2013 Fiscal Year Research-status Report
比較メタゲノム解析とマイクロアレイを活用したアコヤガイ赤変病の病原体究明
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24580291
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| Research Institution | Fisheries Research Agency |
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Principal Investigator |
松山 知正 独立行政法人水産総合研究センター, 増養殖研究所, 主任研究員 (20372021)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中易 千早 独立行政法人水産総合研究センター, 増養殖研究所, グループ長 (00311225)
安池 元重 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (20604820)
藤原 篤志 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, グループ長 (30443352)
高野 倫一 独立行政法人水産総合研究センター, 増養殖研究所, 研究員 (40533998)
中村 洋路 独立行政法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (90463182)
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| Keywords | 赤変病 / アコヤガイ / メタゲノム |
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| Research Abstract |
昨年度作製したライブラリーを次世代シーケンサーを用いて解析した。
病貝ライブラリーについては454 FLX、健常貝ライブラリーについてはIon PGMシーケンサーを用いて塩基配列を解読した。病貝より得られた配列群を、アコヤガイゲノムデータベースに対して相同性検索を行い、アコヤガイを由来とする配列を除去した。さらに健常貝より得られた配列群に対して相同性検索を行い、共通する配列を除去した。得られた配列群についてBlast解析を行った。
病貝より得られた1,207,332リードをアセンブルしたところ、532,927配列に再構築された。アコヤガイ由来配列および健常貝と共通する配列を除去し、病貝に特徴的な76,542配列を得た。Blast解析の結果、病貝特異的な配列のうち34,098配列（44.5%）が既知の配列に相同性を示した。34,098配列のうち61%は真正細菌、23%は真核生物、13%は古細菌、3%はウイルスに相同性を示した。細菌類に相同性を示す配列は、真正細菌では186科、古細菌は18科に分類された。ウイルスに相同性を示す配列のうち、動物ウイルスに相同性のある配列は3.9%(38配列)であった。
現在、病貝に特徴的な76,542配列の各配列に対して5種類のプローブを設計し、DNAマイクロアレイを構築し、ハイブリダイゼーションによって病貝特異的な配列を選抜している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計画通りに次世代シーケンサーを用いたメタゲノム解析を終了し、DNAマイクロアレイを用いた病原体配列のスクリーニングを実施している。
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| Strategy for Future Research Activity |
DNAマイクロアレイを用いて様々な病貝および健常貝サンプル、あるいは飼育環境から抽出した核酸をハイブリダイゼーションし、病貝に特異的な配列を絞り込む。
絞り込まれた配列について、PCR法により真に病貝特異的な配列を特定し、赤変病の病原体を推定する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
本年度中にマイクロアレイに対する病貝および健常貝サンプルのハイブリダイゼーションを行い、病貝特異的な配列の選抜を完了する予定であったが、マイクロアレイの作製に予定外の時間を要し、ハイブリダイゼーションが終了しなかった。そのため、ハイブリダイゼーションに使用する試薬代として約20万円が残った。
次年度には、本年度に行えなかったサンプルのマイクロアレイを用いた解析を実施するため、ハイブリダイゼーションの試薬代として使用する。
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