• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2013 Fiscal Year Research-status Report

フイブリノゲン非構造領域とN結合糖鎖によるフイブリンゲル形成の制御機構の解明

Research Project

Project/Area Number 24550245
Research InstitutionGunma University

Principal Investigator

窪田 健二  群馬大学, 理工学研究院, 教授 (40153332)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 行木 信一  群馬大学, 理工学研究院, 准教授 (80302959)
Keywordsフィブリノゲン / Bβ鎖N末端領域 / NDSK / Fragment-D / SPR / ラテラル凝集 / フィブリン重合
Research Abstract

本年度は、①Fbg断片試料間の相互作用解析と②変異体試料の調製、を当初計画としていたが、前者に集中して研究を行った。後者については調製プロトコルの最終的確立に向け研究を進めている。
Fibrin重合におけるBβ鎖N末端領域の役割を解明するため、遺伝子工学的にBβ鎖N末端領域Fragment(BβN)を作製し、SPRによるBβNの相互作用の検討、ならびに濁度測定を用いたBβNの添加によるFibrin重合過程の特性解析を行った。
SPR測定の結果、BβNおよびFragment NDSKとFragment D(Frag-D)が濃度依存的に相互作用すること、E領域の中でも特にβNとFrag-Dとの相互作用が認められ、Fibrin重合におけるBβNとD領域の相互作用の関与が確かめられた。
濁度測定の結果、B:b相互作用とは別に、D領域に対するBβNの相互作用がラテラル凝集に関与していることが示された。BβNおよびBβNからFpBを切除したβNの添加により同様の阻害効果が見られ、BβNの中でも特にB knob以外の部位での相互作用が明らかとなった。また、BβNの二量体の(BβN)2、(βN)2の添加効果の解析から、BβNがD領域と直接相互作用していることが示された。
以上より、ラテラル凝集におけるBβ鎖N末端領域の相互作用の重要性、ならびにβ鎖N末端領域とD領域との相互作用がFibrin重合に大きく寄与していること、この相互作用がFibrin線維形成の実質的な因子となっていることが示唆された。また、Bβ鎖N末端領域のD領域との相互作用が実現されるためには、Protofibrilの生成によるD領域のコンフォメーション変化が必要であることから、Fibrin重合がProtofibrilの生成・成長とそれに引き続くラテラル凝集という2段階のプロセスで進行することが裏付けられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画の①に関しては、前年度のSPRによる前実験を再現するだけでなく、より明確な結果が得られたと同時に、その結果と整合する濁度測定の結果も得られ、ラテラル凝集におけるBβ鎖N末端領域の相互作用の重要性、Bβ鎖N末端領域とD領域との相互作用がFibrin重合に大きく寄与していること、そしてこの相互作用がFibrin線維形成の実質的な因子となっていることが分かった。また、Bβ鎖N末端領域とインタクトのFibrinogen分子との混合系では凝集が認められず、Bβ鎖N末端領域のD領域との相互作用が実現されるためには、Protofibrilの生成によりD領域のコンフォメーション変化が惹起される必要があることが示唆された。この結果、Fibrin重合がProtofibrilの生成・成長とそれに引き続くラテラル凝集という2段階のプロセスで進行することが示され、Fibrin重合メカニズムの解明にとって極めて重要な知見が得られ、①の計画は十分に目的を達成できたと考えられる。
一方、当初計画の②については、リシルエンドペプチダーゼを用いたN結合糖鎖の単離調製を進めFbg断片試料とのSPRを用いた相互作用解析を行う段階となっており、Fbg重合に果たす糖鎖の役割の解明につながると期待できる。この糖ペプチドフラグメントが非常に吸着しやすいため、精製純度を高め、SPR測定の改良を現在進めている。全長型のFbg試料の調製については、25年度の研究で①のテーマに注力したため少し足踏みしているが、Mimic SF9細胞系での26年度での完了を目指している。
以上のことから、当初の計画に対して、おおむね順調に進んでいると判断した。

Strategy for Future Research Activity

①単離調製したN結合糖鎖のFbg断片試料との相互作用解析:  リシルエンドペプチダーゼを用いることにより、リジン残基の部位で特異的にFbgのペプチド鎖を限定分解し、N-結合糖鎖を含むペプチド断片を得ている。N-結合糖鎖を含むペプチド断片はモル質量が小さいため、アナライトとしてSPR測定に用いるのは検出感度の点で好ましくない。そこで、このペプチド断片を精製・純化したものをリガンドとするSPR測定により、Fbg断片のどの部分と相互作用するのかを確かめる。アナライトとしては、Bβ鎖N末端領域、Frag-Dのほか、別個に作成しているαC鎖、NDSK、Frag-XおよびインタクトのFbgを計画している。
②変異体試料の調製と凝集特性解析: 変異体試料の調製として、25年度の研究により得られた成果であるBβ鎖N末端領域のD領域との相互作用の存在、ならびにBノブ以外の部分での相互作用部位の存在を基に、変異をBβ鎖N末端部(具体的には、N末端部から20残基目以降)の3か所(程度)のアミノ酸をアラニンに置換したもの3種類を作製し、それらのFrag-Dとの相互作用解析から、フィブリン重合における重要部位の特定を進める。さらに、その結果を基に全長型のフィブリノゲンを昆虫細胞を用いて作製し、断片間の相互作用、ならびにN結合糖鎖が全長型の場合にどのように発現するかを検証する。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

繰り越しを生じた理由は、全長型変異体Fbg試料の調製にバキュロウイルス-昆虫細胞(Mimic SF9細胞)を用いるために、大量培養のための試薬類、また精製のためのモノクローナル抗体の購入が必要でそれらが比較的高価なため、これらの使用を予定している26年度の研究の遂行に相応する予算を保持していくためである。当研究室ではMimic SF9細胞系での実験の経験がまだ少ないため、途中での実験条件の調整を何回か行う必要があると予想でき、研究費に余裕が必要である。
26年度に行う全長型変異体Fbg試料の調製において、バキュロウイルス-昆虫細胞(Mimic SF9細胞)、大量培養のための試薬類、また精製のためのモノクローナル抗体などの購入を行う。

  • Research Products

    (18 results)

All 2014 2013

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (15 results)

  • [Journal Article] Identification of residues required for stalled-ribosome rescue in the codon-independent release factor YaeJ2014

    • Author(s)
      H. Kogure, Y. Handa, M. Nagata, N. Kanai, P. Gunter, K. Kubota and N. Nameki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 42 Pages: 3152-3163

    • DOI

      10.1093/nar/gkt1280

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of desyalylation on the fibrin polymerization depending on NaCl concentration2014

    • Author(s)
      K. Kubota, Y. Toyama, N. Namki and K. Wakamatsu
    • Journal Title

      Key Engineering Materials

      Volume: 596 Pages: 213-218

    • DOI

      10.4028/www.scientific.net/KEM.596.213

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of nonionic adsorption resins for removal of inhibitorycompounds from corncob hydrolysate for ethanol fermentation2013

    • Author(s)
      K. hatano, N. Aoyagi, T. Miyakawa, M. Tanokura and K. Kubota
    • Journal Title

      Bioresurce Technology

      Volume: 149 Pages: 541-545

    • DOI

      10.1016/j.biortech.2013.08.166

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Peparation of N-linked carbohydrate chain and its interaction with fibrinogen2013

    • Author(s)
      K. Kigawa, Y. Iizuka, K. Kubota, Y. Toyama, N. Nameki and K. Wakamatsu
    • Organizer
      5th International Conference on Advanced Micro-Device Engineering
    • Place of Presentation
      桐生市 市民文化会館
    • Year and Date
      20131219-20131219
  • [Presentation] Inhibitory effect of N-terminal region of Bβchain on fibrin polymerizatio2013

    • Author(s)
      Y. Iizuka, Y. Toyama, N. Nameki, M. Ochiai and K. Kubota
    • Organizer
      第23回日本MRS学術シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜市 横浜情報文化センター
    • Year and Date
      20131209-20131211
  • [Presentation] Adding effect of sialic acid on fibrin polymerization at high ionic sterength2013

    • Author(s)
      K. Kubota, Y. Toyama, M. Ochiai and N. Nameki
    • Organizer
      第23回日本MRS学術シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜市 横浜情報文化センター
    • Year and Date
      20131209-20131211
  • [Presentation] Cleavage of sialic acid accelerates fibrin polymerization even at high ionic strength2013

    • Author(s)
      K. Kubota, Y. Toyama, N. Nameki and M. Ochiai
    • Organizer
      第23回日本MRS学術シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜市 横浜情報文化センター
    • Year and Date
      20131209-20131211
  • [Presentation] Interaction analyses of N-linked carbohydrate chain with fibrinogen degradation products2013

    • Author(s)
      K. Kigawa, Y. Toyama and K. Kubota
    • Organizer
      第23回日本MRS学術シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜市 横浜情報文化センター
    • Year and Date
      20131209-20131211
  • [Presentation] 牛赤血球とフィブリノゲンとの相互作用に与えるpHの影響2013

    • Author(s)
      高橋海、窪田健二、外山吉治
    • Organizer
      日本化学会関東支部群馬地区地域懇談会
    • Place of Presentation
      高崎市 量子応用研究所
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] フィブリノゲンクライオゲル形成に与えるイオン強度および尿素添加の影響2013

    • Author(s)
      清水政宏、窪田健二、落合正則、外山吉治
    • Organizer
      日本化学会関東支部群馬地区地域懇談会
    • Place of Presentation
      高崎市 量子応用研究所
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] リコンビナントαCドメインの作製とその役割2013

    • Author(s)
      中村俊介、窪田健二、行木信一、林史夫、外山吉治
    • Organizer
      日本化学会関東支部群馬地区地域懇談会
    • Place of Presentation
      高崎市 量子応用研究所
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] フィブリン重合へのBβ鎖N末端領域の添加効果2013

    • Author(s)
      飯塚よし野、行木信一、窪田健二、落合正則、外山吉治
    • Organizer
      日本化学会関東支部群馬地区地域懇談会
    • Place of Presentation
      高崎市 量子応用研究所
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] N結合糖鎖とフラグメントDとの相互作用測定2013

    • Author(s)
      木川浩平、窪田健二、行木信一、落合正則、外山吉治
    • Organizer
      日本化学会関東支部群馬地区地域懇談会
    • Place of Presentation
      高崎市 量子応用研究所
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] 食品廃棄物のファイトレメデイエーションへの利活用2013

    • Author(s)
      戸村拓喜、窪田健二、角田欣一、秦野賢一
    • Organizer
      廃棄物資源循環学会平成25年度研究発表会
    • Place of Presentation
      札幌市 北海道大学
    • Year and Date
      20131102-20131104
  • [Presentation] 赤血球集合に与える赤血球表面糖鎖の影響2013

    • Author(s)
      外山吉治、須田巧、窪田健二
    • Organizer
      第36回日本バイオレオロジー学会年会
    • Place of Presentation
      福岡市 九州大
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] 高イオン強度下でのフィブリン凝集に対する糖鎖切除効果2013

    • Author(s)
      窪田健二、外山吉治、行木信一、落合正則
    • Organizer
      第36回日本バイオレオロジー学会年会
    • Place of Presentation
      福岡市 九州大
    • Year and Date
      20130608-20130609
  • [Presentation] フィブリノゲンおよびフィブリノゲン分解産物とBβ鎖N末端領域の相互作用測定2013

    • Author(s)
      飯塚よし野、外山吉治、窪田健二、行木信一、落合正則
    • Organizer
      高分子学会第28回群馬栃木地区講演会
    • Place of Presentation
      桐生市 群馬大
    • Year and Date
      20130307-20130308
  • [Presentation] 赤血球表面とフィブリノゲンおよびフィブリノゲン分解産物との相互作用2013

    • Author(s)
      須田巧、外山吉治、窪田健二
    • Organizer
      高分子学会第28回群馬栃木地区講演会
    • Place of Presentation
      桐生市 群馬大
    • Year and Date
      20130307-20130308

URL: 

Published: 2015-05-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi