造血器腫瘍におけるゲノム構造異常とキメラ転写産物の多様性の解明と臨床応用

2012 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24591407
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 滝 智彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50322053)
• Project Period (FY): 2012-04-01 – 2015-03-31
• Keywords: PVT1 / RN28S1 / キメラ遺伝子 / RNAシーケンス

Research Abstract

１．8q24異常を有する多発性骨髄腫の解析から、der(16)t(16;22)ins(16;8)(q23;q24)を有するRPMI8226細胞株において新規にPVT1-WWOXを同定した。PVT1-WWOXでは、以前に同定したPVT1-NBEAと同様に、PVT1のエクソン1がWWOXと融合していたが、WWOXの融合は9個のエクソンからなるWWOXのエクソン9で生じており、WWOXのほとんどの領域は欠失していた。キメラ遺伝子におけるPVT1の役割については今後さらに検討を進めていく。
２．t(6;14)(q25;q32)を有し、14q32の切断点がBCL11Bのごく近傍にあることが判明した小児のT細胞性急性リンパ性白血病症例を解析したところ、リボゾームRNAをコードするRN28S1遺伝子とBCL11Bの融合転写産物を同定した。この転写産物は、観察された転座以外の機序で形成されていると考えられた。さらにさまざまなタイプの造血器腫瘍細胞株24株を用いて検討したところ、IGK、COG1とRN28S1が融合する転写産物を同定した。RN28S1が関与するキメラ遺伝子としてはBCL6との融合が報告されているが、その腫瘍化における意義については検討されていない。同定されたキメラ遺伝子を形成するゲノム構造異常について、現在検討中である。
３．t(11;19)(q23;p13), t(8;16)(p11;p13)などの既知のキメラ遺伝子の存在が予想される染色体異常でありながら、従来のさまざまな方法によってキメラ転写産物を同定できなかった検体、11p15転座でのNUP98、11q23転座のMLLなど、既知の遺伝子の関与が予想されるのにもかかわらず、cDNAバブルPCR法などでのキメラ遺伝子の同定ができなかった合計16検体についてRNAシーケンスを行い、現在得られたデータを解析中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

8q24転座、8q24転座以外の解析で、いずれも新規のキメラ転写産物を同定できており、これらについては順調に研究が進展している。特に、8q24以外では、これまで認識されていない新しいタイプのキメラ転写産物が同定され、これについては今後予想以上の展開に発展する可能性があると思われる。一方、RNAシーケンスによる未知のキメラ転写産物の同定については、予想以上にデータ解析に苦労しているが、研究としては順調に進捗している。

Strategy for Future Research Activity

１．RNAシーケンスで得られたデータの解析を引き続き行い、新規のキメラ転写産物を同定する。
２．PVT1、RN28S1についても、引き続きその関連するゲノム構造異常、アイソフォームなどについて詳細に解析する。細胞株、臨床検体などを用いて、その頻度を検討し、臨床像との関係を検討する。
３．遺伝子導入やsiRNAによるノックダウン解析により、新規キメラ遺伝子の細胞の増殖能、分化能などについて検討する。
４．さまざまな造血器腫瘍における新規のキメラ転写産物の同定を引き続き行う。平成24年度と同様に、ゲノムアレイ、G分染法、FISH法、SKY法などで相手遺伝子候補が推定できる場合はRT-PCRで、相手遺伝子の同定が難しい場合はcDNAバブルPCR法を行い、それでも同定できない場合は次世代シーケンサーによるRNAシーケンス法を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

購入予定だった試薬の国内在庫がなく、24年度の購入に間に合わなかったため、11,006円の残額が生じた。25年度に消耗品費として使用する。

Research Products

• [Journal Article] Deletion or methylation of CDKN2A/2B and PVT1 rearrangement occur frequently in highly aggressive B-cell lymphomas harboring 8q24 abnormality. (2013)
  • Author(s): Tsutsumi Y, Chinen Y, Sakamoto N, Nagoshi H, Nishida K, K, Yokokawa Y, Taki T, Sasaki N, Yamamoto-Sugitani M, Kobayashi T, Matsumoto Y, Horiike S, Kuroda J, Taniwaki M
  • Journal Title: Leuk Lymphoma Volume: 未定 Pages: 未定
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] NUP98-NSD1 related gene expression signature is strongly associated with a poor prognosis in pediatric acute myeloid leukemia: a study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group Cooperative Study Group. (2013)
  • Author(s): Shiba N, Ichikawa H, Taki T, Park M, Jo A, Mitani S, Shimada A, Sotomatsu M, Arakawa H, Tabuchi K, Adachi S, Tawa A, Horibe K, Tsuchida M, Hanada R, Tsukimoto I, Hayashi Y
  • Journal Title: Genes Chromosomes Cancer Volume: 未定 Pages: 未定
  • DOI: 10.1002/gcc.22064
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High WT1 mRNA expression after induction chemotherapy and FLT3-ITD have prognostic impact in pediatric acute myeloid leukemia: A study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group. (2012)
  • Author(s): Shimada A, Taki T, Koga D, Tabuchi K, Tawa A, Hanada R, Tsuchida M, Horibe K, Tsukimoto I, Adachi S, Kojima S, Hayashi Y
  • Journal Title: Int J Hematol Volume: 96 Pages: 469-476
  • DOI: 10.1007/s12185-012-1163-1
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Frequent PVT1 rearrangement and novel chimeric genes PVT1-NBEA and PVT1-WWOX occur in multiple myeloma with 8q24 abnormality. (2012)
  • Author(s): Nagoshi H, Taki T, Hanamura I, Nitta M, Otsuki T, Nishida K, Okuda K, Sakamoto N, Kobayashi S, Yamamoto-Sugitani M, Tsutsumi Y, Kobayashi T, Matsumoto Y, Horiike S, Kuroda J, Taniwaki M
  • Journal Title: Cancer Res Volume: 72 Pages: 4954-4962
  • DOI: 1158/0008-5472.CAN-12-0213
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Clinical characteristics and outcome of refractory/relapsed myeloid leukemia in children with Down syndrome (2012)
  • Author(s): Taga T, Moriya Saito A, Kudo K, Tomizawa D, Terui K, Moritake H, Kinoshita A, Iwamoto S, Nakayama H, Takahashi H, Tawa A, Shimada A, Taki T, Kigawasa H, Koh K, Adachi S
  • Journal Title: Blood Volume: 120 Pages: 1810-1815
  • DOI: 10.1182/blood-2012-03-414755
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Identification of the Novel Chimeric Gene, PVT1-WWOX, in Multiple Myeloma with 8q24 Abnormality (2012)
  • Author(s): Nagoshi H, Taki T, Nishida K, Kuroda J, Chinen Y, Kobayashi S, Yokokawa Y, Yamamoto-Sugitani M, Kobayashi T, Matsumoto Y, Horiike S, Taniwaki M
  • Organizer: 54th Annual Meeting of the American Society of Hematology
  • Place of Presentation: Atlanta
  • Year and Date: 20121208-20121211
• [Presentation] 急性リンパ性白血病に対する維持療法中に発症したランゲルハンス組織球症におけるクローナリティの解析 (2012)
  • Author(s): 横川裕一, 滝 智彦, 秋山政晴, 山岡正慶, 横井健太郎, 湯坐有希, 谷脇雅史, 井田博幸
  • Organizer: 第54回日本小児血液・がん学会学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 20121130-20121202
• [Presentation] Novel chimeric gene of PVT1 with WWOX in multiple myeloma with 8q24 abnormality. (2012)
  • Author(s): Nagoshi H, Taki T, Nishida K, Sakamoto N, Kuroda J, Kobayashi S, Chinen Y, Yokokawa Y, Sugitani M, Kobayashi T, Matsumoto Y, Horiike S, Taniwaki M
  • Organizer: 第74回日本血液学会学術集会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 20121019-20121021
• [Presentation] Clonality in T-ALL and Langerhans cell histiocytosis cells by TCR rearrangement and NOTCH1 mutation (2012)
  • Author(s): Yokokawa Y, Taki T, Akiyama M, Kobayashi S, Nagoshi H, Chinen Y, Ida H, Taniwaki M
  • Organizer: 第74回日本血液学会学術集会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 20121019-20121021
• [Presentation] Identification of novel fusion genes with 28S ribosomal DNA in hematologic malignancies. (2012)
  • Author(s): Satoru Kobayashi, Tomohiko Taki, Hisao Nagoshi, Yoshiaki Chinen, Yuichi Yokokawa, Hirokazu Kanegane, Yosuke Matsumoto, Junya Kuroda, Shigeo Horiike, Kazuhiro Nishida, Masafumi Taniwaki
  • Organizer: 第74回日本血液学会学術集会
  • Place of Presentation: 京都
  • Year and Date: 20121019-20121021
• [Presentation] 急性リンパ性白血病に対する維持療法中に発症したランゲルハンス組織球症におけるクローナリティの解析 (2012)
  • Author(s): 横川裕一, 滝 智彦, 秋山政晴, 小林 覚，名越久朗，知念良顕, 井田博幸，谷脇雅史
  • Organizer: 第71回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 20120919-20120921
• [Presentation] 8q24異常をもつ多発性骨髄腫におけるPVT1とWWOXの新規融合遺伝子の同定 (2012)
  • Author(s): 名越久朗, 滝 智彦, 西田一弘, 坂元奈津美，小林 覚，知念良顕，横川裕一，杉谷未央，古林 勉, 松本洋典, 黒田純也，堀池重夫, 谷脇雅史
  • Organizer: 第71回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 20120919-20120921
• [Presentation] 造血器腫瘍における28SリボゾームDNAが関与する新しいタイプの融合遺伝子の同定 (2012)
  • Author(s): 小林 覚, 滝 智彦, 名越久朗，知念良顕, 横川裕一，金兼弘和，松本洋典, 黒田純也, 堀池重夫, 西田一弘, 谷脇雅史
  • Organizer: 第71回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 札幌
  • Year and Date: 20120919-20120921