2014 Fiscal Year Annual Research Report
歯周病細菌性因子の解明を目指したプラーク由来臨床株の分離とそのゲノム解析
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24593135
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| Research Institution | Aichi Gakuin University |
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Principal Investigator |
林 潤一郎 愛知学院大学, 歯学部, 講師 (30350937)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
石原 裕一 松本歯科大学, 歯学部, 教授 (50261011)
亀井 英彦 愛知学院大学, 歯学部, 講師 (50421243)
森田 英利 麻布大学, 獣医学部, 教授 (70257294)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 歯周病 / プラーク細菌叢 / 16SrRNA解析 / ゲノム解析 / う蝕細菌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、デンタルプラーク細菌叢から新菌種の臨床株を分離し、ゲノム解析を行うことで、口腔細菌のリファレンス情報の充実を図った。あわせて、既知菌種についてもいくつかの臨床分離株のゲノム解析を実施し、口腔細菌叢と歯周病との関連性を考える上での基盤とした。
平成25年度までに、新菌種候補株として17株を分離し、それらのうち特に相同性が低い3株についてはより正確な16S遺伝子の塩基配列を決定した。2株はStreptococcus属、1株はVeillonela属の近縁種と推定された。
平成26年度はこの3株について全ゲノムの塩基配列の決定を行い、ドラフト配列を得た。また、既知のう蝕病巣由来の細菌株Bifidobacterium dentium JCM1995株、Parascardovia denticolens JCM12538株、Scardovia inopinata JCM12537株について全ゲノム解析を平行して実施した。これらの3株はかつてBifidobacterium属に分類されていた近縁種である。ゲノム配列の決定は、ショットガン方式によるサンガー法にて行った。
B. dentium JCM1995株のゲノムはプラスミドを含まない2635669bpの染色体DNAのみで構成され、2141のタンパクをコードする予測遺伝子が認められた。P. denticolens JCM12538株、S. inopinata JCM12537株のゲノムも同様にプラスミドを含まず、それぞれの染色体DNAは、長さが1890857bp、1797862bpで、他のBifidobacterium属の菌種よりも1.9から2.8Mbp短かった。これらの配列情報は、DDBJ/GenBank/EMBLの公的データベースに登録した。（accession no. AP012326、AP012333、AP012334）
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[Presentation] T-RFLP法による咽頭領域の細菌叢解析と口臭との関連2014
Author(s)
岩村侑樹, 福田光男, 三谷章雄, 林潤一郎, 佐藤聡太, 高橋伸行, 藤村岳樹, 岡田康佑, 村上多惠子, 佐藤孝至, 嶋﨑義浩, 野口俊英
Organizer
第57回春季日本歯周病学会
Place of Presentation
岐阜市
Year and Date
2014-05-23 – 2014-05-24
