2015 Fiscal Year Annual Research Report
データウェアハウスとタンパク質予測情報を組み合わせた創薬標的探索システムの開発
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25430186
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| Research Institution | National Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition |
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Principal Investigator |
水口 賢司 国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 バイオインフォマティクスプロジェクト, プロジェクトリーダー (50450896)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | データベース / 創薬ターゲット / タンパク質相互作用 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、申請者がこれまでに開発した創薬プロセス初期における探索研究を支援する統合データウェアハウスTargetMineと、個々のタンパク質の機能や相互作用を予測する方法を統合し、可能な限りインシリコで創薬ターゲット及びバイオマーカーの探索を行なう次世代創薬支援システムプロトタイプの構築を目的としている。
最終年度ではまず、研究期間全体を通して行なってきたTargetMineに統合するデータの拡張をさらに進めるとともに、新たな解析ワークフロー機能を実現した。これにより、創薬ターゲットの絞り込みを支援するシステムとして開発したTargetMineが、より一般的な創薬支援のためのデータ解析プラットフォームとして利用可能になった（Chen et al., PLoS ONE 2014; Chen et al., Database 2016）。
次に、タンパク質のアミノ酸配列のみから、そのタンパク質がDNA結合タンパク質であるかどうか、またどの部位でDNAと結合するかを予測する方法をヒトゲノム全体に適用した（論文投稿中）。また、２つのアミノ酸配列が与えられたときに、それらが相互作用するかどうかを予測する方法PSOPIAを完成した（Murakami & Mizuguchi, BMC Bioinformatics 2014）。これら予測によるアノテーションと、TargetMineに格納している実験的に決定されたアノテーションとを統合して解析できるシステムを構築した（投稿準備中）。
最後に、こうして開発したシステムを具体的な創薬ターゲットやバイオマーカーの探索に応用した。例えば、重篤な呼吸器疾患の病態モデルマウスの網羅的遺伝子発現データをTargetMineにより解析して、老化や炎症と関連する新規経路の抽出に成功した。
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[Journal Article] Identification of potential inhibitors based on compound proposal contest: Tyrosine-protein kinase Yes as a target2015
Author(s)
Chiba S.,Ikeda K. Ishida T.,Gromiha M.,Taguchi Y., Iwadate M.,Umeyama H.,Hsin K..,Kitano H., Yamamoto K., Sugaya N.,Kato K..,Okuno T., Chikenji G.,Mochizuki M.,Yasuo N,Yoshino R., Yanagisawa K.,Ban T T., Teramoto R., Ramakrishnan C.,Thangakani A. M.,Velmurugan D., Prathipati P.,Ito J.,Tsuchiya Y.,Mizuguchi K.
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Journal Title
Scientific Reports 5
Volume: 5
Pages: 17209
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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