2016 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノム情報・生理的多型性・行動からみた光環境における遺伝的及び可塑的適応性の評価
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25251046
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
安河内 朗 九州大学, 芸術工学研究院, 教授 (20136568)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
樋口 重和 九州大学, 芸術工学研究院, 教授 (00292376)
太田 博樹 北里大学, 医学部, 准教授 (40401228)
工藤 奨 九州大学, 工学研究院, 教授 (70306926)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 生理的多型性 / 環境適応 / 光環境 / メラトニン分泌 / 時計遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
28年度は、特に遺伝的要因と夜のメラトニン（ML）分泌量との関係に注目するために被験者を追加し、併せて3年間の全被験者の DNAを用いてゲノムワイド関連解析（GWAS）をした。その結果、光曝露直後のML分泌量と LIPIN1遺伝子座に位置するSNP（rs10180912）が有意な関連を示した。
【方法】夜の光曝露をおこなった第一群（n=41）と、朝と夜の光曝露をおこなった第二群（n=27）から唾液を採取しDNA抽出をおこなった。このうちデータが比較的クリアな40個体について、ジャポニカアレイによる65万個 のSNPタイピングをし、さらにimputationを行って 243万個の SNP情報を得た。このうちマイナーアレル頻度が30%以上の168万SNPをもちいて25項目の表現型（生理データ）のGWASをおこなった。
【結果】GWASの結果5つの表現型で有意な関連（p < 10-6）が示された。このうち第一群のML分泌量だけが、国際データベース等でannotationされている遺伝子座に位置する SNPと有意な関連が示された表現型であった。関連が示された4つの SNPは脂質代謝に関連するLPIN1遺伝子座に含まれていた。個体ごとの生理データに立ち返ると、派生型アレルをホモで持つ個体では光曝露後のML分泌量が多いという結果が得られた。
4 SNP中一つの rs10180912 (G/ A)のみ PCR直接塩基配列決定を行い、ジャポニカアレイによるタイピングをおこなっていない個体についてSNP情報を得た。これらとジャポニカアレイのSNP情報と併せて合計33検体について、第一群の光曝露後のML分泌量との関連解析をした結果、rs10180912(G/A)が AAの個体は GG/AGと比べ, 有意に光曝露後のML分泌量が多かった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
（理由）本研究は実験前に各被験者の概日リズムを安定させるために１週間の調整期間が必要であり、本実験も1回の実験に3泊4日を要することから多くの被験者を実施することが困難である。併せて朝型から夜型までの被験者を均等に収集することも困難であった。しかし4年間を通して60名分のデータを収集することができ、4年目においてこれまで収集された生理データの表現型と遺伝子との間である程度の解析が可能となった。その結果、光曝露直後のML分泌量と LIPIN1遺伝子座に位置するSNP（rs10180912）との間に有意な関連があることを突き止めたことは、おおむね順調に進展していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年で最終年度となるが、28年度に得られた夜の光曝露後のメラトニン分泌量とLIPIN1遺伝子座に位置するSNP（rs10180912）との間の関係をさらに検証するために、併せて他の行動や生理の表現型との間のさらなる関係を検討するために、夜の光曝露前後のメラトニン分泌量の収集に注力し、約100名の被験者について実験を実施する計画である。
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Research Products
(34 results)
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[Journal Article] Confounding effects of microbiome on the susceptibility of TNFSF15 to Crohn’s disease in the Ryukyu Islands2017
Author(s)
S. Nakagome*, H. Chinen, A. Iraha, A. Hokama, Y. Takeyama, S. Sakisaka, T. Matsui, J.R. Kidd, K.K. Kidd, H.S. Said, W. Suda, H. Morita, M. Httori, T. Hanihara, R. Kimura, H. Ishida, J. Fujita, F. Kinjo, S. Mano, H. Oota
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Journal Title
Human Genetics
Volume: 136(4)
Pages: 387-397
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The allele frequency of ALDH2*Glu504Lys and ADH1B*Arg47His for the Ryukyu islanders and their history of expansion among East Asians2017
Author(s)
K. Koganebuchi, K. Haneji, T. Toma, K. Joh, H. Soejima, K. Fujimoto, H. Ishida, M. Ogawa, T. Hanihara, S. Harada, S. Kawamura and H. Oota*
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Journal Title
American Journal of Human Biology
Volume: 29(2)
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] In vivo 3D analysis of systemic effects after local heavy-ion beam irradiation in an animal model2016
Author(s)
K. Nagata, C. Hashimoto, T. Watanabe-Asaka, K. Itoh, T. Yasuda, K. Ohta, H. Oonishi, K. Igarashi, M. Suzuki, T. Funayama, Y. Kobayashi, T. Nishimaki, T. Katsumura, H. Oota, M. Oggawa, A. Oga, K. Ikemoto, H.I. Itoh, N. Kutsuna, S. Oda and H. Mitani
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 6
Pages: 28691
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Ukrainian Eneolithic (3500BCE) Trypillian agropastoralists and their genetic association with Neolithic farmers from Southern Europe and the Near East2016
Author(s)
R.W. Schmidt, D. Fernandes, K. Wakabayashi, K. Koganebuchi, T. Gakuhari, J. Karsten, K. Kubehl, G. Madden, M. Sokhatsky, H. Oota, R. Pinhasi
Organizer
The Society for Experimental Biology conference
Place of Presentation
Gothenburg, Sweden
Year and Date
2016-07-03 – 2016-07-06
Int'l Joint Research
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