2014 Fiscal Year Research-status Report
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25330350
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
宮崎 智 東京理科大学, 薬学部, 教授 (30290894)
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2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | ノンコーディングRNA / イントロン内ノンコーディングRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度は、データ収集とncRNA遺伝子のアノテーション情報を基にした解析を行い、アルツハイマー等の病気との関連性も指摘され注目されて いるintronicRNAについて、さらに、分類してみると、ヒトにおいては、mi RNA、sense_intronic、sno RNAやsnRNAなど、遺伝子長が短いものの件数が高かったものの、これらの領域にlinc RNAが47件登録されていることが判った。これまで
に、Ensemblデータベースから、ncRNAデータセットおよび遺伝子情報データセットの取得と 選別を行い、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母の各生物種毎に、独自のncRNAデータベースとGeneデータベースを作 成した。
データベース管理システムとしてMySQLを用いている。ncRNAの位置情報を基に、集計したところ、登録されているncRNAの 件数は、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母で、それぞれ、19505件、7886件、4828件、1396件、23872 件、413件であった。このうち、遺伝子間領域に位置しているもの（intergenic ncRNA）は、それぞれ、16055件、6410件、3937件、1302件、20116件、363件となっていた。一方、タンパク質のイントロン領域 に存在しているも
の（intronic ncRNA）は、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、線虫、酵母で、それぞれ、2817件、1343件、837件、8件、3549件、13件となっ ていた。
これらのデータを基に、本年度は、イントロン領域に位置するncRNAを中心に解析をに着手した。ncRNAのプロモーター領域の予 測を行い、ncRNAの遺伝子上流配列の規則性について調査している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度い示した今後の推進方針通り、昨年度のデータベース作成を基に、ncRNA遺伝子上流配列の解析に着手できているため。また、解析の ためのツールとして、オントロジー判別ツールや進化トレース法の評価等の、周辺技術についても新たな知見が得られていること等の理由による。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在は、遺伝子上流の解析をヒトゲノムに限定して行っているが、マウスやラット等にも広め、比較ゲノム解析による成果を上げるようにしたい。
（次年度使用額が生じた理由と使用計画）
日程上の理由から、国際会議への参加ができなかったことによる。
（使用計画）
国内の学会や論文での成果発表に着手できているので、本年度は、国際会議を含め、より積極的に学会等での成果発表を行っていく予定である。また、データ更新用やアプリケーション実装費を確保する予定である。
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| Causes of Carryover |
日程上の理由から、国際会議への参加ができなかったことによる。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
国内の学会や論文での成果発表に着手できているので、次年度は、国際会議を含め、より積極的に学会等での成果発表を行っていく予定である。
また、データ更新用のアプリケーション実装費用を確保する予定である。
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[Journal Article] Genome-Wide Analysis of Long Noncoding RNA Turnover2014
Author(s)
Hidenori Tani, Naoto Imamachi, Rena Mizutani, Katsutoshi Imamura, Yeondae Kwon, Satoru Miyazaki, Sho Maekawa, Yutaka Suzuki, Nobuyoshi Akimitsu
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Journal Title
Nuclear Bodies and Noncoding RNAs Methods in Molecular Biology
Volume: 1262
Pages: 305-320
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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