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2014 Fiscal Year Annual Research Report

新しいtRNA様低分子RNAの機能解析

Research Project

Project/Area Number 24657114
Research InstitutionHirosaki University

Principal Investigator

武藤 あきら  弘前大学, 農学生命科学部, 研究員 (80034635)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 牛田 千里  弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50250593)
姫野 俵太  弘前大学, 農学生命科学部, 教授 (80208785)
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
KeywordstRNA / mRNA / 低分子RNA / 大腸菌
Outline of Annual Research Achievements

本研究はすべての大腸菌ゲノムに高度に保存されているtRNA様配列の発見をもとに、その遺伝子と産物の機能を明らかにすることを目的とした。当初、この配列は新しい低分子RNAであることを想定したが、解析の結果予想に反して、この配列は短い塩基性ペプチドをコードするmRNAの一部であることが判明した。その根拠は:(1)ノーザン解析の結果転写産物は約200塩基長であり、代謝回転が早いこと。(2)その5’ー端はtRNA様配列の約100塩基対上流のプロモーター配列のすぐ下流のATGから始まり、(3)そのATGが翻訳の開始点でもあることの証明、等から大腸菌にはめずらしいleaderless-mRNAであることが明らかになった。tRNA様配列をコード領域に丸ごと含むmRNAは細菌では初めての発見である。
本年度はこのmRNAがコードするペプチド産物(TxpA)の機能とtRNA様構造の意味を明きらかにするため、この遺伝子の欠損株を作成し、野生株と種々の培養条件下で増殖を比較したところ、タンパク合成を阻害する抗生物質に対する感受性の違いが見つかった。特に欠損株では30SリボソームのA-siteに作用する抗生物質(カナマイシン、ストレプトマイシン、スペクチノマイシン等)に特異的に感受性の増加が見られる(低濃度で増殖が阻害される)。この事実はTxpAが30SリボソームA-siteを標的とする何らかの機能を持つことを示唆する。TxpAの発現量はリボソーム量と比較して遥かに低いので,リボソーム成分の一つとは考えられず、何らかのcataliticな働きを持つと予想され、現在、synthetic-lethal変異株を単離して、より詳しい機能を解析中である。

  • Research Products

    (8 results)

All 2015 2014

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Structural insights into the assembly of the 30S ribosomal subunit in vivo: functional role of S5 and location of the 17S rRNA precursor sequence.2014

    • Author(s)
      Yang, Z., Guo, Q., Goto, S., Chen, Y., Li, N., Yan, K., Zhang, Y., Muto, A., Deng, H., Himeno, H., Lei, J. & Gao, N.:
    • Journal Title

      Protein Cell

      Volume: 5 Pages: 394-407

    • DOI

      10.1007/s13238-014-0044-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] tmRNA-mediated trans-translation as the major ribosome rescue system in a bacterial cell.2014

    • Author(s)
      Himeno, H., Kurita, D. & Muto, A.
    • Journal Title

      Frontiers Genet.

      Volume: 5 Pages: 66-74

    • DOI

      10.3389/fgene.2014.00066

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Rejection of tmRNA• SmpB after GTP hydrolysis by EF-Tu on ribosomes stalled on intact mRNA.2014

    • Author(s)
      Kurita, D., Miller, M., Muto, A., Buskirk, A. & Himeno, H.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 20 Pages: 1706-1714

    • DOI

      10.1261/rna.045773.114. Epub 2014 Sep 22.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] ArfA recognizes the lack of mRNA in the mRNA channel after RF2 binding for ribosome rescue.2014

    • Author(s)
      Kurita, D., Chadani, Y., Muto, A., Abo, T. & Himeno, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 42 Pages: 13339-13352

    • DOI

      10.1093/nar/gku1069. Epub 2014 Oct 29

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ribosome rescue systems in bacteria. Biochimie2014

    • Author(s)
      Himeno, H., Nameki, N., Kurita, D., Muto, A. & Abo T.
    • Journal Title

      Biochimie

      Volume: pii: S0300-9084(14) Pages: 00355-1

    • DOI

      10.1016/j.biochi.2014.11.014. [Epub ahead of print]

  • [Presentation] ArfAとRF2による翻訳停滞リボソームの解消機構の解明2015

    • Author(s)
      栗田大輔、武藤昱、阿保達彦、姫野俵太
    • Organizer
      第3回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      宮崎市
    • Year and Date
      2015-03-17 – 2015-03-18
  • [Presentation] 大腸菌における翻訳不完全性がもたらす塩耐性獲得機構の解明2014

    • Author(s)
      伊藤汐音、樽澤武房、後藤史門、武藤あきら、姫野俵太
    • Organizer
      第11回21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      盛岡市
    • Year and Date
      2014-06-05 – 2014-06-06
  • [Presentation] 大腸菌30S サブユニットの生合成後期に関与する一連の因子について2014

    • Author(s)
      後藤史門、武藤昱、姫野俵太
    • Organizer
      第11回21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      盛岡市
    • Year and Date
      2014-06-05 – 2014-06-06

URL: 

Published: 2016-06-01  

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