2013 Fiscal Year Research-status Report
造血器腫瘍におけるゲノム構造異常とキメラ転写産物の多様性の解明と臨床応用
| Project/Area Number |
24591407
|
|---|
| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
|---|
Principal Investigator |
滝 智彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50322053)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川村 眞智子 公益財団法人東京都医学総合研究所, その他部局等, 研究員 (80450592)
|
|---|
| Keywords | RN28S1 / BCL11B / IGK / COG1 / RNAシーケンス / キメラ転写産物 |
|---|
| Research Abstract |
１．昨年度同定したRN28S1と融合する3種類のキメラ転写産物について解析を続けた。RN28S1は蛋白質に翻訳されず、そして3つの融合相手遺伝子における融合点は全てエクソン内であった。また、BCL11BとRN28S1の融合は正常の転写方向とは逆向きに起こっていた。したがって、このような形での融合を形成することにより、相手遺伝子の正常な機能が阻害されることが腫瘍化に関与している可能性が示唆できる。今回同定した3種類のRN28S1との融合遺伝子の機能は不明であるが、いずれも腫瘍発生への関与が推察できるいくつかの報告がある。また、RN28S1そのものも腫瘍発生に関与する報告があり、今回同定したキメラ転写産物が腫瘍発生に何らかの役割をしていることが示唆される。
２．未知のキメラ転写産物の同定のために16検体の混合サンプルを用いて行ったRNAシーケンスでは、当初の解析では目的のキメラ転写産物と思われるものは同定できなかった。100bpのペアエンドでのシーケンスで2億リードのシーケンスを読み、理論的には検体当たり1～2000万リードを読んでいる条件であったため、通常は十分に目的の産物が同定できると考えられる条件だった。その後再度別の複数のプログラムを用いて同様の解析を行ったが、やはり結果は同様だった。一方、同時に研究分担者が行ったRNAシーケンスでは、染色体転座に基づく新規のJAK2関連キメラ転写産物を同定することに成功したが、その配列は2億リードのシーケンス中きわめて少数であった。この結果を合わせて考えると、RNAシーケンスを成功させるのには、使用する検体の質、腫瘍の種類、形成されているキメラ転写産物の種類など、さまざまな要因が影響していると考えられ、今回の結果は今後のために最適条件を検討するための重要な示唆を与えてくれるものと思われた。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今回同定したRN28S1に関連するキメラ転写産物の構造は、注意深く調べれば調べるほど、通常の染色体転座によって形成されるキメラ転写産物とは異なっていた。このような予期せず同定された新しいタイプのキメラ転写産物を用いて、腫瘍発生のより詳しいメカニズムを明らかにするのが本研究の目的であり、それらに関する研究の進捗は概ね順調である。一方、RNAシーケンスによる未知のキメラ転写産物の同定には非常に苦労している。しかし、この新しい技術を今後効率よく利用していくためには、このような経験が重要であり、単にリード数を多く読むというだけではなく、この方法の問題点を解決するきっかけを作ることができたということを考えると、研究全体としてはこれも含めて順調に進行しているといえる。
|
| Strategy for Future Research Activity |
別のRNAシーケンスによる解析を現在検討しているが、これまでの検討で通常推奨されている2000万リードのシーケンスでは必ずしも十分ではないことがわかった。それはキメラ転写産物の種類による発現量の違い、疾患や想定されるキメラ遺伝子の種類、RNAの質などにより、どのような条件でシーケンスを行うのが効率的かを十分検討する必要がある。できるだけたくさんのリードを読む条件で行うのが理想的ではあるが、シーケンスに掛かるランニングコストを考えるとそのようにするわけにもいかない。これまで得たデータをより詳細に検討していくことにより、より効率良く目的のキメラ転写産物を同定できる方法を検討していきたい。また、現在のRNAシーケンスの方法では、RN28S1のようなリボソームRNAは除去されてしまうため、このようなキメラ転写産物を効率よく同定する方法も検討していく。
|
-
[Journal Article] Identification of novel fusion genes with 28S ribosomal DNA in hematologic malignancies.2014
Author(s)
Kobayashi S, Taki T, Nagoshi H, Chinen Y, Yokokawa Y, Kanegane H, Matsumoto Y, Kuroda J, Horiike S, Nishida K, Taniwaki M.
-
Journal Title
Int J Oncol
Volume: 44
Pages: 1193-1198
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] The leucine twenty homeobox (LEUTX) gene, which lacks a histone acetyltransferase domain, is fused to KAT6A in therapy-related AML with t(8;19)(p11;q13).2014
Author(s)
Chinen Y, Taki T, Tsutsumi Y, Kobayashi S, Matsumoto Y, Sakamoto N, Kuroda J, Horiike S, Nishida K, Ohno H, Uike N, Taniwaki M.
-
Journal Title
Genes Chromosomes Cancer
Volume: 53
Pages: 299-308
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] WT1 mutation in pediatric patients with acute myeloid leukemia: A study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group.2013
Author(s)
Sano H, Shimada A, Tabuchi K, Taki T, Murata C, Park M, Sotomatsu Tawa A, Kobayashi R, Horibe K, Tsuchida M, Hanada R, Tsukimoto I, Hayashi Y.
-
Journal Title
Int J Hematol
Volume: 98
Pages: 437-445
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] CD56 expression is an independent prognostic factor for relapse in acute myeloid leukemia with t(8;21).2013
Author(s)
Iriyama N, Hatta Y, Takeuchi J, Ogawa Y, Ohtake S, Sakura T, Mitani K, Ishida F, Takahashi M, Maeda T, Izumi T, Sakamaki H, Miyawaki S, Honda S, Miyazaki Y, Taki T, Taniwaki M, Naoe T.
-
Journal Title
Leuk Res
Volume: 37
Pages: 1021-1026
DOI
Peer Reviewed
-
[Presentation] Successful treatment of congenital AML with t(8;16)(p11;p13) by minimal chemotherapy.2013
Author(s)
Kagehiro Kozuki, Itaru Kato, Tomoo Daifu, Katsutsugu Umeda, Hidefumi Hiramatsu, Ken-Ichiro Watanabe, Ichiro Kamiy, Tomohiko Taki, Tatsutoshi Nakahata, Toshio Heike, Souichi Adachi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
[Presentation] A diversity of cases in AML with promyelocytic differentiation: A report from JPLSG.2013
Author(s)
Hiroyuki Takahashi, Hiromichi Matsushita, Akitoshi Kinoshita, Tomohiko Taki, Takao Deguchi, Nobutaka Kiyokawa, Yoshiko Hashii, Yasuhide Hayashi, Daisuke Tomizawa, Takashi Taga, Akio Tawa, Soichi Adachi, Miharu Yabe, Hayao Miyachi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
[Presentation] Chemotherapy prior to HSCT is beneficial for pediatric TAEB/RAEB-T.2013
Author(s)
Akira Shimada, Akitoshi Kinoshita, Atsushi Manabe, Miharu Yabe, Hayato Miyachi, Hiromichi Matsushita, Tomohiko Taki, Masami Inoue, Daisuke Hasegawa, Asahito Hama, Masafumi Ito, Akio Tawa, Seiji Kojima, Souichi Adachi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
[Presentation] Clonal heterogeneity and evolution of acute myeloid leukemia during disease progression.2013
Author(s)
Rika Kihara, Hideaki Hoshino, Kotaro Suzuki, Fangli Chen, Takahiro Kato, Syuichi Miyawaki, Norio Asou, Tomohiko Taki, Masafumi Taniwaki, Tomoki Naoe, Hitoshi Kiyoi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
[Presentation] NUP98-NSD1 gene fusion is a strong poor prognostic factor in pediatric AML.2013
Author(s)
Yusuke Hara, Norio Shiba, Hitoshi Ichikawa, Tomohiko Taki, Akira Shimada, Kauko Kudo, Daisuke Tomizawa, Takashi Taga, Souichi Adachi, Hirokazu Arakawa, Akio Tawa, Yasuhide Hayashi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
[Presentation] Double investigation of the clinical significance of CEBPA mutation in child AML: The JPLSG AML-05 study.2013
Author(s)
Hidemasa Matsuo, Mio Kajihara, Daisuke Tomizawa, Tomoyuki Watanabe, Akiko Moriya Saito, Junichiro Fujimoto, Keizo Horibe, Mayu Tokumasu, Hiroshi Itoh, Hideki Nakayama, Akitoshi Kinoshita, Takashi Taga, Akio Tawa, Tomohiko Taki, Souichi Adachi.
Organizer
第75回日本血液学会学術集会
Place of Presentation
札幌
Year and Date
20131011-20131013
-
