2014 Fiscal Year Annual Research Report
野生動物保全のためのゲノム・細胞バンクの構築と活用
| Project/Area Number |
25290082
|
|---|
| Research Institution | Kyoto University |
|---|
Principal Investigator |
村山 美穂 京都大学, 野生動物研究センター, 教授 (60293552)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
福田 智一 東北大学, 農学研究科, 准教授 (40321640)
大沼 学 独立行政法人国立環境研究所, 生物・生態系環境研究センター, 研究員 (50442695)
幸島 司郎 京都大学, 野生動物研究センター, 教授 (60183802)
伊谷 原一 京都大学, 野生動物研究センター, 教授 (70396224)
井上 英治 京都大学, 理学研究科, 助教 (70527895)
田中 正之 京都大学, 野生動物研究センター, 教授 (80280775)
杉浦 秀樹 京都大学, 野生動物研究センター, 准教授 (80314243)
森村 成樹 京都大学, 野生動物研究センター, 准教授 (90396226)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | 遺伝子 / ゲノム / 細胞 / 野生動物 / データベース |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、バンクの活用性を高めるために、ゲノム情報量を増強し、フィールドとラボの連携によって、野生動物の保全に必要な情報の集積と発信を目指す。
１）ゲノム・細胞データバンクの充実：野生動物研究センターでは、これまでに哺乳類238種15626個体、鳥類184種8663個体のDNA試料を保存した。国立環境研究所では国内の絶滅危惧種20種139個体を受け入れ、凍結用チューブ1,826本の試料を凍結保存した。またネパールにおいてインドサイの試料採取を開始し、皮膚組織1個体分と血液2個体分の採取を行った。iPS細胞を樹立するための前段階としてアカウミガメの細胞へ効率よく遺伝子導入するための条件検討を行った。アカウミガメの細胞へレンチおよびレトロウィルスを用いて、感染時に一過性に37℃で培養することで効率よく遺伝子導入できることが明らかになった。今後、山中４因子を発現する遺伝子カセットを導入する。
２）マーカー解析：国内では幸島、屋久島のニホンザルや東北地方のイヌワシの血縁判定や血統登録を進めた。海外ではガボン共和国、ムカラバドゥドゥ国立公園で採取した哺乳類の糞をDNAバーコードを用いて種同定し、霊長類、偶蹄類、食肉目など19種の哺乳類が生息していることを明らかにした。哺乳類のDNAバーコードには、チトクロムbが最も適していることも明らかにした。また、野生チンパンジーの糞試料から、マイクロサテライトマーカーを用いた個体識別を行なった。
３）ネットワーク形成：連携する動物園とデータベースに関する意見交換会を開催し、性判別の実験を共同で実施した。また海外研究拠点のガーナ大学から研究者を京都大学に招聘し、国際セミナーを実施した。さらに、ヨーロッパや米国から野生動物ゲノム解析ネットワークの中心となっている研究者を招聘して、国立環境研究所において国際セミナーを開催した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
多数試料の保存と解析が実施でき、情報の一部をホームページで公開した。国内飼育施設や海外研究拠点との相互連絡を密にとって、ネットワークを形成し、研究会を開催し、共同研究を推進している。またヨーロッパと米国のネットワークのハブ機関から招聘して国際会議を開催し、試料保存と共同研究について話し合った。したがって当初の計画以上に進展している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
細胞保存とiPS化、遺伝情報の解析、飼育施設とのネットワーク強化を行う。前年度の試料及び行動データの集積を引き続き行うとともに、開発したマーカーを用いて血縁や多様性の解析を行う。飼育観察現場とラボを相互訪問して、試料採取や行動などの情報収集を行い、保全や繁殖に必要な遺伝情報を選別する。飼育動物について動物種ごとに、新規開発あるいは既知のマーカーを用いて、個体の遺伝子型を解析・登録する。飼育施設との緊密な連携のもと、必要な情報の質と量を判断して、効率よく解析を進める。野生動物についても、類人猿やイヌワシで血縁解析を進め、ddRADシーケンスなど、全ゲノム解析の新手法を用いて、希少野生動物のゲノム情報を充実させ、既知の種の配列とも比較する。
|
| Causes of Carryover |
当初の計画では、多様な種で細胞を保存し、iPS化を進める予定であった。しかし非侵襲的な細胞採取による培養が困難であったため、初期培養ができず、iPS化に進めなかった種が多い。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
4－7月に多様な種の細胞を採取し、新しい方法による初期培養を行って多様な種の細胞株を樹立し、8月以降にiPS化を行う。
|
-
-
-
-
-
[Journal Article] Primary fibroblast cultures and karyotype analysis for the olive ridley sea turtle (Lepidochelys olivacea)2014
Author(s)
Fukuda T, Katayama M, Kinoshita K, Kasugai T, Okamoto H, Kobayashi K, Kurita M, Soichi M, Donai K, Uchida T, Onuma M, Sone H, Isogai E, Inoue-Murayama M
-
Journal Title
In Vitro Cell.Dev.Biol.—Animal
Volume: 50
Pages: 381-383
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] 飼育下アジアゾウにおける採食に関 した鼻を使う行動の左右差2015
Author(s)
萩原慎太郎, 井亀徹, 藤井修, 菅里美, 原田昌治, 井上和彦, 森村成樹, 田中正之, 杉浦秀樹, 岡本智伸, 伊藤秀一
Organizer
日本家畜管理学会・応用動物行動学会2015年度春季合同研究発表会
Place of Presentation
宇都宮大学（宇都宮市）
Year and Date
2015-03-30 – 2015-03-30
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Primary cell culture and immortalized cells from Loggerhead sea turtle, and establishment as the ideal material for the genomic analysis with next generation sequencing2014
Author(s)
Fukuda T, Donai K, Eitsuka T, Kurita M, Saito T, Okamoto H, Kinoshita K, Katayama M, Soichi M, Uchida T, Onuma M, Sone H, Inoue-Murayama M, Kiyono T
Organizer
Unraveling Biodiversity from DNA: -From the Management of Databases to the Use of Next Generation Sequencers-
Place of Presentation
国立環境研究所（茨城県つくば市）
Year and Date
2014-09-19 – 2014-09-19
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] The Early History of Captive Chimpanzees in Japan2014
Author(s)
Tomomi OCHIAI, Koshiro WATANUKI, Toshihumi UDONO, Gen’ichi IDAN, Masaki TOMONAGA, Satoshi HIRATA, Naruki MORIMURA, Tetsuro MATSUZAWA
Organizer
The Annual Meeting of the Japanese Society for Animal Psychology
Place of Presentation
犬山国際観光センター・フロイデ（愛知県犬山市）
Year and Date
2014-07-19 – 2014-07-21
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
