2013 Fiscal Year Research-status Report
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25330350
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
宮崎 智 東京理科大学, 薬学部, 教授 (30290894)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | ノンコーディングRNA / イントロン内ノンコーディングRNA |
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| Research Abstract |
Ensemblデータベースから、ncRNAデータセットおよび遺伝子情報データセットの取得と選別を行い、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母の各生物種毎に、独自のncRNAデータベースとGeneデータベースを作成した。データベース管理システムとしてMySQLを用いている。ncRNAの位置情報を基に、集計したところ、登録されているncRNAの件数は、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母で、それぞれ、19505件、7886件、4828件、1396件、23872件、413件であった。このうち、遺伝子間領域に位置しているもの（intergenic ncRNA）は、それぞれ、16055件、6410件、3937件、1302件、20116件、363件となっていた。一方、タンパク質のイントロン領域に存在しているもの（intronic ncRNA）は、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母で、それぞれ、2817件、1343件、837件、8件、3549件、13件となっていた。近年の研究によりアルツハイマー等の病気との関連性も指摘され注目されているintronic RNAについて、さらに、分類してみると、ヒトにおいては、mi RNA、sense_intronic、sno RNAやsnRNAなど、遺伝子長が短いものの件数が高かったものの、これらの領域にlinc RNAが47件登録されていることが判った。上記のように、６種の生物種において、ncRNAの情報を網羅的にデータベース化できており、おおよそ計画通り、研究は遂行していると思っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
long ncRNAを含む、ncRNAの位置情報について６種の生物種で網羅的にデータベース化できているため。
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| Strategy for Future Research Activity |
イントロン内のlong ncRNA遺伝子の上流配列を抽出し、長さが4から8文字のウィンドウ解析を行う。当該イントロンをもつタンパク質のオーソローグが６種類の生物種間で見つかった場合、イントロン内long ncRNAの上流配列の保存性を検討する。また、long nc RNAを有するタンパク質の規則性について分析する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
研究進行に伴うデータ量の増加や要求される処理速度を勘案したところ、申請時の備品費だけでは、十分な機器が購入できなかったため、旅費を備 品費に移管して支払いを行ったため、当初予定していた学会への参加を見送ることになり、その差額が発生した。
次年度以降は、成果発表のための学会等への参加を増やし旅費として使用する予定である。
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Research Products
(4 results)
