2015 Fiscal Year Research-status Report
欠測を伴うコホートに対するケース・コホートデザインの適用と解析方法の開発
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25330039
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| Research Institution | Oita University |
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Principal Investigator |
和泉 志津恵 (大久保志津恵) 大分大学, 工学部, 准教授 (70344413)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
玉腰 暁子 北海道大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (90236737)
伊藤 陽一 北海道大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (10334236)
野間 久史 統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 助教 (70633486) [Withdrawn]
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 医薬生物 / ゲノム統計解析 / ビッグデータ活用 / ゲノム疫学 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年，膨大なゲノムデータを用いて，疾病に関連する遺伝子の探索が可能になっている。ケース・コホート研究では，コホート全体ではなく一部の選択された対象者のみから高価なゲノム情報を測定することにより，研究のコスト・労力が大幅に節減できる。しかし，対象者から観測されるデータには頻繁に欠測値が含まれるため，データ解析に困難を伴う。本研究では，欠測を伴うコホートデータに対応した，ケース・コホート研究の新規な理論的枠組みの開発を行い，提案方法の特性を数値実験により検証し，汎用プリケーションを開発し，国内外の大規模なゲノム疫学研究への提案方法の応用を検討することを目的とする。
平成２７年度(３年度目）は，平成２５年度および２６年度に開発した（１）新規のサンプリングデザイン，統計解析の方法，加えて標本数（サブコホートサイズ）の設計方法，（２）数値実験により検証された提案方法の特性，（３）統計解析ソフトウェアＲでの汎用的なアプリケーションを用いて，（４）ゲノム疫学研究への応用を試みた。分子疫学研究者へ既存の方法に併せて提案方法を解説し，大規模なゲノム疫学研究におけるサンプリングデザインを含む研究計画を作成した。その際，乳幼児を対象とした北海道スタディやエコチル調査のように，コホート内の多数の対象者における反応変数の値が欠測となると事前に分かっている場合，提案方法の代わりに，反応変数の値を補完する多重代入法（Muletiple Imputation）の方が適切となる可能性がでてきた。そこで，多重代入法を用いるアプローチのもとで，サンプリングデザインを検討した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
平成２７年度（３年度目）の研究計画の概要は，（１）数値実験による検証結果に基づいて，大規模なゲノム疫学研究への提案方法の応用を検討する，（２）本研究において開発する方法と数値実験による検証結果をまとめ，学術会議での成果発表や研究論文の投稿を行う，であった。まず，（１）については，大規模なゲノム疫学研究におけるサンプリングデザインを含む研究計画を作成し，提案方法の応用を試みた。その際，乳幼児を対象とした北海道スタディやエコチル調査のように，コホート内の多数の対象者における反応変数の値が欠測となると事前に分かっている場合，提案方法の代わりに，反応変数の値を補完する多重代入法（Muletiple Imputation）の方が適切となる可能性がでてきた。加えて，共変量の分布を得るために，反応変数の値が欠測となることが事前に分かっている対象者から抽出されたバイオサンプルを利用することが，研究現場では受容されにくい考え方であることが分かった。そこで，当初の計画通り進まない際の代替え案として用意していた，多重代入法を用いるアプローチのもとで，サンプリングデザインを検討した。次に，（２）については，今回開発した方法と数値実験の結果をまとめた。以上の経緯により，研究はやや遅れていると言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成２８年度は，平成２７年度までの研究成果をもとに提案方法の修正や改善を行いながら，（１）大規模なゲノム疫学研究への提案方法の応用，（２）本研究において開発する方法と数値実験による検証結果をまとめ，学術会議での成果発表や研究論文の投稿を行う。具体的には，
（１）について，多重代入法を用いるアプローチについて引き続き検討する。（２）について，２０１６年７月に開催される国際計量生物学会会議（IBC2016）において研究成果を発表することに加え，研究論文を投稿し，本研究を総括する。
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| Causes of Carryover |
平成２７年度の研究計画を実施するために必要となった物品，研究打ち合わせや研究成果の発表を行うための旅費，学術大会への参加費などにより，当該年度の支払い金額をおおむね計画通り執行した。しかしながら，現在までの進捗状況がやや遅れていることもあり，残高が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
現在までの進捗状況がやや遅れているため，補助事業期間を１年延長し，平成２８年度に研究を総括する。これまでの未使用額分の活用について，以下のような使用計画を立てている。旅費として，研究分担者：玉腰・伊藤（札幌）や連携研究者：コローン・佐藤・竹内（広島，京都，東京）との研究打ち合わせのための国内旅費，および国際学会（カナダ）での成果発表のための外国旅費での執行を計画している。
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Research Products
(8 results)
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[Journal Article] Comprehensive assessment of impaired peripheral and coronary artery endothelial functions in smokers using brachial artery ultrasound and oxygen-15-labeled water PET2015
Author(s)
Ochi, N., Yoshinaga, K., Ito, Y.M., Tomiyama, Y., Inoue, M., Nishida, M., Manabe, O., Shibuya, H., Shimizu, C,, Suzuki, E., Fujii, S., Katoh, C., Tamaki, N.
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Journal Title
Journal of Cardiology
Volume: 67
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Association between shift work and the risk of death from biliary tract cancer in Japanese men2015
Author(s)
Lin, Y., Nishiyama, T., Kurosawa, M., Tamakoshi, A., Kubo, T., Fujino, Y., Kikuchi, S.; JACC Study Group
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Journal Title
BMC Cancer
Volume: 15
Pages: 757
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The Japan Environment and Children's Study (JECS): A Preliminary Report on Selected Characteristics of Approximately 10 000 Pregnant Women Recruited During the First Year of the Study2015
Author(s)
Michikawa, T., Nitta, H., Nakayama, S.F., Ono, M., Yonemoto, J., Tamura, K., Suda, E., Ito, H., Takeuchi, A., Kawamoto, T.; Japan Environment and Children's Study Group.
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Journal Title
Journal of Epidemiology
Volume: 25
Pages: 452-458
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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