2012 Fiscal Year Annual Research Report
ターゲットリシークエンスを利用した統合失調症感受性遺伝子の同定
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24689046
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| Research Institution | Fujita Health University |
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Principal Investigator |
池田 匡志 藤田保健衛生大学, 医学部, 講師 (60424933)
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| Project Period (FY) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| Keywords | ゲノム / 脳神経疾患 |
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| Research Abstract |
統合失調症のリスクとなりうる遺伝要因は、頻度の高い遺伝子多型のみでは説明できないことが判明し、現在では「稀かつ効果の大きい」変異による疾患への関与を想定する仮説が提唱されている。
本研究では、候補領域を300遺伝子(～1Mb)以下に絞り込み、ターゲットリシークエンスを行うことで、この仮説の検証を行う。特に、過去の知見を基に、1)MRや自閉症とのpleiotrophyを考慮したCNV領域、2)de novo CNVを多く含むパスウェイ、3)統合失調症全ゲノムSNP研究のmega解析、の遺伝子群を重視する。また、統合失調症の表現型にも留意し、特に若年発症型(Early Onset of Schizophrenia:EOS)が、この仮説と合致するかを検討することで、新たな診断体系構築を目指すことを目的とする。
本年度は、ターゲットとなりうる領域を259遺伝子に絞込み(3067領域、約900kb)、そのエクソン領域のカスタム濃縮の実験を開始した。この1年間で、自閉症ゲノム解析が進展したことを鑑み、自閉症のリスクとしてほぼ確実なCNV領域を特に重要視する遺伝子選択となった。例えばIq21 deletion、22q11 deletionなど16領域(193遺伝子)と、既知の領域の遺伝子はほぼカバーするデザインとなった。その他の領域は約60遺伝子(NOTCH4など)とした。
平成24年度は、ターゲットリシークエンスを実施する機器(Illumina Miseq)が、より多くのスループットを達成するためのバージョンアップが早期に行われる予定であったが、Illuminaのリリースが遅れたため(終了は平成24年2月)、変異検索が遅延している。現在までにすべての結果は出揃っていないが、パイロットで行ったNOTCH4の変異検索では、統合失調症患者が多くの変異を持つ傾向にあることが示され、本仮説を支持する所見を得ている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
1)ターゲットリシークエンスを実施する機器(Illumina Miseq)のversion upの遅れ:より多くのスループットを達成するためのversion upが早期に行われる予定であったが、リリースが遅れた(終了は平成24年2月)。2)候補領域を濃縮するキットの納入の遅れ:年度前半で最新の候補遺伝子を調べ、11月末に発注したが、Illumina社の製造工程の問題により、納入が2月22日となった。上記より変異検索が遅延している。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、鋭意変異検索を遂行しており、5-6月頃に終了させる予定である。その後、関連解析を行い、発症年齢で階層化した解析などを随時行なっていく。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
ターゲットリシークエンスを実施する機器(Illumina Miseq)のversion upの遅れや候補領域を濃縮するキット納入の遅れのため、直接経費に残額が発生した。従って、ターゲットリシークエンスの実験そのものがやや遅延しているため、その完了を急ぐとともに、同定された変異に関する独立サンプルを用いた関連解析を実施する。
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[Journal Article] Evidence for shared genetic risk between methamphetamine-induced psychosis and schizophrenia2013
Author(s)
Ikeda M, Okahisa Y, Aleksic B, Won M, Kondo N, Naruse N, Aoyama-Uehara K, Sora I, Iyo M, Hashimoto R, Kawamura Y, Nishida N, Miyagawa T, Takeda M, Sasaki T, Tokunaga K, Ozaki N, Ujike H and Iwata N
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Journal Title
Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology
Volume: 38(10)
Pages: 1864-70
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Genetic evidence for association between NOTCH4 and schizophrenia supported by a GWAS follow-up study in a Japanese population2013
Author(s)
Ikeda M, Aleksic B, Yamada K, Iwayama-Shigeno Y, Matsuo K, Numata S, Watanabe Y, Ohnuma T, Kaneko T, Fukuo Y, Okochi T, Toyota T, Hattori E, Shimodera S, Itakura M, Nunokawa A, Shibata N, Tanaka H, Yoneda H, Arai H, Someya T, Ohmori T, Yoshikawa T, Ozaki N and Iwata N
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Journal Title
Molecular psychiatry
Volume: 18(6)
Pages: 636-8
DOI
Peer Reviewed
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