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2013 Fiscal Year Annual Research Report

高速バイオAFMが拓く新構造生物学

Research Project

Project/Area Number 24227005
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

安藤 敏夫  金沢大学, 数物科学系, 教授 (50184320)

Project Period (FY) 2012-05-31 – 2017-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 高速AFM / タンパク質 / 細胞 / ダイナミクス / イメージング / 走査型イオン伝導顕微鏡
Research Abstract

代表者が世界に先駆けて開発した革新的な高速原子間力顕微鏡(以下、高速AFM)をベースに、以下4項目を本研究で推進している。①分離精製されたタンパク質分子の機能動態映像からそのタンパク質の詳細な機能メカニズムを解明、②分子よりも遥かに大きい生きた細胞などを高速観察するための技術開発を進め、生きた細胞の表面や、分離調製されたオルガネラの表面で起こる動的現象をin situイメージングし、種々の動的プロセスを探索・解明、③極めて柔らかい生きた真核細胞表面の動的高解像イメージングを可能にする非接触型高速走査型プローブ顕微鏡(以下、高速nc-SPM)を開発。④光学顕微鏡像と高速AFM像の同時取得を可能にする複合機の開発と応用研究。2年目に当たる平成25年度では、以下の研究を行った。①については、以前から進めてきたミオシンVの歩行運動の更なる詳細機能解明に加え、微小管上を運動するダイニン、DNAの分解・修復を行うRecBCD、シャペロニンClpB、バクテリアの鞭毛のHookの長さを決めていると推測されているFliKなどの観察を行った。ミオシンVについては、ATP分解反応で解放されるエネルギーの利用についてこれまでの常識を覆す画期的な成果を得た。ダイニンについては、微小管に活性・不活性状態があることを見出した。FliKについては、Hookの長さ決定機構に結びつく分子特性を得ることができた。②については、広域を高速走査可能なスキャナーの開発に成功し、エンドサイトーシスなど生きた細胞で起こる動的現象を可視化できるまでになった。③については、前年度に引き続き走査型イオンコンダクタンス顕微鏡(SICM)のイメージング速度を上げるための要素技術の開発を行い、イオンコンダクタンスを従来の約400倍の速さで計測できるまでになった。④については、倒立型蛍光顕微鏡との複合機を試作し、全反射蛍光観察と高速AFM観察を同時にできるまでになった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題は、大きく2つに分類される。①すでに完成させた高速AFMによるタンパク質の挙動解析とそれによる機能発現機序の解明と、②高速AFMの適用範囲を拡大させるための技術開発とその有効性の実証。①については、ミオシンVで予想を超える画期的な成果が得られ、新たに着手したFliKやClpBでも機能発現機序の解明に迫るデータが得られている。②の技術開発では、細胞のように大きな系で起こる動的現象を捉える技術をほぼ確立させ、その有効性の実証研究も進み、複合機の開発も順調に進んでいる。また、高速nc-SPM(具体的には高速走査型イオン伝導顕微鏡)を実現させる要素技術の開発も順調に進んでいる。以上のように、本研究は全体としておおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

タンパク質の機能動態イメージングについては、順調に進んでいる系の成果を論文にまとめる一方、難しいタンパク質ではアッセイ系の検討を継続する。新規の試料系についても探索する。生きた細胞などの大きな系で起こる動的現象を高速AFM観察できるまでに技術開発が進んだが、得られる情報が細胞表面に限られるため、また、柔らかい細胞表面上の分子を見ることも困難なため、細胞で起こる現象に深い洞察を与えることは難しい。細胞内で起こる現象との同時観察を可能にするには、蛍光顕微鏡との複合機が有効であり、その完成を目指す。この複合機では高速超解像蛍光顕微鏡という新たな可能性が出てきたため、その開発にも取り組む。柔らかい細胞やオルガネラ表面の高解像AFM観察は難しい課題であるので、これまでに進めてきた高速走査型イオン伝導顕微鏡を実現させ、その解像度を上げることにより生きた細胞やオルガネラで起こる分子レベル(少なくとも超分子複合体レベル)の動的現象を捉える方向で研究を進める。

  • Research Products

    (47 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (32 results) (of which Invited: 23 results) Book (2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Trade-off between processivity and hydrolytic velocity of cellobiohydrolases at the surface of crystalline cellulose2014

    • Author(s)
      A. Nakamura, H. Watanabe, T. Ishida, T. Uchihashi, M. Wada, T. Ando, K. Igarashi, and M. Samejima
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 136 Pages: 4584-4592

    • DOI

      10.1021/ja4119994

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Filming biomoleculear processes by high-speed atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      T. Ando, T. Uchihashi, and S. Scheuring
    • Journal Title

      Chem. Rev.

      Volume: 114 Pages: 3120-3188

    • DOI

      0.1021/cr4003837

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopic observation of ATP-dependent rotation of the AAA+ chaperone p972013

    • Author(s)
      Kentaro Noi, Daisuke Yamamoto, Shingo Nishikori, Ken-ichi Arita-Morioka, Toshio Ando and Teru Ogura
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 21 Pages: 1992-2002

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.08017

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Real-Time Visualization of Assembling of a Sphingomyelin-Specific Toxin2013

    • Author(s)
      Neval Yilmaz, Taro Yamada, Peter Greimel, Takayuki Uchihashi, Toshio Ando, and Toshihide Kobayashi
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 105 Pages: 1397-1405

    • DOI

      DOI: 10.1016/j.bpj.2013.07.052

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscope combined with single-molecule fluorescence microscope2013

    • Author(s)
      S. Fukuda, T. Uchihashi, R. Iino, Y. Okazaki, M. Yoshida, K. Igarashi, and T. Ando
    • Journal Title

      Rev. Sci. Instrum.

      Volume: 84 Pages: 073706-1-8

    • DOI

      10.1063/1.4813280

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phosphorylation-coupled intramolecular dynamics of unstructured regions in chromatin remodeler FACT2013

    • Author(s)
      M. Hashimoto, N. Kodera, Y. Tsunaka, M. Oda, M. Tanimoto, T. Ando, K. Morikawa, and S. Tate
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 104 Pages: 2222-2234

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.04.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Wide-area scanner for high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      H. Watanabe, T. Uchihashi, T. Kobashi, M. Shibata, J. Nishiyama, R. Yasuda, and T. Ando
    • Journal Title

      Rev. Sci. Instrum.

      Volume: 84 Pages: 053702-1-10

    • DOI

      10.1063/1.4803449

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy of protein dynamics: myosin on actin and rotary enzyme F1-ATPase2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Journal Title

      Microscopy & Analysis

      Volume: 27 Pages: 10-13

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of trimer-trimer interaction of bacteriorhodopsin studied by optical spectroscopy and high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      H. Yamashita, K. Inoue, M. Shibata, T. Uchihashi, J. Sasaki, H. Kandori, and T. Ando
    • Journal Title

      J. Struct. Biol.

      Volume: 184 Pages: 2-11

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Machines directly observed by high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Journal Title

      FEBS Lett.

      Volume: 587 Pages: 997-1007

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2012.12.024

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed AFM and applications to biomolecular systems2013

    • Author(s)
      T. Ando, T. Uchihashi, and N. Kodera
    • Journal Title

      Annu. Rev. Biophys.

      Volume: 42 Pages: 393-414

    • DOI

      10.1146/annurev-biophys-083012-130324

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Filming biomolecular and cellular processes by high-speed AFM2014

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Euro AFM Forum 2014
    • Place of Presentation
      Goettingen, Germany
    • Year and Date
      20140317-20140319
    • Invited
  • [Presentation] High-speed AFM for filming biomolecular and cellular processes2014

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      2014 RNBI Winter School
    • Place of Presentation
      Hula Valley, Israel
    • Year and Date
      20140209-20140214
    • Invited
  • [Presentation] High-speed AFM: Technical progress and application to myosin V2014

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      XVI. Linz Winter Workshop
    • Place of Presentation
      Linz, Austria
    • Year and Date
      20140130-20140203
    • Invited
  • [Presentation] Plenary Lecture "High-speed atomic force microscopy filming dynamic biomolecular processes"2013

    • Author(s)
      T. Ando, T. Uchihashi, and N. Kodera
    • Organizer
      ACSIN12 & ICSPM21
    • Place of Presentation
      Tsukuba, Japan
    • Year and Date
      20131105-20131108
    • Invited
  • [Presentation] Structure of proteins involved in Mycoplasma mobile gliding revealed by visualization2013

    • Author(s)
      Y. Tahara, N. Kodera, T. Ando, M. Miyata
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Conformations and dynamics of ClpB hexameric ring observed by high-speed AFM2013

    • Author(s)
      T. Uchihashi, Y. Watanabe, R. Iino, H. Watanabe, T. Yamasaki, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Combined system of high-speed-AFM and optical microscopy2013

    • Author(s)
      S. Fukuda1, T. Uchihashi, R. Iino, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Nanoscale investigation on bacterial cell surface using high-speed AFM2013

    • Author(s)
      H. Watanabe, C. David, T. Uchihashi, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Real-time observation of amyloid fibril formation of yeast prion Sup35 by high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      L. Zhu, H. Konno, M. Okuda, N. Kodera, T. Ando, H. Taguchi
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Pilot study for the development of high-speed ultrasonic AFM2013

    • Author(s)
      T Saito, N. Kodera, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] High-speed-AFM observation of processive movement of cytoplasmic dynein2013

    • Author(s)
      S. Fiujita1, K. Shibata, T. Uchihashi, Y. Toyoshima, and T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Chemomechanical coupling mechanism of myosin V revealed by high-speed AFM2013

    • Author(s)
      N. Kodera, T. Uchihashi, K. Yagi, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Walking mechanism of myosin X revealed by high-speed AFM2013

    • Author(s)
      Y. Sakiyama, N. Kodera, O. Sato, M. Ikebe, T. Ando
    • Organizer
      日本生物物理学会第51回年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] 高速AFMによる作動中のタンパク質の高解像撮影2013

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      第7回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ
    • Year and Date
      20130924-20130927
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Symposium on "Nanoscale 3D tomography, time-resolved imaging and dynamic characterization of nanostructured materials and devices" at 2013 JSAP-MRS Joint Symposia
    • Place of Presentation
      Shintanabe, Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20130916-20130920
    • Invited
  • [Presentation] バイオ分子のダイナミクスを直接可視化する高速AFM2013

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      第62回高分子討論会
    • Place of Presentation
      金沢大学
    • Year and Date
      20130911-20130913
    • Invited
  • [Presentation] High-speed AFM for filming dynamic biological processes2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Archie Howie Symposium at EMAG-2013
    • Place of Presentation
      Univ. of York, UK
    • Year and Date
      20130904-20130906
    • Invited
  • [Presentation] Video imaging of dynamic molecular and cellular processes by high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Conference on "New Advances in Optical Imaging of Live Cells and Organisms"
    • Place of Presentation
      Suzhou, China
    • Year and Date
      20130820-20130823
    • Invited
  • [Presentation] Keynote speech "Applications of high-speed atomic force microscopy"2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      XX International Summer School "Nicolas Cabrera", Biomolecules and Single Molecule Techniques
    • Place of Presentation
      Madrid, Spain
    • Year and Date
      20130721-20130726
    • Invited
  • [Presentation] Keynote speech "Development of high-speed atomic force microscopy"2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      XX International Summer School "Nicolas Cabrera", Biomolecules and Single Molecule Techniques
    • Place of Presentation
      Madrid, Spain
    • Year and Date
      20130721-20130726
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy for biology2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      ISPM 2013
    • Place of Presentation
      Dijon, France
    • Year and Date
      20130701-20130704
    • Invited
  • [Presentation] Plenary Talk "Filming dynamic processes by high-speed AFM"2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      UK-SPM 2013
    • Place of Presentation
      Leeds, UK
    • Year and Date
      20130626-20130627
    • Invited
  • [Presentation] Progress of high-speed AFM technology2013

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      5th AFM BioMed Conference
    • Place of Presentation
      Shanghai, China
    • Year and Date
      20130507-20130511
    • Invited
  • [Presentation] The development of high-speed AFM: A curious journey of a scientist

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Campus seminar at the Max Planck Institute for Biophysical Chemistry in Göttingen
    • Place of Presentation
      Goettingen, Germany
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy that captures dynamic molecular and cellular processes on video

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Kitasato Joint Meeting 2014 "Molecular Control of Cellular Function: Seeing, Thinking, and Believing"
    • Place of Presentation
      Kitasato University School of Pharmacy, Tokyo
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy that captures dynamic molecular and cellular processes on video

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Univ. of Basel, Center for Molecular Life Sciences Seminar
    • Place of Presentation
      Basel, Switzerland
    • Invited
  • [Presentation] Video imaging of molecular and cellular processes by high-speed atomic force microscopy

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      Karolinska Institute CMB/LICR Seminar (JSPS-KVA Program)
    • Place of Presentation
      Stockholm, Sweden
    • Invited
  • [Presentation] The development of high-speed atomic force microscopy

    • Author(s)
      T. Ando
    • Organizer
      KTH Royal Institute of Technology Applied Physics Seminar (JSPS-KVA Program)
    • Place of Presentation
      Stockholm, Sweden
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質分子の機能動態を直接可視化する高速AFM

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      東京都医学総合研究所セミナー
    • Place of Presentation
      東京都医学総合研究所
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡の開発とそのタンパク質分子への適用に関する研究

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      島津賞受賞記念講演
    • Place of Presentation
      京都オークラホテル
    • Invited
  • [Presentation] Plenary talk「生体分子を動画撮影する高速AFM」

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第57回シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋、ウィンク愛知
    • Invited
  • [Presentation] Direct visualization of dynamic molecular and cellular processes at high spatiotemporal resolution

    • Author(s)
      安藤敏夫
    • Organizer
      岡山大学第90回ITPセミナー
    • Place of Presentation
      岡山大学 J-Hall
    • Invited
  • [Book] Chapter 19: "High-speed AFM and Imaging of Biomoleculr Processes" in Nanoscale Liquid Interfaces: Wetting, Patterning, and Force Microscopy at the Molecular Scale (Thierry ONDARÇUHU, Jean-Pierre Aimé Ed.)2013

    • Author(s)
      T. Ando, T. Uchihashi
    • Total Pages
      20/755
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing
  • [Book] Chapter 5: "Nanovisualization of proteins in action using high-speed AFM" in Single-molecule Studies of Proteins. Biophysics for the Life Sciences Vol 2, 2013 (Andres Oberhauser, ed)2013

    • Author(s)
      T. Uchihashi, N. Kodera, T. Ando,
    • Total Pages
      29/274
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks] Welcome to Kanazawa Biophysics Lab

    • URL

      http://www.s.kanazawa-u.ac.jp/phys/biophys/

  • [Remarks] Bio-AFM Frontier Research Center

    • URL

      http://www.se.kanazawa-u.ac.jp/bioafm_center/index.htm

URL: 

Published: 2015-05-28  

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