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2012 Fiscal Year Annual Research Report

光合成・光化学系II複合体の原子分解能における酸素発生機構の解明

Research Project

Project/Area Number 24227002
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

Research InstitutionOsaka City University

Principal Investigator

神谷 信夫  大阪市立大学, 複合先端研究機構, 教授 (60152865)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 八ツ橋 知幸  大阪市立大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70305613)
Project Period (FY) 2012-05-31 – 2017-03-31
Keywords光化学系II / 光合成 / 水分解 / 酸素発生 / 人工光合成 / 金属クラスター / 酸化状態 / SPring-8
Research Abstract

光化学系II複合体(PSII)の水分解・酸素発生機構を解明するためには、PSIIの酸素発生中心:Mn4CaO5クラスターの反応中間体(KokサイクルのSi状態、i = 0 - 4)に関する構造情報が必要不可欠となる。本研究では、S0状態を実現している可能性のある(1)PSIIのヨウ素または臭素置換体、(2)4種類の除草剤複合体、(3) PsbMサブユニット欠失変異体の、合計7種類のPSII試料に対してX線結晶構造解析を行うとともに、酸素電極を用いた酸素発生活性の測定、熱蛍光発光の測定を行うことにより、酸素発生の構造・機能の相関に関する研究を進める。また(4)同型性の高い結晶を多数準備することによりMn原子のX線還元を1%以下に低減してインタクトなMn4CaO5クラスターの酸化状態を明らかにするとともに、(5) フェムト秒レーザーの多光子吸収を利用してPSIIのS2状態を実現する技術を開発し、(4)と同様の方法によりS2状態を確認してその結晶構造を明らかにする。
本年度は、まず(1)から(3)についてそれぞれの結晶構造解析を進め、(1)ではヨウ素の還元力によりMn4CaO5クラスターがよりS0状態に近づいている可能性が浮上した。また(2)では阻害剤が還元力のあるプラストキノンと入れ替わり、(3)ではPsbMの欠失がプラストキノンとの結合性を低下させていることにより、PSIIが相対的に酸化側にシフトして、よりS1状態の特性が顕著になっている可能性が浮上した。現在それぞれの構造解析を完了させ、本予算により導入した各種分光装置によりこれらの可能性を確証しようとしている。(4)については、まず、同型性の高い結晶を多数調製するための結晶化条件の検討を進め、(5)については、集光したレーザーをPSII結晶に照射してS2状態を実現するための装置を制作して実験系を確立した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

「研究実績の概要」の項に記述した5つの目標の内、(1)から(3)については、合計7種類のPSII試料に対してX線結晶構造解析を既に完了させており、その達成度は70%に到達している。(4)については、同型性の高い結晶を確保する以前に、複数の実験者の間で結晶化の再現性が低下するという問題が生じ、現状の達成度は20%程度と考えている。(5)については、レーザー照射の実験系を確立したものの、実際にS2状態の結晶を調製できるかどうかはこれからの問題であり、その達成度はやはり20%程度である。

Strategy for Future Research Activity

上述の5つの目標の内、(1)から(3)については、7種類のPSII試料に対して酸素発生活性を測定するとともに、各種の分光学的測定を行って酸素発生の構造・機能の相関に関する議論を進める。(4)については、まず、複数の実験者の間で実験プロトコルを統一して結晶化の再現性を高め、同時に結晶の同型性も確保して目標の達成を目指す。(5)については、最初は溶液試料に対してレーザー照射し、ESR実験からS2状態が実現されていることを確認する。この予備実験の結果をふまえてS2状態の結晶を調製し、試料をSpring-8に持ち込んで回折強度測定を行う。

  • Research Products

    (41 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (33 results) (of which Invited: 16 results)

  • [Journal Article] Coulomb Explosion of Dichloroethene Geometric Isomers at 1 PWcm-22013

    • Author(s)
      Yatsuhashi T.; Nakashima, N.; Azuma, J.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 117 Pages: 1393-1399

    • DOI

      10.1021/jp310361x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Possible Mechanisms of Water Splitting Reaction Based on Proton and Electron Release Pathways Revealed for CaMn4O5 Cluster of PSII Refined to 1.9 Å X-Ray Resolution2012

    • Author(s)
      T. Saito, S. Yamanaka, K. Kanda, H. Isobe, Y. Takano, Y. Shigeta, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, M. Shoji, Y. Yoshioka, K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Int. J. Quantum Chem.

      Volume: 112 Pages: 253-276

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and Reactivity of the Mixed-Valence CaMn4O5(H2O)4 and CaMn4O4(OH)(H2O)4 Clusters at Oxygen Evolution Complex of Photosystem II. Hybrid DFT (UB3LYP and UBHandHLYP) Calculations2012

    • Author(s)
      S. Yamanaka, T. Saito, K. Kanda, H. Isobe, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Int. J. Quantum Chem.

      Volume: 112 Pages: 321-343

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary neutron diffraction studies of ADP-ribose pyrophosphatase-I from Thermus thermophilus HB82012

    • Author(s)
      N. Okazaki, M. Adachi, T. Tamada, K. Kurihara, T. Ooga, N. Kamiya, S. Kuramitsu and R. Kuroki
    • Journal Title

      Acta Cryst.

      Volume: F68 Pages: 49-52

    • DOI

      10.1107/S1744309111044551

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the catalytic, inorganic core of oxygen-evolving photosystem II at 1.9 Å resolution2012

    • Author(s)
      S. Yamanaka, K. Kanda, T. Saito, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen , N. Kamiya, M. Okumura, H. Nakamura, K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Adv. Q. Chem.

      Volume: 64 Pages: 121-187

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical illumination of water-inserted structures of the CaMn4O5 cluster in the S2 and S3 states of oxygen-evolving complex of photosystem II: full geometry optimizations by B3LYP hybrid density functional2012

    • Author(s)
      H. Isobe, M. Shoji, S. Yamanaka, Y. Umena, K. Kawakami, N. Kamiya, J.-R. Shen and K. Yamaguchi
    • Journal Title

      Dalton Trans.

      Volume: 41 Pages: 13727-13740

    • DOI

      10.1039/C2DT31420G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deformation of chlorin rings in the photosystem II crystal structure2012

    • Author(s)
      K. Saito, Y. Umena, K. Kawakami, R.-R. Shen, N. Kamiya, and H. Ishikita
    • Journal Title

      Biochem.

      Volume: 51 Pages: 4290-4299

    • DOI

      10.1021/bi300428s

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel Method of Producing Carbon Nanoparticles on Benzene/Water Interface with Femtosecond Laser Plasma Filament2012

    • Author(s)
      Yatsuhashi T.; Uchida, N.; Nishikawa, K.
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 41 Pages: 722-724

    • DOI

      10.1246/cl.2012.722

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 2波長2段階光還元(Yb3+→Yb2+)における反応収量,中間体の吸収(CT←4f*)2013

    • Author(s)
      中島信昭、山中健一、八ッ橋知幸
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学,滋賀
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 光化学系IIの酸素発生Mn4CaO5クラスター;人工光合成の新規触媒開発に向けて2013

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学,滋賀
    • Year and Date
      20130322-20130325
    • Invited
  • [Presentation] 光合成の水分解・酸素発生機構2013

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学,滋賀
    • Year and Date
      20130322-20130325
    • Invited
  • [Presentation] 人は太陽の恵みで生きているー光合成から人工光合成へ2012

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      総合医療学会
    • Place of Presentation
      大阪大学,大阪
    • Year and Date
      20121208-20121209
    • Invited
  • [Presentation] Mutual relationships between structural and functional changes in the PsbM-deletion mutant of photosystem II2012

    • Author(s)
      S. Uto, K. Kawakami, Y. Umena, M. Iwai, M. Ikeuchi, J.-R. Shen, N. Kamiya
    • Organizer
      AsCA2012
    • Place of Presentation
      Adeleide University, Adeleide, Austraria
    • Year and Date
      20121202-20121206
  • [Presentation] 光合成・光化学系II―徐草剤複合体のSHELXLを用いた構造精密化2012

    • Author(s)
      神谷信夫,神谷敏美,George Sheldrick,硯智史,梅名泰史,川上恵典,沈建仁
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Year and Date
      20121025-20121026
  • [Presentation] TtADPRaseの中性子回折に向けた結晶の大型化と構造解析2012

    • Author(s)
      小松勇介,古池美彦,宮原郁子,神谷信夫
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Year and Date
      20121025-20121026
  • [Presentation] ヌクレオチドα-βリン酸結合の加水分解におけるアトミックダイナミクス2012

    • Author(s)
      古池美彦,秋田友加,宮原郁子,神谷信夫
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Year and Date
      20121025-20121026
  • [Presentation] X-ray crystal structure analysis of a PsbM-deletion mutant of photosystem II at 2.25 A resolution2012

    • Author(s)
      S. Uto, K. Kawakami, Y. Umena, M. Iwai, M. Ikeuchi, J.-R. Shen, N. Kamiya
    • Organizer
      Okayama University International Symposium, Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
    • Place of Presentation
      Okayama University, Okayama, Japan
    • Year and Date
      20121022-20121023
  • [Presentation] How do iodine ions inhibit the oxygen evolution of photosystem II?2012

    • Author(s)
      K. Kawakami, D. Hagiwara, Y. Umena, J.-R. Shen, and N. Kamiya
    • Organizer
      Okayama University International Symposium, Structure and Dynamics of Photosynthetic Systems
    • Place of Presentation
      Okayama University, Okayama, Japan
    • Year and Date
      20121022-20121023
  • [Presentation] ヌクレオチドα-βリン酸結合の加水分解におけるアトミックダイナミクス2012

    • Author(s)
      古池美彦,秋田友加,宮原郁子,神谷信夫
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ(2012)
    • Place of Presentation
      東京工業大学,東京
    • Year and Date
      20121014-20121017
  • [Presentation] 光合成・水分解酸素発生機構の推定と人工光合成に向けた課題2012

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      第33回日本熱物性シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪市立大学,大阪
    • Year and Date
      20121003-20121005
    • Invited
  • [Presentation] Novel Method of Producing Carbon Nanoparticles on Benzene/Water Interface with Femtosecond Laser Plasma Filament2012

    • Author(s)
      Tomoyuki Yatsuhashi, Naoko Uchida, Kayo Nishikawa
    • Organizer
      International Union of Materials Research Societies-International Conference on Electronic Materials 2012
    • Place of Presentation
      Yokohama, Japan
    • Year and Date
      20120923-20120928
  • [Presentation] Crystal structure analysis of Mn4CaO5-cluster in Photosystem II complex2012

    • Author(s)
      Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya
    • Organizer
      錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      富山大学,富山
    • Year and Date
      20120921-20120923
    • Invited
  • [Presentation] 好熱性シアノバクテリア由来PSIとCo-Cトリポッド錯体のハイブリッドによる水素発生2012

    • Author(s)
      竹本祐唯,川上恵典,神谷信夫,木下勇
    • Organizer
      錯体化学討論会
    • Place of Presentation
      富山大学,富山
    • Year and Date
      20120921-20120923
  • [Presentation] 酸素発生光化学系II複合体におけるβ-クリプトキサンチンの同定2012

    • Author(s)
      川上恵典, 藤井律子, 梅名泰史, 小澤真一郎, 高橋裕一郎, 橋本秀樹, 神谷信夫, 沈 建仁
    • Organizer
      カロテノイド研究談話会
    • Place of Presentation
      函館国際ホテル,北海道
    • Year and Date
      20120913-20120914
  • [Presentation] ベンゼン/水界面を介した炭素ナノ粒子の新規生成法2012

    • Author(s)
      八ッ橋知幸、内田直子、西川華世
    • Organizer
      光化学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Year and Date
      20120912-20120914
  • [Presentation] 二光子反応,Yb3+ →Yb2+の詳細2012

    • Author(s)
      中島信昭、八ッ橋知幸、山中健一
    • Organizer
      光化学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Year and Date
      20120912-20120914
  • [Presentation] Structure and function of Mn4CaO5 cluster in oxygen-evolving photosystem II2012

    • Author(s)
      N. Kamiya
    • Organizer
      Gordon Reaserch Conference on Photosynthesis
    • Place of Presentation
      Davidson College, Davidson North Carolina, USA
    • Year and Date
      20120708-20120713
    • Invited
  • [Presentation] 酸素発生反応における陰イオンの役割2012

    • Author(s)
      萩原大介, 川上恵典, 梅名泰史, 沈建仁, 神谷信夫
    • Organizer
      第3回日本光合成学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学,東京
    • Year and Date
      20120601-20120602
  • [Presentation] 光化学系II膜タンパク質複合体のPsbM欠損変異体のX線結晶構造解析2012

    • Author(s)
      宇藤沙也加,川上恵典,梅名泰史,岩井雅子,池内昌彦,沈建仁,神谷信夫
    • Organizer
      第3回日本光合成学会
    • Place of Presentation
      東京工業大学,東京
    • Year and Date
      20120601-20120602
  • [Presentation] Crystal Structure of Oxygen-Evolving Photosystem II at a Resolution of 1.9 A

    • Author(s)
      N. Kamiya
    • Organizer
      ONE-DAY International Symposium on Artificial PhotoSynthesis and Solar Energy conversion
    • Place of Presentation
      Kyoto University, Kyoto, Japan
    • Invited
  • [Presentation] 酸素発生光化学系IIの反応機構解明と人工光合成に向けての課題

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      光機能材料研究会「人工光合成」講演会
    • Place of Presentation
      東京工業大学,東京
    • Invited
  • [Presentation] 人工光合成の実現を目指して/光合成たんぱく質の『歪んだ椅子』に学ぶ

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      読売テクノフォーラム
    • Place of Presentation
      日本プレスセンター,東京
    • Invited
  • [Presentation] 光合成・光化学系II複合体における酸素発生Mn4CaO5クラスターの構造:XRDとXAFS

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      XAFS討論会
    • Place of Presentation
      白兎会館,鳥取
    • Invited
  • [Presentation] 光合成・光化学系IIの酸素発生機構の推定と人工光合成に向けた課題

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      光化学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学,東京
    • Invited
  • [Presentation] 光合成・水分解酸素発生機構の推定と人工光合成に向けた課題

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      神奈川大学シンポジウム
    • Place of Presentation
      神奈川大学,神奈川
    • Invited
  • [Presentation] 高強度レーザーによる超多価イオン生成と新規化学反応の開拓

    • Author(s)
      八ッ橋知幸
    • Organizer
      文部科学省 最先端の光の創成を目指したネットワーク研究拠点プログラム」第5回シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] 高強度レーザーによる超多価イオン生成と新規化学反応の開拓

    • Author(s)
      八ッ橋知幸
    • Organizer
      JSTさきがけ 光の利用と物質材料・生命機能 第二期生(2009 年―2013 年)研究報告会
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] Structure and function of Mn4CaO5 cluster in oxygen-evolving photosystem II

    • Author(s)
      Nobuo Kamiya
    • Organizer
      International Mini-symposium on Photosynthesis
    • Place of Presentation
      Tsukuba, Japan
    • Invited
  • [Presentation] 光化学系IIの水分解・酸素発生過程の追跡

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      シンポジウム「構造生物学研究における中性子と放射光の連携~J-PARC/MLF生体高分子専用高分解能中性子回折計の建設実現に向けて」
    • Place of Presentation
      東京国際フォーラム,東京
    • Invited
  • [Presentation] 高分解能構造から探る光合成水分解反応の分子機構

    • Author(s)
      沈建仁・梅名泰史・川上恵典・Faisal.H.M. Koua・神谷信夫
    • Organizer
      放射光学会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場,つくば,茨城
    • Invited
  • [Presentation] 光合成の水分解酸素発生中心・Mn4CaO5(H2O)4クラスターの構造

    • Author(s)
      神谷信夫
    • Organizer
      東北大学卓越大学院研究会「金属錯体の固体物性最前線 ―金属錯体と固体物性物理と生物物性の連携新領域を目指してー」
    • Place of Presentation
      東北大学,仙台,宮城
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

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