• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2014 Fiscal Year Annual Research Report

物理化学的アプローチを基盤とした低分子リガンドの探索と設計

Research Project

Project/Area Number 25249115
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津本 浩平  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90271866)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長門石 曉  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (30550248)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords生物・生体工学 / 蛋白質 / 分子認識 / 低分子スクリーニング / 物理化学
Outline of Annual Research Achievements

本年度では、東京大学創薬オープンイノベーションセンター(現 創薬機構DDI)から供与をうけた約2000化合物のフラグメントライブラリーを用いて、SPR装置を利用して、前年度から本年度にかけて改良されたヒットスクリーニング実行し、ヒット候補化合物の選抜に成功した。得られた化合物群について、SPRやITCによる精密な物理化学的相互作用解析を行い、ヒットバリデーションを実施した。その結果、μMオーダーの結合親和性を有する化合物を得ることに成功した。得られた化合物を基に、その類似構造探索を行い、より結合親和の高い化合物の探索を行った。さらに、標的蛋白質に対する活性阻害を有するかどうかを評価し、阻害効果をもつことが明らかとなった。以上のアプローチより、ヒット化合物の取得に成功した。
得られたヒット化合物は、ITC測定の結果、エンタルピー駆動型の発熱反応を示した。これは、低分子化合物と標的蛋白質間において、水素結合などの非共有結合を形成していること示唆している。本アプローチにより、物理化学的探索から、標的蛋白質に対して特異性を有していると考えられる低分子化合物を取得することができることが立証された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ヒットスクリーニングにより挙がってきたヒット候補化合物に対し、ITCによるヒットバリデーションを遂行し、エンタルピー駆動の有用なヒット化合物を選別できた。得られた化合物は、DSCによる熱安定性評価においても、蛋白質の安定性に影響を及ぼすような熱力学的パラメータ変化を示すことを明らかとなった。

Strategy for Future Research Activity

得られたヒット化合物に対して、標的蛋白質との共結晶構造解析を実施する。得られた構造情報を基に、親和性が向上する化合物の分子設計を熱力学的手法によって試みる。これらの知見から、構造活性相関SARを実施し、より高い結合親和性を示す低分子化合物を、物理化学的議論によって効率的に取得することができるかどうか、を検証する。

  • Research Products

    (24 results)

All 2015 2014

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (17 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for self-assembly of a cytolytic pore lined by protein and lipid.2015

    • Author(s)
      Tanaka K, Caaveiro JM, Morante K, González-Mañas JM, Tsumoto K.
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 6 Pages: 6337

    • DOI

      10.1038/ncomms7337

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamic and Structural Characterization of the Specific Binding of Zn(II) to Human Protein DJ-1.2014

    • Author(s)
      Tashiro S, Caaveiro JM, Wu CX, Hoang QQ, Tsumoto K.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 2218-2220

    • DOI

      10.1021/bi500294h

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The staphylococcal elastin-binding protein regulates zinc-dependent growth/biofilm formation.2014

    • Author(s)
      Nakakido M, Aikawa C, Nakagawa I, Tsumoto K.
    • Journal Title

      J Biochem.

      Volume: 156 Pages: 155-162

    • DOI

      10.1093/jb/mvu027

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Peptide-dependent conformational fluctuation determines the stability of the human leukocyte antigen class I complex.2014

    • Author(s)
      Yanaka S, Ueno T, Shi Y, Qi J, Gao GF, Tsumoto K, Sugase K.
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 289 Pages: 24680-24690

    • DOI

      10.1074/jbc.M114.566174

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Grafting synthetic transmembrane units to the engineered low-toxicity α-hemolysin to restore its hemolytic activity.2014

    • Author(s)
      Ui M, Harima K, Takei T, Tsumoto K, Tabata KV, Noji H, Endo S, Akiyama K, Muraoka T, Kinbara K
    • Journal Title

      Mol Biosyst.

      Volume: 10 Pages: 3199-3206

    • DOI

      10.1039/c4mb00405a

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reversible ion transportation switch by a ligand-gated synthetic supramolecular ion channel.2014

    • Author(s)
      Muraoka T, Endo T, Tabata KV, Noji H, Nagatoishi S, Tsumoto K, Li R, Kinbara K.
    • Journal Title

      J Am Chem Soc.

      Volume: 136 Pages: 15584-15595

    • DOI

      10.1021/ja5070312

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Staphylococcus aureus莢膜合成酵素CapFと低分子化合物の物理化学的な相互作用解析2014

    • Author(s)
      長門石曉、中納 広一郎、宮房 孝光、Caaveiro Jose、津本 浩平
    • Organizer
      第42回構造活性相関シンポジウム
    • Place of Presentation
      くまもと森都心プラザ(熊本県熊本市)
    • Year and Date
      2014-11-13 – 2014-11-14
  • [Presentation] 毒素FraCが形成する蛋白質と脂質からなる膜孔構造2014

    • Author(s)
      田中耕路、Jose M.M. Caaveiro、Koldo Morante、Juan Manuel Gonzalez-Manas、津本浩平
    • Organizer
      日本結晶学会平成26年度年会
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都文京区)
    • Year and Date
      2014-11-01 – 2014-11-03
  • [Presentation] 物理化学的手法を用いたパーキンソン病関連蛋白質DJ-1と亜鉛間の結合解析2014

    • Author(s)
      田代晋也、 カアベイロ ホセ、Wu Chun-Xiang、Hoang Quyen、津本 浩平
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-01 – 2014-11-03
  • [Presentation] 膜孔形成蛋白質FraCの構造変化機構の解析:可溶性構造から膜貫通構造までの変遷2014

    • Author(s)
      Koji Tanaka、Jose Caaveiro, Kouhei Tsumoto
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会(BSJ2014)
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] 多機能性タンパク質PHB2のフォールディング状態に対する疎水環境の影響2014

    • Author(s)
      Takeru Chigira、Satoru Nagatoishi, Toyomasa Katagiri, Kouhei Tsumoto
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会(BSJ2014)
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来の莢膜合成酵素CapFに結合する低分子化合物の解析2014

    • Author(s)
      長門石曉、中納 広一郎、宮房 孝光、Caaveiro Jose、津本 浩平
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [Presentation] 還元環境に応答して重合する蛋白質Protein shackleの開発2014

    • Author(s)
      松長遼、長門石曉、津本浩平
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [Presentation] 骨石灰化機構に関するプロテオグリカンOsteomodulinの物性解析2014

    • Author(s)
      田島卓実、長門石曉、Caaveiro Jose、工藤翔太、中木戸誠、大沼信一、津本浩平
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [Presentation] 化膿レンサ球菌由来Shr、Shpによるヘム輸送機構の物理化学的解析2014

    • Author(s)
      星野将人、Caaveiro Jose、長門石曉、中川一路、津本 浩平
    • Organizer
      第8回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県岡山市)
    • Year and Date
      2014-09-11 – 2014-09-13
  • [Presentation] Structural Snapshots of the α-helical Pore-forming Toxin FraC Reveal The Molecular Basis Of Its Activation In Membranes.2014

    • Author(s)
      Koji Tanaka, Jose Caaveiro, Kouhei Tsumoto
    • Organizer
      The 28th annual symposium of The Protein Society
    • Place of Presentation
      Manchester Grand Hyatt(アメリカ合衆国/カリフォルニア州)
    • Year and Date
      2014-07-27 – 2014-07-30
  • [Presentation] Molecular basis of heme capture by Isd system of Staphylococcus aureus2014

    • Author(s)
      Jose Caaveiro, N. Vu, K. Morante, Y.Moriwaki, R. Abe, K. Tsumoto
    • Organizer
      The 28th annual symposium of The Protein Society
    • Place of Presentation
      Manchester Grand Hyatt(アメリカ合衆国/カリフォルニア州)
    • Year and Date
      2014-07-27 – 2014-07-30
  • [Presentation] Thermodynamic and structural characterization of the binding of Zn(II) and other molecules to human protein DJ-12014

    • Author(s)
      田代晋也、Caaveiro Jose、Chun-Xiang Wu、Quyen Hoang、津本浩平
    • Organizer
      The 28th annual symposium of The Protein Society
    • Place of Presentation
      Manchester Grand Hyatt(アメリカ合衆国/カリフォルニア州)
    • Year and Date
      2014-07-27 – 2014-07-30
  • [Presentation] パーキンソン病関連蛋白質DJ-1 の金属結合特異性に関する物理化学的解析2014

    • Author(s)
      田代晋也、Caaveiro Jose、Chun-Xiang Wu、Quyen Hoang、津本浩平
    • Organizer
      第12回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム
    • Place of Presentation
      箱根高原ホテル(神奈川県足柄下郡)
    • Year and Date
      2014-07-14 – 2014-07-15
  • [Presentation] 特異的分子認識により重合する蛋白質の設計とその応用2014

    • Author(s)
      松長遼、長門石曉、津本浩平
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [Presentation] 乳癌関連蛋白質BIG3とPHB2の物性解析2014

    • Author(s)
      千吉良岳、長門石曉、片桐豊雅、津本浩平
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [Presentation] 機能制御を目指した疾患関連蛋白質Mint3の物性解析2014

    • Author(s)
      中山佳昭、田代晋也、長門石曉、坂本毅治、清木元治、津本浩平
    • Organizer
      第14回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      ワークピア横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-06-25 – 2014-06-27
  • [Presentation] Thermodynamic tools in the early stages of Drug Discovery2014

    • Author(s)
      Jose Caaveiro, A. Kobe, S. Tashiro, D. Kajihara, M. Kikkawa T. Mitani, K. Tsumoto
    • Organizer
      4th Asia-Pacific Protein Association
    • Place of Presentation
      ICC Jeju(韓国/済州島)
    • Year and Date
      2014-05-17 – 2014-05-20
  • [Book] 実験医学 研究成果を薬につなげるアカデミア創薬の戦略と実例:化合物の“質”を評価する新しいスクリーニング系2014

    • Author(s)
      長門石曉、津本浩平
    • Total Pages
      220
    • Publisher
      羊土社

URL: 

Published: 2016-06-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi