• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2014 Fiscal Year Annual Research Report

水酸化アミノ酸をトレーサーとするペプチド生合成遺伝子資源の新規開拓

Research Project

Project/Area Number 24688010
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

日比 慎  京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 助教 (30432347)

Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Keywordsペプチド生合成 / α-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼ / 非リボソームペプチド合成酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究ではアミノ酸水酸化酵素の一種であるα-ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼ(DO)を新規に取得し、その触媒機能性および遺伝子構造情報を利用することで、新規ペプチド分子種の探索と効率的な生合成手法の開発を実施した。
Burkholderia ambifaria AMMD株由来のSadAはN-スクシニル-L-ロイシンの3位水酸化酵素であり、本菌において非リボソームペプチド合成酵素(NRPS)様クラスター構造の一部を形成している。今年度は本ペプチドの生合成経路の解明を目指した。まず安定同位体(U-13C6)標識N-スクシニル-L-ロイシンをSadA酵素触媒による水酸化反応に供し、U-13C6-N-スクシニル-L-threo-3-ヒドロキシロイシンを光学純度よく、著量生成できた。本生成物をB. ambifaria AMMD株の培養液中に投入し、培養液を酢酸エチルで抽出した後に溶媒を除去し、重水に溶解して13C-NMR解析に供した。その結果、代謝変換物と考えられる新規なピークの出現が確認できた。現在までに代謝変換物の構造決定までには至っていないが、培養条件の検討や抽出法の改善などにより代謝変換物の同定が可能であると考えられる。
さらに本年度までに実施したスクリーニングの結果、環状アミノ酸の水酸化反応を強く触媒するDO類を見いだした。この内Fusarium oxysporum c8D株由来のDOであるPip4H1に関して詳細な酵素機能解析を進めた。Pip4H1はL-プロリン、L-ピペコリン酸、L-ロイシンに作用して4位水酸化産物を生成する事が分かった。Pip4H1を酵素触媒として利用したL-ピペコリン酸の水酸化反応試験では、トランス4位水酸化L-ピペコリン酸を10 g/L、99%以上の光学純度で生成することに成功した。このようにPip4H1は上記SadAと同様に様々な同位体標識水酸化アミノ酸の生産への応用が可能である。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2015 2014

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Multi-Enzymatic Synthesis of Optically Pure β-Hydroxy α-Amino Acids2015

    • Author(s)
      M. Hibi, T. Kasahara, T. Kawashima, H. Yajima, S. Kozono, S.V. Smirnov, T. Kodera, M. Sugiyama, S. Shimizu, K. Yokozeki, J. Ogawa
    • Journal Title

      Adv. Synth. Catal.

      Volume: 357 Pages: 767-774

    • DOI

      10.1002/adsc.201400672

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Trehalose accumulation enhances tolerance of Saccharomyces cerevisiae to acetic acid2015

    • Author(s)
      Y. Yoshiyama, K. Tanaka, K. Yoshiyama, M. Hibi, J. Ogawa, J. Shima
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng.

      Volume: 119 Pages: 172-175

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2014.06.021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characteristics and biotechnology applications of aliphatic amino acid hydroxylases belonging to the Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent dioxygenase superfamily2014

    • Author(s)
      M. Hibi, J. Ogawa
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      Volume: 98 Pages: 3869-3876

    • DOI

      10.1007/s00253-014-5620-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of a novel l-amino acid oxidase with protein oxidizing activity from Penicillium steckii AIU 0272014

    • Author(s)
      K. Isobe, R. Taira, Y. Hoshi, S. Matsuda, M. Yamada, M. Hibi, S. Kishino, J. Ogawa
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng.

      Volume: 117 Pages: 690-695

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.11.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Production of a pharmaceutical intermediate via biohydroxylation using whole cells of Rhodococcus rubropertinctus N822014

    • Author(s)
      T. Kimura, C. Ishikawa, A. O. Lozada, K. T. Robins, M. Hibi, J. Ogawa
    • Journal Title

      Biosci. Biotechnol. Biochem.

      Volume: 78 Pages: 1772-1776

    • DOI

      10.1080/09168451.2014.925781

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Case for an Early Biological Origin of DNA2014

    • Author(s)
      A.M. Poole, N. Horinouchi, R.J. Catchpole, D. Si, M. Hibi, K. Tanaka, J. Ogawa
    • Journal Title

      J. Mol. Evol.

      Volume: 79 Pages: 204-212

    • DOI

      10.1007/s00239-014-9656-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural optimization of SadA, an Fe(II)- and α-ketoglutarate-dependent dioxygenase targeting biocatalytic synthesis of N-succinyl-l-threo-3,4-dimethoxyphenylserine2014

    • Author(s)
      H.M. Qin, T. Miyakawa, A. Nakamura, M. Hibi, J, Ogawa, M. Tanokura
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      Volume: 450 Pages: 1458-1461

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2014.07.008

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Rhodococcus rubropertinctusを用いた水酸化反応による医薬中間体の合成2015

    • Author(s)
      石川 千弘, 宗石 和久, 木村 隆利, 日比 慎, 高橋 里美, 小川 順
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] trans-4-ヒドロキシ-L-ピペコリン酸生産プロセスの開発2015

    • Author(s)
      福田 大, 日比 慎, 森 亮輔, 三宅 良磨, 川端 潤, 高橋 里美, 小川 順
    • Organizer
      日本農芸化学会2015年度大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] Cyclic amino acid hydroxylases found in filamentous fungi2014

    • Author(s)
      M. Hibi, R. Mori, R. Miyake, H. Kawabata, S. Takahashi, J. Ogawa
    • Organizer
      Active Enzyme Molecule 2014
    • Place of Presentation
      富山国際会議場
    • Year and Date
      2014-12-17 – 2014-12-19
  • [Presentation] 糸状菌に由来する新規環状アミノ酸水酸化酵素群の機能解析2014

    • Author(s)
      日比 慎, 森 亮輔, 福田 大, 三宅 良磨, 川端 潤, 高橋 里美, 小川 順
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11

URL: 

Published: 2016-06-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi