reports.
Volume: 6
Pages: 64-73
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genomic characterization of primary central nervous system lymphoma.2016
Author(s)
Fukumura K, Kawazu M, Kojima S, Ueno T, Sai E, Soda M, Ueda H, Yasuda T, Yamaguchi H, Lee J, Shishido-Hara Y, Sasaki A, Shirahata M, Mishima K, Ichimura K, Mukasa A, Narita Y, Saito N, Aburatani H, Nishikawa R, Nagane M, Mano H.
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Journal Title
Acta Neuropathol.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
Peer Reviewed
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[Journal Article] IER5 generates a novel hypo-phosphorylated active form of HSF1 and contributes to tumorigenesis.2016
Author(s)
Asano Y, Kawase T, Okabe A, Tsutsumi S, Ichikawa H, Tatebe S, Kitabayashi I, Tashiro F, Namiki H, Kondo T, Semba K, Aburatani H, Taya Y, Nakagama H, Ohki R.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 6
Pages: 19174
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Prognostic significance of CpG island methylator phenotype in surgically resected small cell lung carcinoma.2016
Author(s)
Saito Y, Nagae G, Motoi N, Miyauchi E, Ninomiya H, Uehara H, Mun M, Okumura S, Ohyanagi F, Nishio M, Satoh Y, Aburatani H, Ishikawa Y.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genetic and epigenetic aberrations occurring in colorectal tumors associated with serrated pathway.2016
Author(s)
Sakai E, Fukuyo M, Ohata K, Matsusaka K, Doi N, Mano Y, Takane K, Abe H, Yagi K, Matsuhashi N, Fukushima J, Fukayama M, Akagi K, Aburatani H, Nakajima A, Kaneda A.
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Journal Title
Int J Cancer
Volume: 138
Pages: 1634-44
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Integrated molecular analysis of adult T cell leukemia/lymphoma.2015
Author(s)
Kataoka K, Nagata Y, Kitanaka A, Shiraishi Y, Shimamura T, Yasunaga JI, Totoki Y, Chiba K, Sato-Otsubo A, Nagae G, Ishii R, Muto S, Kotani S, Watatani Y, Takeda J, Sanada M, Tanaka H, Suzuki H, Sato Y, Shiozawa Y, Yoshizato T, Yoshida K, …, Aburatani H, Watanabe T, Shibata T, Matsuoka M, Miyano S, Shimoda K, Ogawa S.
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Journal Title
Nat Genet.
Volume: 47
Pages: 1304-15
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] DNA methylation status as a biomarker of anti-EGFR treatment for metastatic colorectal cancer.2015
Author(s)
Ouchi K, Takahashi S, Yamada Y, Tsuji S, Tatsuno K, Takahashi H, Takahashi N, Takahashi M, Shimodaira H, Aburatani H, Ishioka C.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 106
Pages: 1722-9
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Integrated genetic and epigenetic analysis defines novel molecular subgroups in rhabdomyosarcoma.2015
Author(s)
Seki M, Nishimura R, Yoshida K, Shimamura T, Shiraishi Y, Sato Y, Kato M, Chiba K, Tanaka H, Hoshino N, Nagae G, Shiozawa Y, Okuno Y, Hosoi H, Tanaka Y, Okita H, Miyachi M, Souzaki R, Taguchi T, Koh K, Hanada R, Kato K, Nomura Y, Akiyama M, Oka A, Igarashi T, Miyano S, Aburatani H, Hayashi Y, Ogawa S, Takita J.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 6
Pages: 7557
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Integrated copy number and expression analysis identifies profiles of whole-arm chromosomal alterations and subgroups with favorable outcome in ovarian clear cell carcinomas.2015
Author(s)
Uehara Y, Oda K, Ikeda Y, Koso T, Tsuji S, Yamamoto S, Asada K, Sone K, Kurikawa R, Makii C, Hagiwara O, Tanikawa M, Maeda D, Hasegawa K, Nakagawa S, Wada-Hiraike O, Kawana K, Fukayama M, Fujiwara K, Yano T, Osuga Y, Fujii T, Aburatani H.
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Journal Title
PLoS One
Volume: 10
Pages: e0128066
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] BRCC3 mutations in myeloid neoplasms.2015
Author(s)
Huang D, Nagata Y, Grossmann V, Radivoyevitch T, Okuno Y, Nagae G, Hosono N, Schnittger S, Sanada M, Przychodzen B, Kon A, Polprasert C, Shen W, Clemente MJ, Phillips JG, Alpermann T, Yoshida K, Nadarajah N, Sekeres MA, …, Aburatani H, Miyano S, Haferlach C, Kern W, Haferlach T, Du Y, Ogawa S, Makishima H.
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Journal Title
Haematologica
Volume: 100
Pages: 1051-7
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] JMJD1A is a signal-sensing scaffold that regulates acute chromatin dynamics via SWI/SNF association for thermogenesis.2015
Author(s)
Abe Y, Rozqie R, Matsumura Y, Kawamura T, Nakaki R, Tsurutani Y, Tanimura-Inagaki K, Shiono A, Magoori K, Nakamura K, Ogi S, Kajimura S, Kimura H, Tanaka T, Fukami K, Osborne TF, Kodama T, Aburatani H, Inagaki T, Sakai J.
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Journal Title
Nat Commun.
Volume: 6
Pages: 7052
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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