• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2012 Fiscal Year Annual Research Report

レチナール蛋白質の高次構造と機能

Research Project

Project/Area Number 24370066
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

神山 勉  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (30170210)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
村上 緑  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教 (20324387)
岩佐 達郎  室蘭工科大学, 工学部, 教授 (00133926)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywordsレチナール蛋白質 / X線結晶構造解析 / 光駆動プロトンポンプ / 視物質 / 塩素イオンポンプ / 光遺伝学 / G蛋白質共役レセプター / 光センサー
Research Abstract

研究目標:タンパク質の表面部分に変異を加え、結晶内のタンパク質の充填具合を自在に制御することを試み、結晶格子力がレチナールの光異性化後のタンパク質内ストレスの解放プロセスに及ぼす影響についての解析を推し進める。同時に、タンパク質の高次構造の光反応に伴う変形について調べ、サブユニット間の協同現象と機能発現効率との相関を解析する。
24年度の成果:1)古細菌型ロドプシンの構造解析:1-1》光駆動プロトンポンプの構造解析。(1)好熱性好塩菌Haloterrigena Thermotolerans由来のデルタロドプシンの基底状態の構造を求めた。(2)高度好塩菌Haloarcula vallismortis由来のCruxrhodopsinの良質な3次元結晶を作製し、2.3A分解能の回折データを収集した。(3)バクテリオロドプシン(BR)の膜表面から飛び出したループ部分をハロロドプシン(pHR)のものに置き換えたBR・pHRキメラ蛋白質を作製した。(4)中国モンゴル自治区のロジノル塩湖から採取した好塩菌を単離し、遺伝子解析を行い、この菌がバクテリオロドプシン類似タンパク質遺伝子を持ち、タンパク質を発現していることを明らかにした.1-2》塩素イオンポンプの構造解析:(1)ハロロドプシン(pHR)のLおよびN中間体に関する構造データを収集し、光照射後のハロゲン原子の動きについての情報を得た。2)無脊椎動物系ロドプシンの構造解析:2-1>イカロドプシンの酸性型メタ中間体の構造データを収集した。2-2>タコロドプシンの結晶化。3次元結晶を得ることに成功した。しかし、歩留まりが悪いままの状況にある。3)クライオ原子間力顕微鏡による構造解析:(1)クライオ原子間力顕微鏡の分解能の向上を図った。(2)改良した装置を用いてバクテリオロドプシンの3次元結晶の成長過程を観察した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究計画で掲げた複数の研究テーマのうち、順調に目標を達成できたと言い切れるものが限られており(塩素イオンポンプの反応中間体の構造解析、新規の光駆動プロトンポンプの構造決定、など)、他の幾つかのテーマ(タコロドプシンやセンソリーロドプシンの結晶化、無細胞系でのタコロドプシンの発現・再構成、など)に関しては、いくばくかの進展があるものの、最終目標までの道のりは短くはないのではないかと思わせる状況にとどまっている。

Strategy for Future Research Activity

膜蛋白質の構造解析には、タンパク質の発現・精製、結晶化、など時間を要するプロセスが含まれるので、より効率的に成果が得られるようにするための工夫を凝らす。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

使用状況:基金分に270万円もらって211万円使用し、次年度に予定している購入計画のため51万円を残した。2013年度の使用計画:前年度からの繰越額と合わせてクライオ原子間顕微鏡の性能を向上させるための光学部品・電子部品・その他一式を購入することを予定している。

  • Research Products

    (27 results)

All 2013 2012

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (17 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Large deformation of helix F during the photoreaction cycle of pharaonis halorhodopsin in complex with azide2013

    • Author(s)
      Nakanishi T, Kanada S, Murakami M, Ihara K, Kouyama T
    • Journal Title

      Biophys J.

      Volume: 104 Pages: 377-385

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2012.12.018

  • [Journal Article] A novel dnaJ family gene, sflA, encodes an inhibitor of flagellation in marine Vibrio species2013

    • Author(s)
      Kitaoka M, Nishigaki T, * Ihara K, Nishioka N, Kojima S, Homma M
    • Journal Title

      J Bacteriol.

      Volume: 195 Pages: 816-22

    • DOI

      doi:10.1128/JB.01850-12

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of the O intermediate of the Leu93→Ala mutant of bacteriorhodopsin2012

    • Author(s)
      Zhang J, Yamazaki Y, Hikake M, Murakami M, Ihara K, Kouyama T
    • Journal Title

      Proteins

      Volume: 80 Pages: 2384-2396

    • DOI

      DOI:10.1002/prot.24124

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MarR-type transcriptional regulator ChlR activates expression of tetrapyrrole biosynthesis genes in response to low-oxygen conditions in cyanobacteria2012

    • Author(s)
      Aoki R, Takeda T, Omata T, Ihara K, Fujita Y
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 287 Pages: 13500-7

    • DOI

      doi:10.1074/jbc.M112.346205.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intracellular distribution of iron in the cell of magnetotactic bacteria inhibited the biosynthesis of mgnetic nano-particles by limiting the iron source2012

    • Author(s)
      S. Watanabe, T. Iwasa
    • Journal Title

      Advanced Materials Research

      Volume: 476-478 Pages: 1020-1026

    • DOI

      10.4028/www.scientific.net/AMR.476-478.1020

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preparation of Ag nanoparticle dispersed silk fibroin compact2012

    • Author(s)
      W. Yu, T. Kuzuya, S. Hirai, Y. Tamada, K. Sawada, T. Iwasa
    • Journal Title

      Applied Surface Science

      Volume: 262 Pages: 212-217

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.apsusc.2012.05.128

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of microbial rhodopsin genes from salt lake in Inner Mongolia2012

    • Author(s)
      Meng, C. L., Dai, G., Iwasa, T.
    • Journal Title

      Advanced Materials Research

      Volume: 518-523 Pages: 380-383

    • DOI

      10.4028/www.scientific.net/AMR.518-523.380

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of amino acid residue involved in binding with the odorant molecule in Cp-Lip12012

    • Author(s)
      Y. Sugiura, H. Sugimoto, T. Takahashi, K. Sawada, T. Iwasa
    • Journal Title

      Jpn. J. Taste Smell Res

      Volume: 19 Pages: 429-432

    • DOI

      ISSN:1340-4806

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In situ Ca2+ imaging of odorant response in the olfactory epithelium of the Japanese common newt2012

    • Author(s)
      H. Sugimoto, K. Sawada, T. Iwasa
    • Journal Title

      Jpn. J. Taste Smell Res

      Volume: 19 Pages: 437-440

    • DOI

      ISSN:1340-4806

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] クライオ原子間力顕微鏡によるバクテリオロドプシンの結晶化過程の観2013

    • Author(s)
      林駿甫, 久我直登, 五藤俊明, 神山勉
    • Organizer
      日本物理学会第68回年次大会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      20130326-20130329
  • [Presentation] ハロロドプシンのハライドイオン輸送体の反応状態の構造解析2013

    • Author(s)
      川口春樹, 中西太市, 井原邦夫, 神山
    • Organizer
      日本物理学会第68回年次大会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      20130326-20130329
  • [Presentation] X線結晶構造から観るイカロドプシンの光反応初期過程2013

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      日本物理学会第68回年次大会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      20130326-20130329
  • [Presentation] X-ray crystallography study of cruxrhodops in from Haloarcula vallismor2013

    • Author(s)
      T. Kitajima, M. Murakami, K. Ihara
    • Organizer
      日本物理学会第68回年次大会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      20130326-20130329
  • [Presentation] ハロロドプシンのハライドイオン輸送体の反応状態の構造解析2013

    • Author(s)
      川口春樹, 中西太市, 井原邦夫, 神山
    • Organizer
      平成24年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2013-02-19
  • [Presentation] ハロロドプシンのハライドイオン輸送サイクルにおける構造変化2013

    • Author(s)
      川口春樹, 中西太市, 久保宏樹, 井原邦夫, 村上緑, 神山勉
    • Organizer
      平成24年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2013-02-19
  • [Presentation] Crystallographic study of cruxrhodopsin-3 from Haloarcula vallismort2013

    • Author(s)
      T. Kitajima, M. Murakami, K. Ihara
    • Organizer
      平成24年度生物物理学会中部支部講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2013-02-19
  • [Presentation] Crystal structure of the lumi intermediate of squid rhodopsin2012

    • Author(s)
      M. Murakami and T. Kouyama
    • Organizer
      15th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      Ascona(スイス)(招待講演)
    • Year and Date
      20120930-20121015
  • [Presentation] Crystal structure of an M state of the azide complex of pharaonis halorhodopsin2012

    • Author(s)
      T. Nakanishi, S. Kanada, M. Murakami
    • Organizer
      15th International Conference on Retinal Proteins
    • Place of Presentation
      Ascona(スイス)(招待講演)
    • Year and Date
      20120930-20121005
  • [Presentation] Photo-activation mechanism of squid rhodopsin2012

    • Author(s)
      村上緑, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] Large deformation of helix F upon formation of the M intermediate of the azide-bound purple form of pharaonis halorhodopsin2012

    • Author(s)
      中西太市, 金田創運, 村上緑, 井原邦夫, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] Crystal Structure of deltarhodosp in from Haloterrigena Thermo2012

    • Author(s)
      張進, 水野克秀, 神山勉
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] X-ray crystallography of retinal proteins2012

    • Author(s)
      T. Kouyama
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120904-20120905
  • [Presentation] Structural analysis of biological molecules by cryogenic atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      S. Hayashi and T. Kouyama
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120904-20120905
  • [Presentation] Crystal Structure of deltarhodospin from Haloterrigena Thermotolerans2012

    • Author(s)
      J. Zhang, K. Mizuno, Y. Murata, M. Murakami, K. Ihara and T. Kouyama
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120904-20120905
  • [Presentation] Large deformation of helix F upon formation of the M intermediate of the azide-bound purple form of pharaonis halorhodopsin2012

    • Author(s)
      T. Nakanishi, S. Kanada, M. Murakami, K. Ihara and T. Kouyama
    • Organizer
      IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20120904-20120905
  • [Presentation] ロドプシンのX線結晶構造解析 -結晶学と分光学で探るわたしたちがモノを見るしくみ2012

    • Author(s)
      村上緑
    • Organizer
      名古屋大学女性研究者サイエンスフォーラム
    • Place of Presentation
      名古屋大学(招待講演)
    • Year and Date
      2012-08-09
  • [Book] オプトジェネティクス -光工学と遺伝学による行動抑制技術の最前線2012

    • Author(s)
      神取秀樹、井原邦夫, 神山勉, 他43名
    • Total Pages
      288
    • Publisher
      新日本印刷

URL: 

Published: 2014-07-16  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi