2015 Fiscal Year Annual Research Report
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25280109
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| Research Institution | Nagahama Institute of Bio-Science and Technology |
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Principal Investigator |
白井 剛 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (00262890)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
真柳 浩太 九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50418571)
大山 拓次 山梨大学, 総合研究部, 准教授 (60423133)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 生体生命情報学 / 分子機械 / 高分子構造・物性 / アルゴリズム / 生体超分子構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1) 代謝-構造相関のグラフデータベース化：進化系統樹(木グラフ)のグラフ比較法の開発に着手し、グラフの比較アルゴリズムと表示ツールを作成した。この方法は、異なる遺伝子やタンパク質について作成された系統樹を重ね合わせるものであり、遺伝子重複や遺伝子配列解明数の爆発的増加により極めて複雑になった系統樹から直系群を抽出するために用いることができる。これらのグラフアプリケーションを組み合わせることで、多様な階層の情報をグラフにより統一的に解析する当初の目的のための基盤が整った。
2) 複合体モデル-実験データのグラフによる比較：予想された複合体モデルと実験データの整合性を電子顕微鏡単粒子解析などの低分解能の密度マップと分子モデルを比較する事を目的として、グラフマッチによる複合体構造と密度マップの比較法の開発を継続した。特にエッジ(分子間配置)の定義について、価数(結合数)を基準とした粗視化相対配置の効果を検討した。さらに超分子複合体構造を低分子リガンド等を含めてグラフにより比較・分類する方法を開発し、構造の解明されたタンパク質について分類を行った。
3) 実験的検証：実験的検証として複合体構造解析を行った。EndoMS(NucSから新たに解明された機能に基づき改名。この論文はNAR Breakthrough Articleに選定された)-PCNA-DNA複合体について電子顕微鏡解析により計算機モデリングの結果を支持するデータが得られ、論文を投稿中である。EndoMSについては本年度、PCRを利用した遺伝子診断に応用するため九州大学、タカラバイオと共同で特許をPCT出願した。さらに、FEN-Lig-PCNA-DNA複合体の電子顕微鏡解析が終了し、現在論文を作成中である。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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