2015 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of relationship between genetic variation and growth/phenotypic characters of wild Oryza accessions using GWAS
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25252005
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
倉田 のり 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 名誉教授 (90178088)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
久保 貴彦 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 助教 (00370148)
平井 優美 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, チームリーダー (90415274)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | アソシエーション解析 / 野生イネ遺伝資源 / メタボローム解析 / GWAS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
H27年度の研究計画に基づき、以下の研究実績を得た。
（１）H25、H26年度の栽培で、320-350系統のO. rufipogon系統について数種類の形質調査（葯形質、稔性、再生能力（一年生/多年生）、出穂期など）を行い、形質特性の２年間の計測データのGWAS解析を行なったが、データのバラツキが年次間で多く見られたため、H27年度の栽培と解析を追加した。３年間のデータについて(3)の方法でGWAS解析を行い、２－３回共通のGWASピークを検出できたものに関してSNPの特定と関与候補遺伝子または領域についての洗い出しを行い、(3)の結果を得た。
（２）第１回目の理研でのLC-MS（液体クロマトグラフ質量分析）によるメタボローム解析により、100種類以上の代謝産物を検出しており、H27年度は２回目の反復解析を行った。並行して、GWAS結果を補強説明するための、交配系統群の種子を用いてQTL解析を試みた。
（３）これまでの解析により、GWASに用いる統計処理の方法により、観察できるピーク数が一致しない場合もあり、GWAS解析手法の改良および調整を試みて来たが、本年度はさらに、SNPコール法の改善、欠測した遺伝子型の補完やヘテロSNPの考慮によるゲノム全体の遺伝型の調整を行なった。３年間のデータでGWAS解析を行い、出穂期、葯長、芒長、柱頭色、再生能力、穂長などで責任遺伝子のと考えられるピークが検出できた。
（４）同様にメタボローム解析データでGWASを行い、代謝の相関を説明可能な複数の産物について、有為なピークを得る事が出来た。
（５）GWA結果を関与遺伝子やSNPに落とし込むため、また取得データを公開するため、全系統のゲノム全体にわたってSNPや遺伝子の配置を閲覧できるビューワーを構築し、責任SNPの同定を進めた。結果を取りまとめた論文の執筆を進めており、公表を目指している。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] OryzaGenome: Genome Diversity Database of Wild Oryza Species2016
Author(s)
Ohyanagi H, Ebata T, Huang X, Gong X, Fujita M, Mochizuki T, Toyoda A, Fujiyama A, Kaminuma E, Nakamura Y, Feng Q, Wang ZX, Han B, Kurata N.
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Journal Title
Plant and Cell Physiology
Volume: 57
Pages: e1
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] RiTE database: a resource database for genus-wide rice genomics and evolutionary biology2015
Author(s)
Copetti D, Zhang J, El Baidouri M, Gao D, Wang J, Barghini E, Cossu RM, Angelova A, Maldonado L CE, Roffler S, Ohyanagi H, Wicker T, Fan C, Zuccolo A, Chen M, Costa de Oliveira A, Han B, Henry R, Hsing YI, Kurata N, Wang W, Jackson SA, Panaud O, Wing RA.
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Journal Title
BMC Genomics
Volume: 16
Pages: 538
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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