2015 Fiscal Year Annual Research Report
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25330350
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
宮崎 智 東京理科大学, 薬学部, 教授 (30290894)
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2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | ノンコーディングRNA / イントロン内ノンコーディングRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、過去２年間で研究用に作成したデータベースを外部に公開すべき、ユーザインタフェースの開発を行った。また、本研究のテーマである。ncRANの転写制御領域のパターン解析を行った。データ公開用のインタフェースとして、１）一昨年度に行った、long nc RNAのデータをとりまとめたデータベースの公開および２）ENSENBLデータベースより取得したヒトのintronic ncRNAについて、ncRNA遺伝子領域と、それをイントロンにもつタンパク質遺伝子の双方が検索できるシステムの開発と公開準備を行った。
nc RNAの転写制御領域研究については、ヒトのmiRNAプロモーター領域の配列情報をもとに，8生物種において，let-7iとmir-21 のプロモーター領域を同定した．その後Swiss Institute of Bioinformaticsが提供しているSignal Search Analysis Server内のOProf (Signal Search Analysis Server : http://ccg.vital-it.ch/ssa/)を用いてプロモーター領域内のTATA-box，GC-box，CCAAT-boxの配列について探索を行い，その有無と分布の様子について，既存のprotein-coding gene プロモーター領域と比較を行った。さらに、ヒトとマウスのmiRNA gene，protein-coding gene，mirtron gene(新規のmiRNAであるintronic miRNA)の上流配列（それぞれ500～2000個のsequenceを用意）において上記の塩基配列パターン検索を行い，制御領域が持つ塩基配列について、１）ヒトでもマウスでもAAAA、TTTTの配列はよく用いられること、２）mirtron及びmiRNA上流2kBでは種族ごとに特有の塩基配列パターンをもつこと、３）protein coding geneではCC,GGの並びが多く用いられるが，mirtron及びmiRNA上流2kBではあまり用いられない といった知見を得た。
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